genome.fa.s276.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold276
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761718

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1849--1891	16	2.8	15	86	6	59	20	0	6	72	1.08
6463--6536	36	2.1	36	94	0	130	22	24	22	29	1.99
7796--7824	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
14812--14862	24	2.2	23	80	16	61	43	1	1	52	1.23
15880--15944	34	1.9	34	81	12	80	56	0	0	43	0.99
16494--16526	15	2.1	16	94	5	59	60	0	3	36	1.12
16489--16529	15	2.4	17	76	23	50	53	0	2	43	1.13
16511--16771	132	2.0	126	88	8	384	56	1	2	39	1.21
16742--16772	15	2.1	15	100	0	62	64	0	0	35	0.94
16742--16777	15	2.2	16	90	9	56	58	0	0	41	0.98
16768--16818	18	2.8	18	82	11	59	41	1	0	56	1.10
17503--17960	92	5.0	91	83	5	507	43	6	14	34	1.72
19815--19906	47	2.0	47	93	0	157	36	2	30	30	1.70
19811--19914	47	2.2	47	83	8	149	38	1	32	26	1.68
19862--19996	71	1.9	71	95	0	243	37	1	28	31	1.66
19798--20051	126	2.1	117	87	7	357	38	1	26	33	1.66
19938--20047	55	2.0	55	92	0	184	40	1	23	33	1.65
22882--23366	173	2.8	172	79	7	475	41	6	5	46	1.53
23202--23242	17	2.4	17	87	4	55	51	0	2	46	1.14
23414--23809	176	2.3	173	83	5	485	45	6	7	40	1.58
23414--23918	176	2.9	172	79	8	455	46	5	6	41	1.52
26428--26465	19	2.0	19	85	10	51	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29527--29590	25	2.7	24	80	11	69	35	3	3	57	1.30
29461--29855	112	3.5	113	79	9	410	45	5	4	45	1.46
29766--29818	15	3.6	14	75	9	52	43	1	0	54	1.11
36235--36378	29	5.0	29	77	9	143	37	24	2	35	1.70
36241--36406	87	1.9	87	83	4	219	37	23	3	35	1.73
36395--36451	29	2.0	29	89	0	87	42	17	8	31	1.80
38156--38204	20	2.3	21	82	10	55	67	4	8	20	1.34
47168--47509	115	3.0	115	81	3	379	43	9	8	38	1.69
47488--47800	159	2.0	158	82	3	387	33	14	16	35	1.89
50492--50533	19	2.1	21	86	8	61	59	4	0	35	1.19
51512--51705	72	2.7	72	81	4	219	34	1	9	55	1.41
51510--51843	74	4.6	72	77	9	281	31	2	10	55	1.48
53092--53423	73	4.6	72	81	5	345	52	13	3	30	1.56
53092--53423	74	4.6	71	80	7	336	52	13	3	30	1.56
53091--53423	72	4.6	72	80	6	363	52	13	3	30	1.56
53089--53423	147	2.3	139	81	7	386	52	13	2	30	1.55
53622--53655	18	1.9	17	88	5	50	67	5	0	26	1.13
55513--55550	19	2.1	18	90	5	58	63	2	0	34	1.09
56418--56455	12	3.2	12	88	3	51	28	5	0	65	1.14
56424--56457	6	5.8	6	86	6	52	29	2	0	67	1.05
56424--56457	17	1.9	18	88	5	52	29	2	0	67	1.05
59570--59618	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61681--61796	58	2.0	58	100	0	232	31	12	15	41	1.84
61707--61798	29	3.2	29	66	22	84	30	13	15	41	1.85
66637--66685	7	6.9	7	77	13	55	85	2	12	0	0.68
66634--66687	15	3.5	15	81	18	67	87	1	11	0	0.63
67044--67085	22	2.0	22	86	13	61	26	2	2	69	1.13
67420--67446	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
67924--67959	18	2.0	18	94	0	63	52	0	0	47	1.00
68010--68047	17	2.2	17	86	9	51	52	0	0	47	1.00
83340--83382	19	2.3	18	84	11	52	58	2	6	32	1.38
83623--83671	25	2.0	25	100	0	98	61	20	8	10	1.53
83682--83738	21	2.6	22	80	2	71	5	15	0	78	0.91
84284--84328	3	16.0	3	81	9	51	75	0	0	24	0.80
84284--84327	16	2.9	16	83	10	65	77	0	0	22	0.77
84365--84402	18	2.1	18	85	9	51	21	0	0	78	0.74
91517--91589	38	1.9	38	100	0	146	19	5	34	41	1.74
91998--92049	22	2.3	22	83	9	61	51	0	1	46	1.12
92090--92237	12	12.2	12	68	11	79	38	0	1	59	1.11
92094--92237	24	5.9	24	68	17	100	39	0	1	58	1.12
92090--92325	98	2.4	101	85	6	322	39	0	1	58	1.10
92094--92247	13	12.3	13	68	18	71	40	0	1	57	1.15
92213--92277	15	4.7	14	70	14	55	41	0	1	56	1.08
92250--92329	37	2.2	37	84	6	101	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92567--92601	18	1.9	18	88	11	54	42	0	0	57	0.99
92914--92956	16	2.6	17	82	10	54	53	0	2	44	1.13
95584--95612	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
95612--95637	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98858--98883	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
99942--99971	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
108607--108731	52	2.4	52	94	0	223	27	16	18	37	1.92
108607--108751	52	2.8	52	89	2	175	30	16	17	35	1.92
108805--108871	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
108827--108851	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
110492--110539	23	2.1	23	88	0	69	27	12	16	43	1.84
112376--112409	10	3.6	9	92	8	50	82	0	14	2	0.79
112376--112417	15	2.8	15	82	7	50	78	0	19	2	0.86
112645--112691	17	2.7	18	80	12	62	38	8	4	48	1.53
112956--112996	20	2.0	20	90	0	64	26	0	4	68	1.10
113212--113237	9	2.9	9	100	0	52	0	23	0	76	0.78
114968--115019	27	2.0	26	85	7	70	38	15	23	23	1.92
117464--117502	20	2.0	20	84	0	51	35	17	10	35	1.84
117986--118098	37	3.2	37	83	5	99	46	11	7	34	1.69
118004--118113	18	6.1	18	78	2	94	43	12	9	34	1.74
118004--118098	37	2.6	37	86	3	122	44	12	7	35	1.71
118020--118110	37	2.5	37	87	1	121	43	13	9	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120810--120880	18	3.9	18	85	3	97	42	7	7	43	1.59
134053--134110	26	2.2	27	78	12	66	43	0	0	56	0.99
137044--137103	22	2.8	20	78	14	57	66	1	1	30	1.11
141790--141822	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
142296--142339	16	2.8	16	96	0	79	47	25	11	15	1.79
142316--142371	22	2.5	22	94	0	94	46	25	16	12	1.81
142581--142628	22	2.2	22	85	7	62	56	4	4	35	1.38
142589--142633	22	2.1	21	95	4	81	48	4	4	42	1.43
143888--143920	15	2.1	16	94	5	59	66	0	0	33	0.92
147587--147649	23	2.8	23	87	2	83	50	23	3	22	1.63
147592--147657	23	2.9	22	80	6	69	50	22	3	24	1.63
150570--150599	16	1.9	16	93	6	53	0	0	13	86	0.57
151346--151388	22	1.9	23	90	4	70	6	23	13	55	1.62
152071--152113	19	2.3	19	92	4	70	48	11	20	18	1.79
152209--152290	43	2.0	41	85	4	110	29	19	24	26	1.98
152335--152368	11	3.4	10	88	11	52	17	0	0	82	0.67
152903--153767	42	20.5	42	76	6	624	35	19	29	15	1.93
152883--153814	253	3.7	253	82	2	1063	36	18	29	15	1.92
153613--153688	40	2.0	37	80	14	84	43	19	19	17	1.88
154053--154102	21	2.3	22	77	19	52	14	12	14	60	1.60
167354--167457	49	2.1	49	98	0	199	20	19	33	26	1.96
167652--167694	22	1.9	23	90	4	70	6	23	13	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168371--168413	19	2.3	19	92	4	70	48	11	20	18	1.79
168638--168698	19	2.9	21	77	22	74	18	1	3	77	0.99
170091--170167	37	2.1	37	83	9	95	44	11	15	28	1.82
171590--171645	21	2.7	21	81	10	69	39	3	25	32	1.73
173565--173590	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
181607--181732	52	2.4	52	93	0	216	27	16	19	36	1.93
181607--181752	52	2.8	51	87	4	204	29	15	19	35	1.93
181808--181904	19	5.8	18	67	30	72	39	16	11	32	1.84
181806--181902	31	3.0	32	89	4	151	38	16	11	34	1.84
186562--186638	16	4.8	16	72	1	64	10	14	29	45	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6