genome.fa.s264.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold264
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1000627

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652--2677	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2634--2696	32	2.0	32	87	6	92	39	17	14	28	1.89
3134--3200	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
8158--8183	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8140--8203	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
8641--8707	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
9914--9938	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18930--19160	52	4.5	52	93	4	398	30	17	18	33	1.94
18934--19160	103	2.2	103	100	0	454	29	18	18	33	1.95
19169--19194	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
21351--21414	21	3.1	21	88	4	87	42	0	23	34	1.55
21803--21854	20	2.7	20	81	3	70	40	15	13	30	1.86
21780--21852	20	3.7	19	75	3	65	41	16	13	28	1.87
21882--21906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26978--27684	165	4.3	163	79	5	607	50	9	11	29	1.68
31369--31426	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
31370--31425	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
40235--40284	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
42704--42768	33	2.0	33	84	6	87	35	12	16	35	1.87
51735--51907	42	4.1	43	71	10	133	19	20	15	44	1.86
51730--51851	43	2.9	42	71	11	113	18	20	13	47	1.82
51833--51918	42	2.0	42	84	0	109	22	25	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51917--52084	42	4.0	42	72	10	128	19	22	11	45	1.83
51898--52061	85	1.9	85	86	0	229	20	23	12	43	1.85
51938--52166	127	1.8	127	83	5	311	20	23	12	44	1.85
51970--52214	127	1.9	128	80	8	286	20	22	13	44	1.85
51706--52273	212	2.7	212	75	7	524	19	22	13	43	1.87
52067--52241	85	2.1	85	82	4	210	19	23	13	43	1.87
53210--53906	329	2.1	329	79	8	744	32	10	6	50	1.62
53239--53948	165	4.3	164	80	7	676	32	9	6	50	1.61
54082--54120	5	7.8	5	91	0	51	20	2	5	71	1.17
55293--55660	152	2.4	154	84	4	451	33	13	11	41	1.80
59442--59499	28	2.1	28	100	0	116	43	13	12	31	1.81
62435--62491	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
62520--62588	33	2.1	33	89	5	104	30	11	21	36	1.89
65680--66080	156	2.6	155	78	7	420	42	18	13	25	1.87
66246--66776	141	3.8	138	81	7	548	44	9	10	34	1.72
74093--74117	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
75960--75994	17	2.1	17	94	0	61	48	5	20	25	1.71
75991--76036	22	2.1	22	92	8	76	32	0	32	34	1.58
76541--76581	20	2.0	20	95	0	73	34	24	12	29	1.91
76694--76721	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
81568--81674	24	4.8	24	65	22	70	48	1	0	49	1.12
81616--81677	14	4.5	14	78	6	56	46	3	0	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81659--81701	22	2.0	22	86	9	61	46	0	0	53	1.00
83154--83178	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
83178--83211	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
85369--85632	135	2.0	135	99	0	519	52	13	14	18	1.74
93334--93380	16	2.9	16	93	0	76	21	12	25	40	1.89
93332--93406	29	2.5	31	80	6	73	21	9	28	41	1.84
97941--98123	21	9.1	21	71	14	104	44	34	8	12	1.72
98075--98124	18	2.8	18	84	0	73	50	30	8	12	1.68
98824--99155	166	2.0	166	98	0	637	32	17	23	26	1.96
100772--100820	2	24.5	2	95	0	80	0	4	48	46	1.20
105330--105392	29	2.3	27	77	5	63	82	1	11	4	0.88
105331--105412	25	3.3	24	76	6	76	79	2	12	6	1.01
105875--105910	17	2.1	18	89	5	56	25	8	5	61	1.46
111438--111488	15	3.3	16	86	5	52	37	0	1	60	1.08
111449--111550	16	6.5	16	78	8	102	31	0	2	65	1.07
111449--111556	31	3.5	31	74	11	94	33	0	2	63	1.08
111446--111556	47	2.4	48	84	4	154	33	0	2	63	1.08
111981--112027	21	2.2	20	78	10	58	53	0	0	46	1.00
113543--113580	20	1.9	20	88	0	58	42	15	13	28	1.85
113845--113946	28	3.7	28	89	1	134	43	6	0	49	1.36
115472--115510	16	2.4	16	86	0	51	28	7	5	58	1.47
115707--115769	32	2.0	32	83	0	81	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115758--115811	14	3.7	14	73	9	54	51	1	0	46	1.11
115745--115818	30	2.5	30	86	4	105	48	1	0	50	1.09
118679--118712	7	5.0	7	96	3	61	14	0	0	85	0.60
124024--124073	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
124031--124073	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
124223--124261	20	1.9	21	94	5	71	30	20	12	35	1.90
130868--130918	18	2.9	18	82	2	59	39	5	7	47	1.57
132072--132096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
132052--132116	33	2.0	33	90	6	105	30	20	15	33	1.93
132146--132200	19	2.8	20	86	5	76	38	18	14	29	1.90
132167--132231	32	2.0	33	90	3	105	41	16	16	24	1.89
132793--132847	27	2.0	27	96	0	101	30	20	7	41	1.79
153069--153111	1	43.0	1	92	0	68	95	0	2	2	0.32
153073--153110	20	1.9	20	100	0	76	94	0	2	2	0.35
153072--153112	21	2.0	21	100	0	82	92	0	2	4	0.44
153116--153172	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
153228--153295	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
153249--153273	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
153230--153292	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
153335--153360	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
153315--153381	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
155812--155981	52	3.3	51	79	12	186	29	24	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155965--156038	28	2.6	28	89	0	103	24	31	18	25	1.98
156075--156128	28	1.9	28	88	7	83	24	27	16	31	1.96
164031--164061	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
165178--165222	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
167436--167461	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
167500--167575	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
167520--167593	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
167500--167593	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
181630--181692	33	1.9	33	86	0	90	33	14	14	38	1.86
181722--181773	20	2.6	20	100	0	104	34	19	15	30	1.93
185582--185606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185564--185627	33	2.0	32	87	9	94	39	15	14	31	1.87
190821--190884	32	2.0	33	87	3	94	37	14	17	31	1.89
191231--191270	20	2.0	20	100	0	80	20	20	10	50	1.76
191798--191836	21	1.9	21	89	5	62	7	20	5	66	1.36
191806--191846	21	2.0	21	85	9	57	12	19	7	60	1.54
194277--194306	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
198238--198893	327	2.0	327	95	0	1170	32	15	13	37	1.87
198950--198990	21	2.1	19	86	9	55	19	17	19	43	1.88
201507--201560	19	2.7	19	82	5	63	38	12	14	33	1.85
201504--201560	21	2.8	21	78	5	73	38	12	14	35	1.83
204890--205048	84	1.9	83	85	3	221	45	8	16	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204977--205093	55	2.1	55	82	3	135	41	8	18	30	1.81
208455--209287	79	10.6	79	86	3	991	32	13	25	28	1.94
208455--209287	315	2.6	314	85	3	1106	32	13	25	28	1.94
211611--211685	20	3.7	20	77	10	80	46	13	14	25	1.81
212503--213009	254	2.0	254	86	1	714	32	16	17	33	1.92
213616--213769	82	1.9	82	84	2	211	45	11	12	30	1.77
219126--219622	80	6.2	79	78	6	437	26	27	12	32	1.93
219181--219630	160	2.8	158	85	3	562	27	28	12	31	1.93
219126--219622	240	2.1	240	80	7	551	26	27	12	32	1.93
221813--221864	26	2.0	26	84	0	68	32	9	25	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6