genome.fa.s273.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold273
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1282806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2496--2521	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3744--3805	30	2.0	31	96	3	117	40	16	16	27	1.89
8649--8717	33	2.1	33	83	5	86	39	15	11	33	1.84
8749--8801	19	2.7	19	85	2	61	35	18	16	28	1.93
9120--9696	42	13.7	42	73	8	348	17	27	19	36	1.94
9120--9697	85	6.8	85	82	4	625	17	26	19	36	1.94
9120--9697	169	3.4	170	81	6	663	17	26	19	36	1.94
10243--10298	23	2.7	19	75	19	58	78	0	1	19	0.84
10328--10396	13	5.0	13	77	10	66	24	21	11	42	1.86
10363--10427	14	4.6	14	73	17	53	27	21	10	40	1.87
10334--10484	43	3.4	43	79	14	171	25	19	11	43	1.84
10334--10475	48	3.1	48	82	10	145	26	19	10	44	1.82
11144--11202	26	2.3	25	80	11	66	66	8	18	6	1.41
11130--11198	25	2.7	24	72	18	59	63	10	18	7	1.48
19743--19839	31	3.0	30	80	15	113	28	23	11	36	1.90
19758--19838	35	2.5	32	88	11	112	29	24	12	33	1.92
20188--20344	63	2.5	63	88	0	224	35	16	12	35	1.86
20427--20451	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20409--20472	33	2.0	32	84	3	83	43	17	12	26	1.84
33330--33354	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
35627--35667	21	2.0	21	85	9	57	51	12	19	17	1.76
41995--42019	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44183--44226	22	2.0	22	82	8	54	43	2	11	43	1.53
45051--45080	13	2.3	13	94	0	51	40	3	3	53	1.34
46938--47257	118	2.7	119	80	7	354	42	10	7	39	1.68
48675--48718	23	1.9	23	100	0	88	45	9	13	31	1.75
54486--54558	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
54504--54579	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
54486--54579	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
54618--54643	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
58705--58735	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
60815--60852	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
62645--62706	32	1.9	32	100	0	124	25	3	25	45	1.69
63328--63400	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
63346--63421	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
63328--63421	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
63460--63485	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67876--68416	270	2.0	270	88	1	807	34	22	12	30	1.91
70017--70130	19	6.6	19	77	22	144	33	12	19	35	1.89
70036--70092	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
70015--70111	32	3.0	32	100	0	194	35	12	18	34	1.88
70036--70146	51	2.3	48	85	13	149	34	13	18	33	1.90
70182--70209	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
70162--70227	33	2.0	33	84	0	87	34	15	13	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79995--80294	155	1.9	154	85	4	408	32	17	3	47	1.63
81882--81923	19	2.3	19	83	4	59	45	0	0	54	0.99
82508--82565	21	2.6	23	81	10	75	62	0	0	37	0.96
84030--84096	12	5.8	12	77	10	68	47	0	1	50	1.10
84044--84091	11	4.4	11	84	7	62	52	0	2	45	1.12
84047--84096	23	2.2	23	96	0	91	52	0	2	46	1.12
84756--84785	15	2.0	15	93	0	51	6	16	3	73	1.18
84907--84980	12	6.3	12	71	24	52	41	1	0	56	1.07
85616--85710	31	3.0	32	76	16	83	46	0	0	53	1.00
85661--85728	35	1.9	35	85	5	93	51	0	0	48	1.00
85686--85737	15	3.3	16	76	10	54	46	0	0	53	1.00
85713--85745	15	2.4	14	90	10	50	42	0	0	57	0.98
86213--86256	10	4.1	11	82	11	56	27	0	0	72	0.85
86211--86256	21	2.2	20	85	7	65	30	0	0	69	0.89
86219--86262	21	2.1	21	83	4	54	38	0	0	61	0.96
86240--86303	35	1.9	32	84	9	83	51	0	0	48	1.00
86285--86318	18	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
86356--86391	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
94370--95164	166	4.9	163	77	10	642	30	9	9	50	1.66
96939--96981	17	2.4	19	80	7	54	20	6	4	67	1.33
97478--98010	273	1.9	277	81	7	640	33	16	19	30	1.94
98539--98594	19	2.9	19	81	2	58	37	10	14	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103044--103068	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
107276--107773	247	2.0	247	99	0	978	32	17	13	36	1.89
111049--111108	20	3.0	20	75	7	68	40	18	10	31	1.84
113010--113561	141	3.9	143	85	6	678	44	10	9	35	1.72
114434--114485	23	2.3	23	90	6	79	0	19	0	80	0.71
114441--114486	12	3.8	12	78	21	51	0	21	0	78	0.76
114574--114610	19	2.0	20	89	10	60	8	10	5	75	1.17
114694--114739	20	2.3	20	88	0	65	32	19	19	28	1.96
116482--116617	42	3.2	41	73	10	130	46	11	21	20	1.82
116481--116861	85	4.5	85	81	3	385	45	13	21	18	1.84
116909--117004	45	2.1	45	88	0	138	43	15	19	20	1.87
116928--117081	45	3.4	45	84	9	147	40	16	21	21	1.91
117133--117224	47	2.0	47	93	0	157	35	14	26	23	1.93
117376--117547	91	1.9	91	85	4	240	44	16	19	19	1.86
117376--117608	47	5.1	46	72	9	163	44	17	18	19	1.87
117466--117940	184	2.6	183	76	4	402	43	15	18	23	1.88
117505--117939	47	9.4	47	71	7	183	42	14	18	23	1.87
119660--119684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119672--119723	20	2.6	20	84	6	70	38	15	15	30	1.88
119784--119809	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119764--119831	33	2.1	32	91	2	109	35	19	14	30	1.92
125935--125959	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127174--127241	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
127176--127238	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
127195--127219	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
127281--127306	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127261--127327	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
129773--129845	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
129828--129998	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
129659--129998	105	3.2	105	69	12	273	30	26	11	31	1.92
129981--130062	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
142457--142514	13	4.5	13	83	12	59	86	5	8	0	0.71
142469--142514	19	2.3	20	85	7	58	89	4	6	0	0.60
143495--144179	55	12.3	55	88	4	941	28	29	21	21	1.98
143495--144156	276	2.4	277	91	2	1044	28	29	21	20	1.98
144044--144133	26	3.3	26	66	19	67	27	33	18	20	1.96
144886--144967	21	4.1	20	85	6	112	37	17	13	31	1.88
144886--144967	41	2.0	40	88	6	121	37	17	13	31	1.88
145003--145070	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
145005--145067	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
145024--145048	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
145110--145135	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
145090--145156	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
147600--147672	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147655--147825	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
147808--147889	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
150417--150441	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
150429--150481	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
150542--150567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
150522--150589	33	2.1	32	88	2	100	36	19	13	30	1.90
151579--151623	16	2.7	18	80	19	53	6	17	0	75	1.01
151579--151623	17	2.6	17	79	10	56	6	17	0	75	1.01
151990--152022	9	3.8	9	88	4	50	6	0	12	81	0.85
152428--152478	24	2.1	25	85	3	68	54	17	7	19	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9