genome.fa.s275.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold275
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025155

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  5  of  7  ( 811 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
593922--593997	30	2.4	32	80	10	93	1	0	18	80	0.79
593936--594000	24	2.9	22	82	8	85	0	0	18	81	0.69
593922--593992	15	4.7	15	76	0	61	1	0	16	81	0.76
600945--600970	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
600957--600994	20	1.9	20	100	0	76	34	15	10	39	1.82
601014--601065	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
601022--601082	19	3.5	19	75	25	80	34	18	13	34	1.89
601014--601098	32	2.7	32	94	0	143	36	17	12	32	1.88
602289--602880	55	10.5	55	80	8	618	27	26	19	25	1.99
602651--602736	27	3.1	27	60	3	64	26	23	20	29	1.99
602288--602933	116	5.7	113	80	11	596	27	26	19	25	1.99
602311--602873	171	3.3	169	81	6	640	27	26	19	25	1.99
602310--602947	55	11.1	61	77	12	419	27	26	19	26	1.99
603834--603859	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
603898--604024	20	6.7	20	77	15	119	29	16	12	40	1.85
603915--603985	33	2.2	33	97	0	133	28	16	15	39	1.89
603898--604004	53	2.0	53	89	3	162	28	16	13	41	1.86
603935--603965	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
606342--606456	52	2.2	51	84	7	144	30	26	11	31	1.91
606391--606691	79	3.8	79	85	4	378	27	26	14	30	1.95
606392--606691	155	1.9	158	84	3	410	27	26	15	31	1.95
606646--606795	51	2.9	51	82	2	176	30	25	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
606551--606926	181	2.1	181	78	7	392	26	25	13	34	1.93
606676--606981	130	2.3	129	78	6	330	26	25	12	35	1.92
609326--610172	27	31.2	27	84	3	785	24	30	16	29	1.96
609304--610396	28	39.6	28	77	9	599	24	30	15	29	1.96
609304--610178	82	10.7	81	81	7	777	24	30	15	29	1.96
609636--610433	82	9.4	85	81	7	447	25	30	16	27	1.97
609973--610337	145	2.6	144	80	6	397	26	29	16	26	1.97
610319--610433	32	3.7	32	82	15	134	29	34	16	19	1.94
611791--611826	11	3.2	11	92	7	63	88	0	11	0	0.50
611791--611826	12	3.1	12	84	8	56	88	0	11	0	0.50
611793--611830	18	2.1	19	90	5	60	84	0	15	0	0.63
613565--613798	97	2.4	97	89	1	335	27	28	13	30	1.94
618517--618598	28	2.9	28	65	15	69	47	26	6	19	1.73
618430--618622	58	3.4	57	81	7	185	47	21	7	23	1.77
619357--619410	13	4.5	13	71	21	55	33	18	12	35	1.89
619357--619426	33	2.1	34	89	7	108	34	20	12	32	1.90
619451--619489	20	1.9	21	94	5	71	35	17	10	35	1.84
621959--621987	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
629742--629768	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
629806--629895	13	6.0	13	71	26	63	34	16	14	34	1.89
629820--629882	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
629807--629897	32	2.8	32	94	0	164	36	16	14	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630644--631242	49	12.2	49	77	8	517	33	16	26	23	1.96
630615--631236	149	4.2	148	81	6	599	32	17	26	24	1.97
630661--631244	240	2.4	242	81	6	651	33	16	26	23	1.96
631258--631323	28	2.3	28	82	7	80	16	13	30	39	1.87
631315--631391	30	2.4	32	82	8	86	35	12	32	19	1.90
631330--631420	27	3.2	27	81	10	94	34	13	34	18	1.90
631299--631479	91	1.9	94	81	7	217	34	14	32	19	1.92
631394--631512	34	3.5	34	84	6	134	36	15	28	20	1.93
631498--631581	29	3.0	28	81	10	107	21	17	28	32	1.96
633028--633080	1	53.0	1	80	0	52	0	7	3	88	0.61
633011--633080	12	6.2	11	85	8	70	0	5	8	85	0.73
646772--646797	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
648706--648761	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
648746--648777	13	2.5	13	94	0	55	40	12	15	31	1.85
649120--649298	57	3.1	56	77	9	157	49	12	10	26	1.73
650166--650210	13	3.4	13	82	11	56	4	15	2	77	1.02
656953--657028	22	3.4	22	75	7	89	43	7	14	34	1.74
656938--657032	46	2.1	46	95	0	172	42	9	13	34	1.77
663202--663329	52	2.5	52	93	3	215	31	17	17	33	1.93
663338--663362	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
663403--663469	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
663425--663449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664218--664243	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
664282--664355	20	3.7	20	77	13	80	28	13	13	44	1.82
666679--666820	49	2.8	50	76	7	153	31	22	11	34	1.89
666944--667061	51	2.3	51	86	5	168	33	25	10	31	1.89
666917--667158	131	1.9	130	84	4	326	28	26	13	31	1.93
674424--674468	21	2.2	20	84	11	56	64	4	0	31	1.13
675028--675060	16	1.9	18	88	11	52	45	3	0	51	1.16
676262--676297	14	2.5	15	90	4	56	44	0	0	55	0.99
676793--676888	28	4.0	24	75	22	87	44	0	1	54	1.07
676817--676955	43	3.4	39	76	14	131	43	0	0	54	1.10
676817--676879	21	3.0	20	77	22	58	44	0	1	53	1.10
676864--676960	38	2.6	37	84	12	112	41	1	1	56	1.13
677017--677077	21	3.0	20	79	6	63	34	3	1	60	1.23
677816--677852	2	19.0	2	94	5	67	48	0	51	0	1.00
678240--678285	23	2.0	24	86	4	67	56	2	0	41	1.11
678240--678302	23	2.9	22	80	13	60	55	1	0	42	1.09
678282--678325	20	2.2	21	88	11	67	50	0	2	47	1.13
678282--678335	21	2.6	21	83	13	60	55	0	1	42	1.10
681490--681514	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
687401--687440	11	3.8	11	87	9	57	30	0	0	70	0.88
687396--687447	15	3.5	15	80	15	54	30	0	1	67	1.02
687396--687440	21	2.3	19	88	7	63	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701747--701795	20	2.4	20	90	10	73	38	20	0	40	1.53
704177--704229	19	2.7	20	91	2	90	30	18	15	35	1.92
704142--704205	33	2.0	33	87	3	94	31	14	15	39	1.87
704256--704310	20	2.8	20	86	5	67	38	10	20	30	1.87
712193--712244	15	3.5	15	83	0	77	13	0	50	36	1.42
712184--712259	30	2.5	30	95	0	143	14	0	44	40	1.45
712184--712261	15	5.2	15	77	0	75	15	0	43	41	1.46
721492--721547	19	2.9	19	83	2	67	32	16	12	39	1.85
723860--723900	19	2.3	18	87	8	57	68	4	0	26	1.10
723908--723957	25	2.0	25	100	0	100	40	8	12	40	1.72
724473--724505	15	2.1	16	88	5	50	3	21	0	75	0.93
724469--724505	14	2.5	15	87	12	51	2	21	0	75	0.92
724959--724990	16	1.9	17	93	6	57	34	18	15	31	1.93
728557--728813	68	3.8	66	87	6	347	31	16	10	42	1.81
728743--728994	92	2.8	91	83	7	347	31	15	9	43	1.79
728919--729060	68	2.1	69	90	5	225	29	17	9	42	1.81
728836--729154	162	2.0	162	90	4	511	31	17	9	42	1.80
728994--729398	91	4.5	91	83	7	450	33	16	8	41	1.78
728998--729359	179	2.0	180	84	5	475	33	17	8	41	1.78
730147--730206	20	3.3	18	71	17	52	58	3	0	38	1.15
730009--730376	117	3.1	116	83	10	440	50	2	2	44	1.28
733694--733731	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734293--734946	28	22.7	28	83	7	703	23	17	29	28	1.97
734293--735196	141	6.4	141	78	11	831	24	17	30	28	1.97
734292--735162	169	5.0	169	81	8	955	23	17	30	28	1.97
734910--734987	41	1.9	40	89	2	120	20	14	33	32	1.92
734950--735191	28	8.5	28	79	8	220	24	16	30	28	1.97
734876--735009	69	1.9	69	90	0	214	22	14	32	30	1.94
734950--735126	28	6.2	28	83	5	221	20	16	33	29	1.95
734972--735162	55	3.4	54	81	5	202	22	17	31	28	1.97
743511--743580	20	3.5	20	80	3	79	40	10	14	35	1.79
743982--744076	23	4.1	23	75	10	77	36	3	3	56	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7