genome.fa.s275.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold275
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025155

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744016--744289	111	2.4	113	84	7	355	42	1	2	54	1.20
744822--744855	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
745825--745870	24	1.9	24	86	8	67	26	6	21	45	1.76
747322--747471	75	2.0	75	97	0	282	20	18	19	42	1.89
747780--747808	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
750777--750801	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
751480--751547	8	8.8	8	74	15	54	47	1	0	51	1.09
751448--751547	33	3.0	32	77	14	85	45	1	0	54	1.06
751479--751558	15	5.1	16	72	13	67	48	1	0	50	1.08
751515--751578	21	3.0	21	82	11	60	50	1	0	48	1.10
752333--752375	18	2.6	16	79	13	50	44	0	2	53	1.13
752338--752373	18	2.0	18	88	0	54	47	0	2	50	1.15
753044--753073	16	1.9	15	93	6	51	26	16	3	53	1.59
753520--753570	16	3.2	16	86	5	59	9	11	29	49	1.72
753662--753700	6	6.7	6	91	2	62	48	12	0	38	1.42
755103--755167	28	2.3	28	79	12	71	40	0	0	60	0.97
755529--755557	11	2.5	12	94	5	51	44	0	0	55	0.99
755537--755576	17	2.3	18	82	4	55	47	2	0	50	1.14
756335--756389	21	2.8	21	76	20	64	45	0	0	54	0.99
765756--765803	20	2.4	20	82	0	69	39	2	0	58	1.10
765859--765893	14	2.5	14	90	0	52	31	0	11	57	1.34
771501--771789	160	1.8	159	87	0	434	40	7	17	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773203--773796	55	10.2	60	83	7	568	23	20	28	26	1.99
774767--774826	18	3.4	16	84	15	75	0	1	10	88	0.59
774767--774817	19	2.5	21	90	6	79	0	1	7	90	0.53
774767--774817	1	51.0	1	80	0	57	0	1	7	90	0.53
787236--787801	79	7.2	79	81	7	571	33	13	23	28	1.93
787204--787801	237	2.5	236	89	4	855	34	13	23	28	1.92
787201--787801	158	3.8	158	83	5	707	34	12	23	28	1.92
787732--787867	51	2.6	52	86	7	197	30	11	27	30	1.92
790358--790399	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
791086--791264	94	1.9	93	82	4	227	31	18	8	41	1.80
791212--791475	70	3.8	70	88	4	383	31	17	10	40	1.83
791400--791659	92	2.8	91	86	4	389	31	16	10	41	1.81
791586--791721	67	2.0	69	87	7	197	30	17	8	44	1.78
791526--791812	159	1.8	159	92	0	493	31	17	9	41	1.81
791335--791900	251	2.3	253	88	3	833	31	17	9	41	1.81
791659--792029	88	4.1	92	83	6	431	31	17	8	43	1.78
791693--792026	180	1.9	181	84	3	451	31	17	8	42	1.80
792598--792623	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
792775--792834	20	3.3	18	72	9	50	56	5	0	38	1.21
792654--792997	124	2.9	123	82	13	366	51	2	3	43	1.30
793270--793350	23	3.5	24	74	14	71	30	3	6	59	1.39
793362--793449	34	2.6	34	90	3	142	47	0	2	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793579--793627	21	2.2	22	86	13	66	42	0	2	55	1.11
793785--793825	14	2.9	14	79	13	57	53	0	0	46	1.00
795128--795159	11	2.8	11	95	4	55	59	0	0	40	0.97
795518--795582	28	2.3	28	79	12	71	60	0	0	40	0.97
797063--797113	16	3.2	16	80	5	59	47	27	15	9	1.77
797077--797150	16	4.6	16	74	3	51	45	29	16	8	1.76
798106--798149	11	4.2	10	81	18	54	38	0	0	61	0.96
798511--798574	32	2.0	32	81	6	76	43	29	12	14	1.81
798583--798610	14	2.0	14	100	0	56	71	14	0	14	1.15
800618--800876	79	3.3	77	81	4	304	30	26	7	35	1.85
800627--800940	80	4.0	78	79	6	222	29	26	9	34	1.88
801765--801790	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
801745--801808	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
804266--804303	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
807523--807621	1	99.0	1	77	0	81	0	7	6	86	0.69
807523--807622	37	2.8	36	92	7	168	0	8	6	86	0.72
815181--815211	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
819278--819303	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
819258--819321	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
819258--819321	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
820007--820059	24	2.2	24	82	0	61	15	7	11	66	1.44
820776--820825	21	2.4	21	93	0	82	24	0	28	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823914--823974	31	2.0	31	83	3	79	60	3	0	36	1.13
823922--823976	15	3.7	15	88	7	76	65	0	0	34	0.93
829493--829585	26	3.6	26	70	11	75	73	3	16	7	1.20
829733--829771	16	2.4	16	86	0	51	35	41	20	2	1.66
829760--829792	16	2.1	16	94	0	57	45	21	18	15	1.85
836799--836823	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
836748--836824	29	2.6	30	81	8	86	28	1	2	67	1.12
837924--837985	33	1.9	32	86	3	88	25	9	22	41	1.84
838631--838663	17	1.9	17	88	11	50	24	3	12	60	1.46
838925--839375	165	2.7	162	80	8	477	31	7	13	47	1.71
839930--840608	156	4.4	156	75	8	539	28	14	16	40	1.87
840025--840600	309	1.9	309	79	7	652	28	14	16	40	1.88
844469--844540	37	1.9	37	83	13	94	51	0	0	48	1.00
846358--846418	2	30.5	2	93	0	104	0	49	0	50	1.00
855540--855575	13	2.8	13	91	4	56	72	0	5	22	1.05
859607--859633	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
860323--860885	52	11.4	52	85	7	422	31	18	26	23	1.97
860323--860987	101	6.9	96	83	8	560	31	18	25	24	1.97
860722--860987	43	6.0	43	77	11	261	30	19	24	25	1.98
860765--860985	87	2.5	88	88	2	327	29	19	24	25	1.98
861047--861211	33	5.0	33	83	5	165	34	12	32	20	1.90
861053--861271	67	3.4	66	80	9	211	32	12	32	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861179--861271	34	3.1	28	76	18	98	30	11	34	23	1.91
861206--861301	34	2.8	34	90	0	147	30	11	34	23	1.90
868948--868978	13	2.4	13	94	0	53	29	16	16	38	1.90
871530--871554	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
871510--871577	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
879651--879677	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
879715--879768	21	2.6	21	96	0	99	38	14	11	35	1.82
881575--881619	2	22.5	2	86	0	63	2	42	0	55	1.12
881740--881809	27	2.7	25	71	22	63	44	0	7	48	1.30
882125--882176	20	2.9	17	73	15	50	46	0	5	48	1.26
883268--883297	13	2.3	13	94	0	51	30	10	16	43	1.81
883248--883310	33	1.9	33	83	6	83	30	17	14	38	1.89
883342--883474	39	3.4	39	100	0	266	36	13	17	33	1.89
883342--883475	19	6.9	19	82	4	160	35	13	17	32	1.89
890536--890572	15	2.5	15	86	0	56	29	27	0	43	1.55
893699--893960	79	3.3	77	76	10	253	34	12	23	29	1.92
893702--894089	157	2.5	157	80	7	403	36	12	21	28	1.91
893751--894010	79	3.3	79	74	8	244	39	12	19	28	1.88
896446--896551	30	3.6	29	92	5	176	39	16	18	25	1.91
898618--898790	58	3.0	58	88	6	230	34	9	23	32	1.87
898618--898706	30	3.0	30	67	20	80	32	7	26	32	1.85
898639--898791	28	5.4	28	78	12	168	35	9	23	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899667--899721	21	2.6	21	82	5	67	36	14	18	30	1.91
904139--904181	21	2.1	21	87	12	63	53	4	13	27	1.60
908048--908076	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
908693--908756	33	2.0	32	87	9	94	35	18	14	31	1.91
914886--914924	13	3.0	13	88	0	60	30	10	20	38	1.86
917403--917427	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
917382--917444	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
917415--917484	19	3.6	19	77	7	86	31	21	17	30	1.96
917434--917505	21	3.5	21	77	7	94	31	18	18	31	1.94
917413--917506	40	2.3	40	100	0	188	32	19	17	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7