genome.fa.s273.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold273
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1282806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764023--764078	11	5.2	10	80	16	67	33	7	1	57	1.37
764114--764171	22	2.6	22	76	10	64	31	8	10	50	1.67
764195--764261	22	3.0	21	75	12	64	37	8	1	52	1.42
764278--764315	20	1.9	20	88	0	58	36	5	0	57	1.21
764650--764688	3	13.0	3	94	0	69	64	2	0	33	1.08
764979--765019	22	1.9	21	85	5	55	39	2	9	48	1.49
765587--765651	23	2.8	22	76	17	60	53	0	4	41	1.21
765660--765696	17	2.2	17	90	0	56	48	0	2	48	1.15
766329--766368	13	3.2	13	93	6	66	42	0	0	57	0.98
766400--766428	14	2.1	14	100	0	58	44	27	0	27	1.54
766451--766497	7	7.0	7	83	7	53	40	0	0	59	0.97
766442--766505	27	2.4	26	75	14	67	37	0	0	62	0.95
766600--766641	15	2.8	16	85	7	61	57	0	0	42	0.99
772962--773325	125	3.0	123	89	1	523	41	8	3	45	1.53
776836--776886	20	2.6	19	82	14	59	50	5	0	43	1.26
777033--777109	36	2.2	34	84	11	95	53	0	0	46	1.00
783154--783263	48	2.3	48	79	11	120	57	0	1	40	1.16
788036--788090	22	2.5	22	100	0	110	56	3	7	32	1.44
788252--788709	121	3.8	120	77	7	423	37	10	14	37	1.80
790779--790836	23	2.7	22	80	12	59	63	1	0	34	1.04
791550--791590	11	3.6	12	81	18	52	0	21	0	78	0.76
791550--791590	17	2.4	18	88	12	68	0	21	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791667--791691	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
792937--793028	33	2.8	33	84	11	102	63	5	1	30	1.24
798023--798097	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
798020--798097	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
807746--807770	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
807921--807986	30	2.2	30	86	2	98	33	1	3	62	1.20
808848--808892	22	2.0	22	91	0	72	51	13	8	26	1.70
810093--810144	12	4.2	12	78	4	50	0	13	7	78	0.94
810090--810150	19	3.3	19	82	11	65	0	13	8	78	0.95
810220--810256	12	3.2	12	88	11	51	24	8	8	59	1.53
810875--810899	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
814756--814805	25	2.0	24	85	11	66	54	0	2	44	1.11
815070--815124	21	2.7	20	81	10	67	69	3	3	23	1.21
815120--815181	24	2.4	25	81	7	63	54	1	4	38	1.31
815368--815412	17	2.4	20	78	17	60	48	0	0	51	1.00
815377--815422	17	2.8	17	75	18	53	54	0	0	45	0.99
816054--816083	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
816519--816549	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
816507--816552	16	2.9	15	81	12	56	50	0	2	47	1.13
817030--817068	15	2.6	15	83	0	51	61	0	0	38	0.96
817024--817064	18	2.3	18	87	8	57	60	0	0	39	0.96
817365--817429	17	3.8	17	76	11	62	67	3	0	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817416--817489	16	4.9	16	67	17	50	60	1	0	37	1.05
817421--817481	32	1.9	32	89	0	95	59	1	0	39	1.08
817611--817683	26	2.7	28	75	10	80	60	0	0	39	0.97
827597--827810	92	2.3	93	82	6	249	35	12	15	36	1.85
835385--835456	20	3.5	21	87	9	105	38	12	20	27	1.89
841629--841653	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
843513--843571	20	2.8	22	77	12	70	33	3	27	35	1.74
844125--844151	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
844106--844170	32	2.0	32	90	3	103	27	18	15	38	1.91
850401--850451	21	2.4	21	78	12	59	7	3	21	66	1.34
853391--853778	68	5.7	68	76	1	312	25	15	25	33	1.95
853435--853776	136	2.5	136	79	0	344	25	16	25	33	1.96
856937--856962	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
857984--858026	11	3.7	11	82	11	59	0	16	0	83	0.64
860670--860710	21	2.0	21	85	9	57	17	14	9	58	1.62
865144--865187	22	2.0	22	86	8	63	56	0	0	43	0.99
865155--865186	8	4.2	8	84	15	50	53	0	0	46	1.00
865180--865237	21	2.7	21	78	21	66	41	1	0	56	1.09
865181--865237	22	2.6	22	79	20	66	42	1	0	56	1.10
868018--868191	86	2.0	86	100	0	348	29	12	15	41	1.84
870625--870688	30	2.1	30	97	0	119	21	26	6	45	1.76
873669--873700	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874534--874576	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
876093--876118	7	3.7	7	100	0	52	0	23	0	76	0.78
877913--877959	24	2.0	23	84	12	60	61	0	0	38	0.96
877907--877979	29	2.6	29	80	10	89	56	1	0	42	1.08
878206--878255	23	2.4	21	83	12	59	32	6	4	58	1.41
878265--878385	24	4.9	24	77	13	97	43	0	2	52	1.20
880024--880054	16	1.9	16	93	0	53	16	12	22	48	1.80
884844--884877	18	1.9	18	94	5	61	11	14	11	61	1.56
897904--897957	23	2.3	24	84	9	76	85	5	5	3	0.84
897900--897966	19	3.5	19	78	9	73	82	4	7	5	0.96
897974--898020	25	2.0	23	83	8	58	48	8	23	19	1.75
898957--899026	14	5.0	14	91	0	104	34	30	5	30	1.81
899705--899859	34	4.6	34	82	2	154	27	21	15	34	1.94
899681--899861	68	2.7	66	80	7	179	27	23	16	32	1.96
899610--899902	32	9.0	33	73	7	165	26	23	17	32	1.96
899695--899908	34	6.5	33	74	8	118	26	22	16	34	1.95
899982--900431	52	8.6	53	77	5	348	25	24	14	35	1.93
899990--900423	156	2.8	155	80	4	426	26	24	14	35	1.93
900017--900431	104	4.0	103	84	3	438	25	24	14	35	1.94
901090--901139	20	2.5	20	83	3	64	42	12	16	30	1.84
901090--901136	21	2.3	21	85	3	60	42	12	14	29	1.83
902159--902191	17	1.9	17	100	0	66	12	12	12	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911202--911256	21	2.6	22	75	13	62	58	12	0	29	1.35
911276--911329	22	2.3	23	84	12	67	44	3	3	48	1.38
912515--912583	29	2.3	29	77	7	75	60	1	0	37	1.06
913344--913382	16	2.4	17	86	4	53	61	5	0	33	1.18
914230--914260	12	2.5	12	94	5	53	74	0	0	25	0.82
914212--914267	17	3.1	17	80	16	67	73	0	0	26	0.84
914307--914359	7	7.4	7	75	12	54	66	0	0	33	0.92
914307--914347	15	2.9	15	82	10	59	65	0	0	34	0.93
917465--917506	21	2.0	21	85	0	57	33	2	4	59	1.31
917637--917782	18	8.3	18	68	17	58	38	1	0	59	1.11
917747--917779	11	3.1	11	86	4	50	27	0	0	72	0.85
917747--917788	17	2.5	17	84	7	50	30	0	0	69	0.89
918622--918655	15	2.3	15	89	0	50	0	2	23	73	0.97
926745--926782	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
926842--926877	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
927454--927510	21	2.6	22	78	8	64	29	7	14	49	1.69
927512--927577	29	2.2	30	84	7	82	37	1	4	56	1.29
927698--927791	21	4.6	21	76	12	63	34	6	8	51	1.58
927747--927834	40	2.2	39	84	8	115	36	1	10	52	1.43
927727--927838	21	5.5	21	74	12	90	37	1	9	50	1.46
927952--928007	11	5.3	11	76	8	53	33	1	5	58	1.31
927934--928085	21	7.2	21	72	9	96	35	7	6	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927912--928129	42	5.3	41	74	10	144	34	6	7	50	1.57
928037--928122	21	4.2	20	79	16	79	34	4	6	53	1.49
928167--928222	29	1.9	29	85	7	78	35	1	8	53	1.43
928223--928269	20	2.3	21	79	17	55	29	6	10	53	1.60
928289--928453	21	8.0	21	74	10	101	41	6	6	46	1.53
929943--929986	23	1.9	23	95	0	79	22	9	6	61	1.50
930488--930548	31	1.9	32	86	3	88	21	0	8	70	1.13
930520--930574	16	3.2	16	79	18	58	29	0	3	67	1.08
930527--930571	19	2.4	19	88	7	65	31	0	2	66	1.04
931142--931194	26	2.0	27	81	3	63	43	5	0	50	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9