genome.fa.s264.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold264
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1000627

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742824--743488	334	2.0	334	99	0	1312	34	13	18	33	1.90
743718--743813	1	96.0	1	72	0	57	0	4	11	84	0.76
743718--743811	10	8.9	10	77	14	91	0	4	11	84	0.77
758315--758454	20	7.7	20	72	23	105	42	12	15	29	1.84
758354--758417	13	5.4	13	71	21	59	42	15	14	28	1.86
758335--758437	33	3.1	33	95	0	179	41	12	16	29	1.85
758491--758517	13	2.1	13	100	0	54	29	18	22	29	1.97
762280--762526	97	2.5	97	87	2	343	29	12	29	29	1.93
763045--763081	18	2.1	18	100	0	74	40	10	16	32	1.83
764175--764200	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
764898--764942	21	2.1	21	84	8	56	26	31	2	40	1.68
766726--766764	13	3.0	13	88	0	60	38	15	15	30	1.88
766750--766828	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
768840--768870	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
770674--770718	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
772937--772962	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
773875--773908	16	2.1	16	94	0	59	47	0	20	32	1.51
778737--778803	31	2.2	31	100	0	134	31	11	10	46	1.75
780667--780693	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
780677--780835	20	7.9	19	72	12	88	31	17	17	33	1.94
780677--780732	19	2.9	19	86	2	76	33	17	12	35	1.88
780762--780835	20	3.7	20	94	3	123	31	13	18	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785404--785495	29	3.0	31	64	29	79	33	30	3	32	1.74
785369--785495	61	2.1	62	96	1	238	34	31	3	30	1.73
788138--788471	77	4.3	76	75	12	268	39	12	20	26	1.89
792916--792956	20	2.0	21	85	9	57	46	0	0	53	1.00
793128--793166	17	2.3	17	90	0	60	43	0	2	53	1.14
793180--793222	14	3.4	13	87	12	63	60	0	0	39	0.97
793691--793774	34	2.4	35	80	11	93	55	0	2	41	1.12
794349--794387	20	2.0	20	85	10	53	5	20	0	74	1.01
799334--799359	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
799316--799379	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
801299--801371	20	3.6	20	77	17	87	34	12	19	34	1.89
801317--801392	21	3.7	21	73	16	77	40	10	17	31	1.83
801299--801392	41	2.3	41	94	0	161	38	11	18	31	1.86
801431--801456	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
803670--803714	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
807495--807605	20	5.7	20	68	23	76	27	14	14	44	1.84
807561--807585	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
807540--807618	33	2.4	33	100	0	158	29	15	12	43	1.83
807594--807631	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
810085--810157	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
810103--810178	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
810085--810178	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810199--810223	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
814357--814962	28	20.9	28	82	3	627	23	16	29	29	1.97
814358--814962	57	10.4	56	83	5	586	23	16	29	29	1.97
816178--816252	25	3.0	25	79	9	73	4	5	9	81	0.97
816164--816242	9	8.6	9	74	13	54	2	5	10	82	0.92
816164--816242	8	9.8	8	72	12	63	2	5	10	82	0.92
816187--816252	17	3.9	17	79	0	69	4	4	7	83	0.91
825943--826071	52	2.5	52	92	0	213	30	17	17	35	1.92
826168--826192	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
826145--826227	34	2.4	34	100	0	166	45	12	12	30	1.77
826202--826226	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
832861--832886	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
833446--833498	20	2.7	20	91	5	81	32	18	13	35	1.90
833528--833582	19	2.8	20	77	5	67	34	16	16	32	1.91
833568--833594	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
838042--838067	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
838020--838087	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
838117--838169	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
838157--838181	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
839651--839695	24	1.9	23	86	4	63	55	0	0	44	0.99
839969--840308	155	2.2	156	77	6	359	37	18	19	24	1.94
840725--841100	145	2.5	144	76	11	332	37	16	9	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842235--842296	23	2.8	21	77	15	63	1	29	0	69	0.98
842584--843232	167	3.9	162	79	8	571	49	9	9	30	1.67
842584--843236	333	2.0	329	79	7	703	50	9	9	30	1.67
843705--843735	11	2.9	11	95	4	55	54	0	6	38	1.26
849688--849847	80	2.0	80	85	6	216	22	21	5	51	1.67
850991--851024	17	2.0	17	94	0	59	50	11	20	17	1.77
852853--852894	17	2.4	18	80	4	50	30	0	0	69	0.89
855225--855279	20	2.8	19	86	2	65	34	14	18	32	1.91
856864--856918	27	2.0	27	96	0	101	41	12	16	29	1.85
867619--867649	14	2.3	13	94	5	53	0	6	3	90	0.55
867609--867654	11	4.1	11	82	2	56	0	13	2	84	0.71
870853--870904	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
873611--873655	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
875459--875489	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
877220--877245	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
879799--879824	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
886619--886656	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
886768--886813	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
889757--889829	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
889774--889850	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
889757--889850	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
889889--889914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893976--894006	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
896085--896123	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
897964--898059	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
898610--898682	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
898627--898703	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
898610--898703	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
898742--898767	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
912931--912961	11	2.8	11	95	0	53	29	0	41	29	1.56
913068--913769	43	14.9	43	69	17	301	33	16	24	26	1.96
913061--913342	146	1.9	147	86	2	395	32	16	24	26	1.96
913102--913823	95	7.5	95	82	2	800	33	15	24	26	1.95
913103--913771	191	3.5	191	87	2	966	33	15	24	26	1.95
913629--914086	52	8.9	52	69	13	216	34	15	24	25	1.94
913103--913823	190	3.7	191	85	3	885	33	15	24	25	1.95
917812--917836	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
922162--922338	72	2.5	72	95	0	309	35	15	14	34	1.89
922306--922359	20	2.7	20	88	5	74	37	14	14	33	1.88
922388--922440	20	2.7	20	91	2	81	37	18	13	30	1.89
922429--922453	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
922410--922474	32	2.0	32	85	8	87	38	13	15	32	1.87
923951--924000	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
923958--924000	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927245--927274	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
927320--927376	19	2.9	19	76	7	62	31	17	17	33	1.93
927361--927385	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
929557--929620	11	6.2	11	68	14	55	39	3	7	50	1.47
929557--929620	31	2.1	31	85	5	85	39	3	7	50	1.47
930131--930191	30	2.0	30	87	6	88	40	11	6	40	1.67
930190--930270	32	2.5	32	77	0	90	39	8	12	39	1.74
932148--932352	79	2.6	79	85	3	270	28	16	29	25	1.97
932225--932457	109	2.2	108	86	3	317	29	16	28	25	1.97
934817--934895	20	3.8	20	82	12	104	44	13	15	26	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6