genome.fa.s263.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold263
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1338270

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7287--8993	21	79.9	21	78	12	1060	41	47	6	4	1.49
7287--8993	14	119.9	14	80	11	1060	41	47	6	4	1.49
5--8753	7	1196.6	7	79	15	8067	40	42	12	4	1.62
8775--9058	131	2.2	131	98	0	550	37	46	2	14	1.56
7287--9237	7	274.3	7	78	13	549	41	46	5	6	1.53
9007--9129	37	3.4	37	73	18	107	43	39	0	17	1.49
9083--9112	13	2.2	14	94	5	53	53	46	0	0	1.00
9536--9589	14	4.0	13	78	7	63	27	0	24	48	1.52
9567--9597	14	2.2	14	94	0	53	35	0	25	38	1.56
9721--9789	20	3.5	20	73	13	70	63	2	4	28	1.28
9880--9926	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
13383--13639	87	2.9	87	87	1	354	26	13	6	53	1.63
16746--16775	14	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
17179--17634	231	2.0	228	87	2	662	41	6	5	46	1.55
18372--18414	21	2.1	20	86	4	59	48	18	2	30	1.60
18418--18463	21	2.2	21	84	0	65	45	23	2	28	1.65
18423--18486	28	2.3	28	94	0	110	40	25	4	29	1.76
18526--18576	7	7.3	7	82	8	50	41	19	0	39	1.52
18552--18818	14	19.7	14	68	11	103	40	23	2	33	1.70
18552--18942	21	18.7	21	64	15	98	38	23	2	35	1.69
18723--18848	14	9.2	13	71	14	56	38	21	0	40	1.53
18552--18789	34	7.1	33	70	14	112	41	23	3	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18741--18843	28	3.7	26	74	12	73	36	19	0	43	1.51
18831--18872	14	3.0	14	80	13	50	33	26	2	38	1.69
18707--18869	35	4.7	36	70	6	88	36	20	1	41	1.61
18852--18942	35	2.6	35	74	10	89	37	25	1	36	1.63
19037--19088	14	3.8	14	76	2	52	46	11	1	40	1.51
22054--22158	14	7.0	14	73	14	66	40	31	1	26	1.67
22064--22159	21	4.6	21	74	0	66	40	31	2	26	1.67
22221--22286	7	9.1	7	72	6	51	43	30	1	24	1.63
22231--22310	15	5.6	14	75	8	63	42	28	0	28	1.56
22462--22529	28	2.4	29	80	9	70	41	30	1	26	1.65
22555--22594	15	2.7	15	88	0	53	50	27	0	22	1.50
22543--22647	22	4.8	21	76	13	88	43	31	0	23	1.60
22554--22684	36	3.6	35	77	9	111	41	33	1	23	1.64
22634--22674	22	1.9	21	90	5	64	41	41	0	17	1.49
22826--22880	21	2.6	21	85	0	65	43	25	0	30	1.55
22868--22924	21	2.6	22	88	5	98	33	38	0	28	1.57
23071--23095	13	1.9	13	100	0	50	24	52	0	24	1.48
23123--23174	19	2.7	19	90	0	86	40	30	0	28	1.57
23137--23217	25	3.2	26	77	8	87	43	33	0	23	1.54
23144--23206	33	1.9	32	84	15	85	42	31	0	25	1.55
23668--23851	16	11.6	16	76	3	156	13	15	26	44	1.84
23658--23840	32	5.8	32	80	5	176	14	14	26	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23668--23851	48	3.9	48	79	9	196	13	15	26	44	1.84
25605--25642	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26503--26553	20	2.5	20	96	0	93	54	0	37	7	1.29
26505--26553	10	4.9	10	76	0	53	55	0	38	6	1.25
26753--26782	13	2.3	13	100	0	60	56	6	0	36	1.26
27015--27040	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
30228--30297	23	3.2	23	82	13	69	37	2	2	57	1.29
30248--30321	23	3.1	24	79	12	80	36	2	2	58	1.27
30603--30632	6	5.0	6	91	0	51	30	0	20	50	1.49
31472--31502	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
31966--31998	15	2.3	15	89	5	50	42	3	6	48	1.43
36141--36182	15	2.7	16	82	13	52	23	11	14	50	1.76
41741--41780	21	1.9	21	84	0	53	45	10	2	42	1.51
44998--45094	20	4.8	20	96	0	176	25	19	13	41	1.88
47430--47615	51	3.6	51	90	1	293	30	26	11	32	1.91
47585--47801	79	2.7	79	94	0	371	24	28	17	29	1.97
50598--50644	22	2.1	23	88	4	69	74	2	2	21	1.03
50942--50983	20	2.1	20	100	0	84	66	0	0	33	0.92
52821--52919	48	2.1	48	98	0	189	37	8	17	37	1.79
55064--55116	14	3.9	14	81	16	58	35	7	0	56	1.28
56196--56221	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60528--60578	27	2.0	25	85	14	68	37	5	0	56	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62023--62079	13	4.2	13	75	8	51	63	0	0	36	0.95
62040--62078	14	2.9	13	80	3	51	69	0	0	30	0.89
62448--62480	16	2.1	16	88	11	50	33	0	3	63	1.10
63558--63600	16	2.7	15	85	7	50	62	0	0	37	0.95
67224--67248	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67202--67290	19	5.1	18	77	22	100	34	11	16	37	1.85
67204--67267	32	2.0	33	93	3	112	35	12	17	34	1.87
67305--67363	21	2.8	21	100	0	118	38	16	10	33	1.83
67350--67374	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70838--70877	20	2.0	20	100	0	80	45	20	15	20	1.86
76002--76046	11	4.2	11	79	20	51	73	0	2	24	0.95
76023--76085	18	3.5	17	76	21	58	60	3	4	31	1.33
76020--76061	17	2.5	17	81	11	50	64	2	4	28	1.26
76006--76186	19	9.0	21	69	22	74	63	4	2	29	1.26
76152--76216	10	6.9	10	78	18	59	55	0	0	44	0.99
76152--76217	18	3.6	18	83	4	78	56	0	0	43	0.99
76327--76373	9	5.0	9	78	17	51	0	29	0	70	0.88
76316--76373	17	3.0	20	73	19	59	0	32	0	67	0.91
82432--82458	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
82620--82647	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83681--83717	5	7.4	5	93	0	65	59	18	21	0	1.38
86643--86673	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86673--86709	2	18.5	2	88	0	56	56	0	43	0	0.99
88314--88349	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
91834--91861	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
95644--95680	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
99448--99473	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
101161--101194	2	17.0	2	87	0	50	47	2	0	50	1.16
104432--104457	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
108763--108803	12	3.3	13	80	10	50	34	24	21	19	1.97
116288--116316	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
117592--117639	24	2.0	23	88	4	69	41	0	2	56	1.11
117592--117647	24	2.3	23	84	9	67	41	0	1	57	1.09
118337--118408	33	2.2	33	82	5	83	58	11	22	8	1.59
129068--129112	2	22.5	2	95	0	81	46	0	2	51	1.13
132467--132531	33	2.0	33	90	0	103	38	18	21	21	1.93
137484--137545	33	1.9	33	93	3	108	38	17	22	20	1.93
138083--138116	17	2.0	17	88	11	52	5	2	8	82	0.93
141979--142059	31	3.0	27	77	17	71	46	0	2	50	1.14
145848--145878	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
146638--146678	22	1.9	22	90	5	66	41	0	4	53	1.22
146905--146946	22	1.9	22	85	0	57	69	0	0	30	0.89
147963--147996	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
148381--148463	32	2.5	31	84	9	103	46	0	1	51	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148446--148524	12	6.2	13	73	17	58	31	1	0	67	0.99
148373--148530	8	20.4	8	67	25	56	39	1	0	58	1.11
158332--158367	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
165473--165500	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
167007--167037	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
173569--173619	18	2.9	18	80	8	61	52	0	1	45	1.12
173675--173717	13	3.2	13	81	18	52	44	0	0	55	0.99
173671--173748	26	2.9	28	70	14	74	46	0	0	53	1.00
173724--173795	28	2.5	30	77	8	78	51	0	0	48	1.00
173825--173901	14	6.0	14	68	17	51	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10