genome.fa.s275.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold275
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025155

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154360--154590	15	16.0	14	67	8	106	56	5	8	29	1.52
154486--154591	29	3.7	29	83	7	135	60	3	8	27	1.43
154696--154727	16	2.0	16	93	0	55	37	6	9	46	1.61
155376--155518	51	2.8	51	93	0	250	26	18	12	41	1.86
156934--156961	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
158839--158867	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
159794--159819	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
159768--159810	19	2.3	18	80	11	50	62	0	4	32	1.15
163807--163844	9	4.3	9	87	12	53	18	2	0	78	0.86
163807--163853	17	2.7	18	83	9	62	14	4	0	80	0.85
163978--164024	23	2.0	23	87	0	67	12	17	4	65	1.40
166025--166063	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
173102--173170	34	2.1	33	94	2	120	66	2	24	5	1.27
176382--176418	17	2.3	17	86	9	51	51	5	0	43	1.24
177320--177373	17	3.2	16	78	17	56	24	0	1	74	0.92
177938--177968	16	1.9	16	93	0	53	12	9	29	48	1.73
178695--178733	19	2.2	17	86	9	51	30	2	0	66	1.05
181318--181349	13	2.5	13	94	0	55	34	18	12	34	1.89
185971--186015	19	2.3	20	85	11	58	35	0	8	55	1.31
186086--186217	64	2.1	64	84	2	167	51	2	3	42	1.32
186708--186746	19	2.1	19	95	0	69	41	2	15	41	1.61
188819--188848	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189585--189646	29	2.2	28	82	2	70	33	3	1	61	1.22
189855--189897	16	2.7	16	81	0	50	46	18	11	23	1.82
190460--190519	29	2.1	29	96	0	111	33	13	18	35	1.89
191390--191441	22	2.4	22	80	0	59	40	1	7	50	1.42
191418--191450	14	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
193206--193249	14	3.2	14	87	9	56	52	0	0	47	1.00
193231--193304	27	2.7	27	71	23	64	64	0	4	31	1.12
193292--193322	15	2.1	14	94	5	53	61	3	0	35	1.12
193294--193339	14	3.1	16	82	17	55	56	6	0	36	1.25
193458--193482	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
200769--200853	44	2.1	39	82	12	100	45	1	3	49	1.26
203935--204016	42	2.1	38	86	9	110	47	1	1	50	1.16
204182--204245	34	1.9	34	84	9	87	53	0	0	46	1.00
204191--204251	27	2.3	26	80	11	70	50	0	0	49	1.00
204347--204452	14	7.6	13	68	25	58	56	0	0	43	0.99
204367--204413	13	3.8	13	78	16	55	65	0	0	34	0.93
204345--204412	24	2.7	25	82	15	79	60	0	0	39	0.97
204351--204507	29	5.5	29	73	18	109	58	0	0	41	0.98
204407--204459	18	3.2	18	70	27	53	49	0	0	50	1.00
204391--204459	32	2.1	32	84	10	86	52	0	0	47	1.00
205462--205508	2	23.5	2	91	0	76	51	2	0	46	1.13
208112--208147	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211208--211237	15	2.1	14	93	6	51	83	3	13	0	0.77
215350--215406	21	2.7	21	83	0	78	42	8	12	36	1.74
215436--215497	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
215485--215509	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
215464--215536	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
215466--215528	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
217944--218339	52	7.6	51	68	13	182	29	27	11	31	1.91
218119--218339	51	4.3	51	79	8	207	30	27	11	30	1.91
217961--218448	262	1.9	262	91	1	809	28	28	11	31	1.92
230193--230263	11	6.3	11	84	7	72	87	9	1	1	0.67
230193--230269	18	4.5	16	83	13	91	87	9	2	1	0.71
230193--230269	1	77.0	1	75	0	64	87	9	2	1	0.71
231287--231487	55	3.5	55	87	6	269	25	29	21	23	1.99
231342--231751	155	2.5	155	87	7	543	25	30	21	23	1.99
231188--231696	210	2.4	212	89	6	754	24	29	21	24	1.99
231499--231751	55	4.5	55	83	7	337	26	29	21	22	1.99
231399--231580	94	1.9	95	87	8	269	23	29	20	26	1.99
231506--231751	116	2.2	112	87	7	338	26	29	22	21	1.99
231291--231905	265	2.3	265	86	6	834	25	29	20	24	1.99
231888--232054	42	3.8	43	80	10	171	19	26	13	40	1.89
231888--232067	43	4.1	43	77	7	166	18	26	12	42	1.86
232087--232186	42	2.4	42	78	8	107	18	31	10	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232819--232880	19	3.2	20	75	8	65	41	14	14	29	1.85
232911--232936	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
235298--235693	52	7.6	51	69	15	195	30	26	11	32	1.91
235414--235490	28	2.8	28	85	0	91	25	35	15	23	1.94
235526--235696	52	3.3	50	80	8	200	30	26	10	32	1.90
235299--235798	262	1.9	262	92	0	829	29	26	12	31	1.92
235738--235963	79	2.9	79	82	4	285	26	27	14	31	1.94
238318--238352	2	17.5	2	88	11	54	48	0	2	48	1.16
246391--246429	20	2.0	20	84	0	51	41	7	15	35	1.76
248980--249009	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
249726--249760	16	2.1	17	89	5	54	57	0	0	42	0.99
251744--251771	13	2.2	13	100	0	56	39	0	25	35	1.56
251969--252068	30	3.4	29	78	9	94	56	5	10	29	1.53
252704--252886	34	5.4	34	88	0	260	25	7	26	39	1.83
257300--257484	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
258493--258530	12	2.9	13	84	11	51	42	5	2	50	1.39
258493--258539	13	3.6	13	82	8	51	42	6	4	46	1.48
259812--259868	28	2.0	28	89	0	87	56	17	7	19	1.64
261522--261575	18	2.9	18	81	15	65	20	1	1	75	0.98
261542--261575	17	2.0	17	88	0	50	20	0	2	76	0.92
261531--261596	10	6.6	10	75	17	57	19	1	6	72	1.13
261699--261751	21	2.5	22	90	3	81	16	3	7	71	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265058--265665	89	6.8	89	83	3	661	33	16	12	37	1.87
265056--266156	178	6.3	178	76	9	937	32	17	13	37	1.88
265678--266153	89	5.5	90	76	11	431	31	18	13	36	1.89
265061--266156	343	3.2	342	74	8	919	32	17	13	37	1.88
265803--266127	165	2.0	166	82	1	402	31	16	14	36	1.90
268676--268726	23	2.2	24	82	6	70	80	15	0	3	0.86
269268--269301	10	3.2	10	91	8	50	44	0	0	55	0.99
270518--270562	19	2.4	19	81	7	56	71	2	2	24	1.09
275821--275871	12	4.5	11	73	11	50	49	3	1	45	1.32
276193--276227	18	1.9	18	88	0	52	65	0	17	17	1.27
277898--277944	4	11.8	4	95	0	85	51	21	0	27	1.48
283870--283901	15	2.1	15	100	0	64	50	0	12	37	1.41
286444--286476	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
286451--286476	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
286433--286497	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
292631--292655	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
293102--293142	20	2.0	22	85	9	59	17	48	29	4	1.67
294484--294516	16	2.1	16	94	5	59	45	0	27	27	1.54
294524--294557	16	2.1	16	100	0	68	35	0	35	29	1.58
295131--295155	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
295143--295195	20	2.6	21	82	8	65	37	15	18	28	1.91
295248--295280	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295255--295280	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
299446--300059	307	2.0	307	99	0	1219	26	22	12	38	1.89
302445--302561	61	1.9	62	91	5	193	39	2	3	54	1.31
302507--302558	13	3.8	13	78	9	59	42	0	1	55	1.10
302450--302573	16	8.2	16	66	21	61	41	4	3	51	1.37
302452--302561	28	3.8	28	78	19	125	40	2	3	52	1.33
303509--303541	5	6.8	5	86	6	50	0	18	0	81	0.68
310531--310576	11	4.4	11	81	5	51	60	0	0	39	0.97
310552--310606	19	2.9	18	81	10	65	50	1	1	45	1.22
310790--310830	14	3.0	14	85	3	57	65	0	34	0	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7