genome.fa.s264.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold264
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1000627

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224628--224661	15	2.3	15	90	5	52	11	5	5	76	1.14
226704--226782	20	3.9	19	74	12	59	39	10	13	36	1.79
226822--226873	21	2.6	20	76	8	61	38	15	9	36	1.80
228453--229007	149	3.7	149	80	5	588	24	14	20	41	1.89
228449--229108	149	4.4	146	77	8	483	25	15	19	40	1.90
228471--229106	299	2.1	297	80	4	733	25	14	18	41	1.89
229007--229424	158	2.6	158	83	3	536	27	17	17	38	1.92
228911--229467	158	3.6	155	76	11	464	26	17	18	38	1.92
233231--233264	16	2.1	17	88	5	52	44	11	17	26	1.83
238775--238960	79	2.3	78	80	4	194	30	17	29	22	1.96
238861--239206	159	2.2	158	87	3	491	30	14	28	27	1.95
238971--239086	51	2.2	52	83	7	139	32	10	25	31	1.89
239072--239146	27	2.7	27	85	6	98	22	20	34	22	1.96
239130--239250	52	2.4	51	82	10	140	32	11	23	32	1.91
238865--239246	159	2.4	159	84	4	470	31	13	26	28	1.94
241611--241636	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
241590--241656	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
241688--241752	19	3.7	19	71	23	70	38	15	12	33	1.85
241680--241750	32	2.2	32	92	0	124	36	16	12	33	1.87
242667--242807	27	5.1	27	61	16	74	24	21	27	25	2.00
242448--243165	171	4.1	174	86	6	882	25	20	27	25	1.99
242448--243160	55	12.3	59	88	5	830	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244141--244203	9	6.8	9	85	5	81	0	1	14	84	0.71
244143--244217	19	3.3	23	75	21	79	0	1	14	84	0.70
244153--244217	10	6.4	10	79	13	71	0	0	15	84	0.62
244153--244215	9	7.4	9	79	13	62	0	0	15	84	0.63
256640--256838	80	2.5	78	80	4	184	29	17	29	23	1.97
256720--256918	107	1.9	108	82	1	256	29	16	27	26	1.97
256742--257088	159	2.2	158	87	2	482	30	14	28	27	1.95
256852--256969	51	2.3	52	83	4	141	33	12	24	29	1.92
256953--257027	27	2.7	28	85	2	98	21	20	36	22	1.96
257011--257132	51	2.4	51	82	8	140	31	11	24	31	1.91
256746--257128	159	2.4	159	84	4	461	31	14	26	27	1.95
259473--259498	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
259550--259614	19	3.7	19	71	23	70	38	15	12	33	1.85
259542--259612	32	2.2	32	94	0	124	36	16	12	33	1.87
259650--259705	21	2.7	21	97	0	103	35	19	10	33	1.87
259982--260052	19	3.6	19	83	5	88	36	16	11	35	1.85
262537--262575	22	1.9	20	85	15	53	38	10	7	43	1.67
262639--262687	20	2.2	21	79	17	55	48	20	10	20	1.78
262697--262721	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
262832--262996	63	2.6	63	93	0	276	38	13	13	34	1.84
264074--264129	19	2.9	19	89	2	76	37	16	16	30	1.90
264114--264140	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266132--266177	21	2.2	21	88	3	67	58	0	17	23	1.38
272928--273004	21	3.7	21	85	3	102	36	14	16	32	1.89
273040--273107	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
273042--273104	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
273061--273085	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
273147--273172	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
273127--273193	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
275648--275715	27	2.5	27	88	7	93	25	30	20	23	1.98
275702--275871	52	3.3	51	74	11	166	30	24	12	32	1.92
275855--275930	28	2.7	28	85	0	89	25	34	17	23	1.96
275593--276010	107	3.9	107	72	9	271	27	27	14	30	1.95
275885--276088	79	2.6	79	82	2	230	24	29	16	29	1.96
275885--276119	80	2.9	76	76	8	209	25	28	14	31	1.95
280302--280533	47	5.0	47	78	8	224	30	34	19	15	1.93
280411--280483	23	3.3	23	71	11	80	31	34	23	10	1.89
280299--280547	90	2.7	90	77	3	239	30	34	20	14	1.93
297418--297479	32	1.9	33	93	3	108	35	12	14	37	1.85
297522--297546	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
297535--297683	52	2.9	50	90	6	226	33	18	17	30	1.94
300907--302087	42	28.0	42	80	6	1091	14	28	18	38	1.90
300975--301045	34	2.1	34	83	0	88	19	25	18	36	1.94
300938--301171	76	3.0	76	82	7	236	15	28	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301956--302057	38	2.5	40	84	9	120	19	30	14	35	1.92
302684--302749	31	2.1	31	91	0	105	37	19	25	16	1.93
303442--303677	47	5.1	47	77	11	236	27	36	21	14	1.92
303515--303715	22	9.0	22	62	14	72	31	35	20	11	1.89
303459--303691	90	2.6	89	85	4	279	30	35	21	12	1.91
303463--303714	137	1.9	137	82	4	307	30	35	21	12	1.91
306007--306044	20	1.9	20	94	0	67	39	13	15	31	1.86
311836--311868	16	1.9	18	88	11	52	12	9	24	54	1.66
318530--318774	96	2.5	96	76	7	228	36	11	24	28	1.89
322010--322035	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
325704--325750	3	15.7	3	95	0	85	36	0	31	31	1.58
329051--329082	16	2.0	16	100	0	64	31	31	18	18	1.95
329682--329711	15	2.0	15	93	0	51	33	16	10	40	1.82
332853--332916	32	2.0	32	87	3	92	26	14	17	42	1.87
334009--334107	36	2.9	35	81	8	118	30	27	13	29	1.94
334568--334636	22	3.0	22	82	12	93	36	11	24	27	1.90
334568--334638	25	3.0	25	87	6	103	38	11	23	26	1.89
336399--336424	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
337660--338148	245	2.0	244	97	0	807	30	13	14	41	1.85
339403--339587	91	2.0	91	98	0	361	24	24	18	32	1.97
339918--340011	36	2.8	35	81	9	108	28	24	14	31	1.95
340489--340527	13	3.0	13	82	10	53	35	15	10	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340526--340608	10	7.7	10	67	19	51	42	9	24	24	1.84
340640--340664	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
342297--342321	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
351048--351100	19	2.7	20	88	2	72	30	13	18	37	1.89
352999--353070	20	3.5	20	76	1	63	40	11	15	33	1.82
361450--361521	21	3.5	21	79	11	69	43	15	13	27	1.85
368974--369013	20	2.0	21	90	5	64	80	10	10	0	0.92
370180--370247	31	2.2	31	86	2	93	25	17	11	45	1.82
370194--370336	31	4.7	31	75	10	107	26	19	15	38	1.91
370252--370405	27	5.4	27	70	10	101	26	16	15	40	1.89
370130--370337	89	2.3	91	77	4	217	27	18	13	39	1.89
370126--370379	30	8.6	30	71	10	137	27	18	13	40	1.88
370225--370405	58	3.1	57	82	2	218	26	18	15	39	1.90
370246--370508	27	9.1	27	66	15	71	26	15	15	42	1.87
370555--370637	31	2.7	31	83	7	114	26	16	13	43	1.85
370573--370718	58	2.6	55	78	11	145	25	17	13	43	1.86
370573--370745	54	3.1	52	72	12	123	25	17	14	42	1.87
370714--370864	31	4.7	32	74	7	137	23	15	15	45	1.85
370714--370865	66	2.4	63	82	6	173	24	15	15	44	1.85
373489--373588	1	100.0	1	79	0	92	0	7	5	88	0.65
373491--373590	33	3.0	33	92	4	157	0	9	5	86	0.72
373689--373722	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383272--383392	52	2.3	52	77	14	133	33	21	7	38	1.81
383486--383551	31	2.1	32	94	2	116	50	1	10	37	1.47
384325--384814	256	1.9	249	90	3	766	35	12	13	38	1.82
387586--388108	146	3.6	146	75	10	427	39	13	21	26	1.90
387542--388109	70	7.9	72	73	7	363	38	13	21	25	1.90
387797--388083	75	3.9	74	73	8	235	39	11	24	25	1.89
401528--401646	52	2.3	53	86	4	170	36	9	24	30	1.87
401448--401727	133	2.1	130	85	6	386	34	11	26	27	1.91
401580--401763	79	2.3	81	85	5	232	31	10	29	27	1.91
404347--404388	20	2.1	20	90	0	66	30	14	9	45	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6