genome.fa.s273.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold273
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1282806

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154334--154377	18	2.4	18	96	0	79	31	25	4	38	1.76
154869--154908	19	2.0	20	90	4	64	32	7	5	55	1.50
155998--156058	30	2.0	30	83	0	77	16	13	19	50	1.77
156033--156097	24	2.7	24	85	0	85	16	15	18	49	1.80
156864--156906	22	1.9	23	90	4	70	51	4	20	23	1.66
162095--162644	144	3.8	143	81	6	616	44	11	10	33	1.75
163401--163438	20	1.9	20	88	0	58	50	10	5	34	1.59
163423--163451	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
165588--165748	84	1.9	85	94	1	288	24	28	16	30	1.97
166511--167030	167	3.2	163	75	7	444	31	12	9	46	1.73
168370--168430	20	3.1	19	77	11	68	37	18	11	32	1.86
168541--168566	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
168521--168587	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
169022--169046	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
169002--169067	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
169108--169132	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
169121--169256	52	2.6	53	85	6	181	33	19	16	31	1.93
169141--169265	52	2.4	52	88	5	182	35	19	16	28	1.94
174674--174840	52	3.2	53	76	13	168	30	25	10	32	1.90
174824--174900	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
174775--174979	107	1.9	107	83	5	261	27	28	15	29	1.96
174854--175056	79	2.6	79	82	3	230	25	30	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176316--176944	155	4.0	155	85	3	744	36	11	12	39	1.79
176316--176944	315	2.0	310	82	3	760	36	11	12	39	1.79
178870--178923	22	2.5	22	85	8	67	1	18	0	79	0.82
178872--178920	12	3.9	12	84	7	62	2	18	0	79	0.83
178872--178919	25	2.0	25	91	4	80	2	18	0	79	0.84
179979--180056	15	4.9	15	73	14	57	8	11	2	76	1.10
181969--182123	28	5.6	28	80	1	159	30	24	16	29	1.96
182112--182200	31	2.9	31	74	3	90	26	29	25	17	1.98
182589--182621	13	2.4	14	85	10	50	75	0	0	24	0.80
196701--196752	19	2.7	20	90	3	79	38	13	13	34	1.84
196701--196754	20	2.8	19	91	2	81	37	12	12	37	1.83
196780--196805	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
201446--201518	26	2.8	27	77	10	71	35	12	15	36	1.84
201435--201518	14	6.3	14	72	8	59	36	11	16	34	1.86
201526--201941	28	14.7	29	77	7	340	28	27	17	27	1.98
201526--201935	84	4.8	84	79	7	384	28	27	17	26	1.98
205032--205156	52	2.4	52	91	0	205	28	16	17	37	1.91
205032--205176	52	2.8	51	87	4	193	31	15	17	35	1.91
205162--205189	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
205228--205285	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
205551--205988	28	15.6	27	78	4	313	30	26	15	26	1.96
205558--205988	84	5.1	84	79	4	388	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205977--206065	31	2.9	31	77	0	106	26	31	25	15	1.96
206342--206381	20	2.0	20	90	0	62	35	15	10	40	1.80
207006--207061	20	2.8	20	91	0	85	30	12	14	42	1.82
211246--211298	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
211340--211393	20	2.8	20	83	11	67	35	12	18	33	1.89
217257--217295	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
219855--219908	20	2.8	20	83	11	67	35	12	18	33	1.89
221693--221719	12	2.2	12	100	0	54	33	18	14	33	1.92
221673--221738	32	2.0	32	88	8	98	31	21	12	34	1.90
222264--222288	13	1.9	13	100	0	50	0	48	8	44	1.32
231006--231144	20	6.7	21	72	14	103	30	20	16	32	1.95
231130--231156	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
231787--231871	38	2.3	37	80	10	93	62	4	4	28	1.36
232520--232567	23	2.1	23	88	3	71	52	12	0	35	1.40
234364--234412	13	4.2	13	70	24	54	32	12	20	34	1.90
234343--234412	34	2.1	33	89	7	106	32	11	21	34	1.89
235296--235344	22	2.1	24	85	7	66	75	2	22	0	0.90
240775--241013	90	2.7	89	84	9	303	32	14	8	44	1.75
240778--241249	249	1.9	254	85	4	661	33	14	7	44	1.73
241020--241250	92	2.6	89	82	4	284	35	14	6	42	1.72
241722--241773	15	3.4	15	79	12	52	51	1	0	46	1.12
244587--244612	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244902--245018	58	2.0	59	88	1	173	47	6	11	34	1.67
248824--248862	18	2.2	18	86	9	53	43	0	7	48	1.31
248839--248881	23	2.0	21	90	9	68	53	0	6	39	1.28
250051--250091	13	3.2	13	85	0	55	34	2	0	63	1.08
250763--250808	24	1.9	24	86	8	67	56	0	0	43	0.99
251103--251137	16	2.2	16	89	0	52	28	2	8	60	1.41
251208--251247	19	2.0	20	86	13	57	37	0	2	60	1.11
251353--251390	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
251570--251636	33	2.1	33	88	2	100	62	5	0	31	1.19
252437--252498	29	2.1	30	85	8	83	33	1	0	64	1.03
252479--252523	20	2.3	19	81	18	56	51	0	0	48	1.00
252485--252523	20	2.0	20	90	9	64	51	0	0	48	1.00
255395--255426	7	4.7	7	96	3	57	12	0	0	87	0.54
256572--256617	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
256756--256802	17	2.8	17	83	3	51	27	0	6	65	1.16
264778--264831	15	3.4	15	73	14	54	9	50	1	38	1.45
264794--264855	18	3.6	18	72	12	58	11	43	1	43	1.50
264779--264849	33	2.2	33	92	0	115	11	46	1	40	1.48
264807--264878	12	6.5	11	75	16	53	11	47	1	40	1.48
264809--264888	42	1.9	42	92	0	133	8	46	1	43	1.42
268052--268088	17	2.2	17	90	0	56	32	0	2	64	1.07
268046--268088	11	4.0	11	84	3	52	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269057--269128	28	2.7	27	83	10	85	69	0	0	30	0.89
269567--269610	15	2.8	16	82	6	54	40	0	0	59	0.98
271460--271492	17	1.9	17	93	0	57	60	6	0	33	1.21
272151--272184	2	17.5	2	87	6	52	50	2	0	47	1.16
279439--279463	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
279413--279480	33	2.1	33	86	5	93	35	20	10	33	1.87
279468--279564	42	2.3	42	96	0	176	23	18	17	40	1.91
281730--281775	20	2.3	20	88	7	67	10	28	39	21	1.87
291497--291625	52	2.5	52	92	0	222	29	17	17	35	1.93
291634--291658	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
291703--291806	32	3.2	32	84	1	136	35	15	13	35	1.87
292745--293160	43	9.1	43	79	12	445	32	17	24	25	1.97
292693--293160	92	5.1	92	93	0	765	32	17	24	25	1.96
292838--292905	21	3.2	21	64	32	54	29	17	27	25	1.97
293022--293089	21	3.2	21	67	19	59	33	16	23	26	1.95
293165--293314	32	4.7	31	83	9	178	16	20	34	29	1.94
293165--293314	64	2.3	64	91	2	248	16	20	34	29	1.94
293293--293479	33	5.4	38	72	19	99	33	13	33	20	1.91
293328--294155	61	12.8	62	76	16	271	32	13	34	19	1.91
293307--294319	95	10.4	100	78	13	406	32	13	34	19	1.90
293482--293555	31	2.4	31	86	6	98	35	16	31	17	1.92
293590--293681	30	2.9	32	87	8	143	32	18	28	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293312--293847	232	2.3	232	79	12	561	34	13	32	19	1.91
293690--294316	95	6.7	95	80	13	480	30	13	36	19	1.90
293821--294375	61	9.0	61	84	10	609	30	13	36	20	1.90
293793--294316	156	3.4	156	95	0	933	29	13	36	20	1.90
295704--295754	15	3.4	15	84	15	61	1	1	11	84	0.79
295704--295741	16	2.4	16	90	0	67	0	0	13	86	0.56
295706--295744	20	1.9	20	94	5	69	0	0	15	84	0.62
302666--302794	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
302803--302827	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
302870--302967	19	5.8	18	69	28	81	36	16	12	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9