genome.fa.s264.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold264
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1000627

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
571754--572032	85	3.3	85	79	3	267	16	20	14	48	1.81
571835--571980	42	3.5	42	71	8	107	17	17	13	52	1.76
572101--572237	70	2.0	70	97	0	256	26	15	13	44	1.84
572579--572603	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
572556--572668	33	3.4	33	92	4	183	36	20	12	30	1.90
572738--572791	20	2.7	20	88	5	74	31	12	20	35	1.90
575006--575048	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
575006--575048	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
581437--581463	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
581551--581575	13	1.9	13	100	0	50	32	12	16	40	1.84
581532--581600	33	2.1	33	86	5	95	30	10	20	39	1.85
584314--584359	23	2.0	23	95	0	83	28	26	10	34	1.90
584862--584898	11	3.2	12	81	11	51	18	0	2	78	0.87
584860--584897	16	2.3	17	86	13	53	21	0	2	76	0.91
585748--585772	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
587298--587363	34	2.0	33	91	8	107	31	18	13	36	1.90
588027--588074	19	2.7	17	84	12	69	22	27	0	50	1.50
588018--588067	19	2.6	19	90	6	75	32	20	2	46	1.62
589925--589966	13	3.2	13	86	0	66	38	14	14	33	1.86
590097--590158	31	2.1	29	87	6	88	53	25	1	19	1.54
596522--596563	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
596550--596575	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
598943--599305	51	6.9	51	71	12	211	29	26	12	31	1.92
599108--599328	51	4.3	51	81	2	228	29	26	11	32	1.92
598944--599438	262	1.9	262	94	0	882	28	27	13	30	1.94
599344--599575	79	2.9	79	80	4	261	28	28	12	30	1.93
599263--599466	107	1.9	108	84	3	277	27	28	14	28	1.95
611930--612021	1	92.0	1	73	0	67	85	7	5	1	0.77
611930--612021	14	6.4	14	76	14	80	85	7	5	1	0.77
611930--612024	13	7.2	13	80	8	93	85	7	6	1	0.79
612992--613174	100	1.8	100	95	0	330	25	28	19	26	1.98
613095--613740	55	11.3	55	83	10	777	27	29	19	22	1.98
613090--613740	116	5.7	112	85	9	824	27	29	19	23	1.98
613095--613737	171	3.8	165	83	10	805	27	29	19	23	1.98
614766--614821	19	2.9	18	84	10	67	33	14	17	33	1.90
616124--616541	169	2.5	168	78	7	413	45	9	22	22	1.81
616168--616577	84	4.9	84	76	8	332	46	8	22	22	1.79
616377--616508	41	3.1	42	73	7	133	44	6	25	24	1.76
616685--616867	46	4.1	44	81	8	176	41	13	24	20	1.88
616792--616872	41	2.1	37	79	16	94	40	12	27	19	1.87
616852--616894	21	2.0	21	86	0	59	48	9	23	18	1.76
616882--617302	46	9.2	47	77	8	350	44	10	22	22	1.83
616882--617184	92	3.3	92	86	1	394	44	10	23	21	1.83
616873--617244	138	2.7	138	85	3	457	45	11	22	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619878--620025	79	1.9	79	85	0	206	36	9	23	30	1.87
619991--620061	28	2.5	28	83	0	88	22	21	30	25	1.98
619911--620137	106	2.1	107	83	2	287	34	12	25	26	1.92
620026--620173	79	1.9	79	87	4	219	42	11	19	26	1.85
619836--620185	185	1.9	184	83	2	461	35	11	24	28	1.90
620026--620173	78	1.9	78	87	4	217	42	11	19	26	1.85
620123--620239	51	2.3	52	86	8	177	39	7	23	29	1.82
620020--620187	79	2.1	78	81	3	212	38	10	23	27	1.87
620043--620319	130	2.1	128	83	5	335	38	10	22	29	1.87
620182--620358	78	2.3	79	84	1	230	37	11	20	29	1.89
620207--620381	78	2.2	78	77	5	172	38	10	20	29	1.87
622949--623004	21	2.7	21	91	0	94	35	19	17	26	1.94
627081--627470	61	6.3	61	81	3	392	27	25	18	28	1.98
628374--628436	32	2.0	32	93	0	108	31	14	26	26	1.95
630475--630968	78	6.2	78	79	6	424	27	24	13	34	1.93
638693--638761	33	2.1	32	84	10	86	36	17	13	33	1.88
638831--638855	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
638812--638877	33	2.0	32	88	8	98	37	15	15	31	1.88
641138--641211	20	3.6	20	70	20	53	50	1	16	32	1.54
651576--652059	52	10.1	49	75	10	349	31	16	25	25	1.96
651576--651916	149	2.3	152	83	5	406	33	16	25	24	1.96
651688--651913	101	2.3	97	86	3	299	30	18	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651831--652060	91	2.6	90	83	6	322	28	16	26	27	1.97
651836--652057	43	5.0	45	72	13	172	27	17	27	27	1.98
651886--652063	43	4.1	43	77	9	175	28	17	26	27	1.98
652054--652209	34	4.6	33	82	5	170	35	14	33	16	1.90
652186--652393	84	2.4	87	86	4	296	23	15	28	32	1.95
652188--652386	28	6.9	29	86	4	235	22	16	27	33	1.96
653674--653703	15	1.9	16	93	6	53	16	20	33	30	1.94
653839--653908	1	70.0	1	76	0	68	0	1	10	88	0.57
653839--653906	21	3.2	20	85	6	91	0	1	10	88	0.59
653839--653910	20	3.6	20	85	10	94	0	1	11	87	0.61
653839--653910	12	5.6	12	78	15	81	0	1	11	87	0.61
655060--655171	56	2.0	56	91	0	179	28	22	15	33	1.94
669326--669363	16	2.4	16	86	4	60	76	0	23	0	0.79
670337--670653	61	5.2	61	87	1	413	25	25	18	29	1.98
670337--670722	122	3.1	122	81	4	400	27	24	18	29	1.98
671261--671394	50	2.7	50	85	2	180	25	15	15	43	1.86
673716--674189	79	6.0	79	80	3	454	28	24	11	34	1.91
673698--674183	157	3.1	157	81	3	523	28	24	11	35	1.90
673698--674175	236	2.0	237	86	1	656	28	23	11	35	1.90
680659--680683	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
683037--683086	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
683044--683086	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689309--689364	19	2.9	19	91	2	85	35	16	14	33	1.88
689353--689377	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
689334--689396	33	1.9	32	87	9	92	41	17	15	25	1.89
691964--692017	12	4.6	12	81	9	58	0	22	0	77	0.76
691953--692016	10	7.2	9	80	16	64	1	21	0	76	0.87
693867--694030	55	3.0	55	77	4	170	24	17	22	35	1.95
714424--714782	61	6.1	60	83	9	425	27	18	28	25	1.98
714424--714783	116	3.1	116	86	2	486	26	18	28	25	1.98
714844--714985	28	5.1	27	63	16	76	28	21	23	26	1.99
714822--715152	55	6.0	55	90	0	482	23	22	27	26	1.99
714830--715152	110	2.9	110	93	0	531	24	21	26	26	1.99
714981--715068	26	3.3	26	63	20	63	23	20	29	26	1.99
716150--716255	1	106.0	1	73	0	86	0	3	9	86	0.68
716150--716255	20	5.7	18	80	11	115	0	3	9	86	0.68
716150--716255	27	3.9	25	86	10	106	0	3	9	86	0.68
716150--716255	28	3.9	27	84	9	126	0	3	9	86	0.68
716150--716253	47	2.2	47	86	8	149	0	3	9	86	0.69
716152--716255	55	1.9	54	86	2	145	0	3	9	86	0.69
726570--726594	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
727016--727041	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
729259--729303	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
731107--731137	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735675--735700	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
739901--739955	27	2.0	27	100	0	110	45	25	14	14	1.83
740718--740812	20	4.8	20	93	2	156	40	14	17	27	1.89
740706--740735	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
741655--742013	61	6.1	60	84	9	425	27	19	27	25	1.99
741655--742014	116	3.1	116	86	4	472	26	19	28	25	1.99
741954--742128	94	1.9	95	88	1	271	26	20	26	26	1.99
742056--742383	55	6.0	54	90	3	478	22	21	28	27	1.99
741893--742354	149	3.0	149	85	7	572	25	20	27	26	1.99
741846--742244	204	1.9	207	89	3	624	24	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6