genome.fa.s284.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold284
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  702692

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107839--107889	16	3.1	16	79	20	52	0	15	3	80	0.86
107854--107910	19	2.9	19	84	7	62	3	17	3	75	1.09
113183--113258	7	10.7	7	72	13	57	50	0	0	50	1.00
113181--113320	50	2.9	50	85	5	180	47	0	0	52	1.00
113237--113309	23	3.1	23	68	14	60	52	0	0	47	1.00
113339--113627	145	2.0	146	92	2	483	31	11	9	48	1.71
116775--116814	19	2.1	19	100	0	80	17	22	15	45	1.85
125790--125828	12	3.3	12	89	7	62	69	0	0	30	0.89
129413--129462	27	2.0	25	81	14	59	54	2	0	44	1.11
129725--129769	20	2.2	20	88	0	72	64	2	0	33	1.06
130855--130891	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
131505--131574	31	2.2	32	85	5	90	38	4	0	57	1.19
131841--131884	24	1.9	24	86	9	65	40	0	2	56	1.11
132482--132511	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
132552--132597	13	3.7	12	85	8	65	65	0	0	34	0.93
135617--135660	20	2.2	20	88	8	63	52	0	0	47	1.00
135613--135711	25	3.8	26	75	14	80	45	1	0	53	1.07
135697--135726	11	2.7	11	94	0	51	33	0	0	66	0.92
136017--136050	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
135990--136046	28	2.0	28	83	6	71	50	0	3	45	1.18
136414--136515	30	3.4	30	95	1	186	38	0	0	60	1.03
136945--137254	152	2.0	152	93	1	532	40	12	8	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143798--143836	13	2.9	13	80	3	51	30	30	7	30	1.85
145686--145726	18	2.3	18	86	0	55	4	4	46	43	1.46
150058--150105	25	1.9	25	95	0	87	27	8	12	52	1.67
155860--155931	36	2.0	36	94	0	126	26	26	9	37	1.87
158098--158149	21	2.3	23	78	15	65	53	1	0	44	1.11
158103--158148	19	2.4	19	82	7	58	54	2	0	43	1.12
158511--158653	5	27.2	5	69	13	65	46	1	2	48	1.25
158603--158652	26	1.9	26	88	8	75	44	0	4	52	1.20
159161--159190	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
159355--159404	16	3.1	16	81	16	59	60	0	2	38	1.09
159367--159410	14	3.1	14	83	3	52	61	0	0	38	0.96
159355--159414	31	1.9	32	83	10	79	60	0	1	38	1.07
161106--161154	15	3.1	15	75	11	53	36	2	14	46	1.56
161268--161318	13	4.0	13	80	10	52	37	0	1	60	1.08
161276--161318	19	2.3	18	88	4	59	34	0	0	65	0.93
161276--161318	12	3.5	12	81	15	52	34	0	0	65	0.93
161284--161329	18	2.5	19	86	10	69	32	0	0	67	0.91
161330--161362	9	3.8	9	84	8	50	54	0	0	45	0.99
161320--161372	17	2.7	21	75	25	69	49	1	0	49	1.12
161331--161367	17	2.2	17	100	0	74	51	0	0	48	1.00
161418--161461	19	2.2	20	88	8	63	56	0	0	43	0.99
161426--161475	26	1.9	26	92	8	84	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161877--161934	19	3.1	19	75	12	57	44	1	0	53	1.10
163804--163843	16	2.3	18	83	12	57	67	2	0	30	1.04
164518--164542	8	3.1	8	100	0	50	48	12	0	40	1.40
165458--165501	15	3.1	14	80	6	54	61	0	0	38	0.96
165602--165637	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
168116--168145	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
168905--168939	15	2.4	14	90	4	52	20	5	0	74	1.02
168905--168944	14	2.7	15	88	3	55	22	5	0	72	1.04
170431--170473	22	1.9	23	85	4	61	58	2	4	34	1.32
174086--174146	26	2.3	26	83	8	70	67	4	0	27	1.11
174345--174402	30	1.9	30	92	0	98	41	10	1	46	1.48
174426--174471	18	2.6	17	80	12	58	36	6	2	54	1.39
174487--174588	21	4.2	23	74	15	82	57	0	1	39	1.16
174496--174555	28	2.1	29	87	3	86	63	1	1	33	1.14
174686--174734	23	2.2	23	92	3	82	22	20	12	44	1.84
174822--174870	21	2.4	21	82	3	64	67	0	0	32	0.91
185476--185500	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
185834--185863	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
189516--189595	5	16.4	5	74	14	60	63	0	1	35	1.02
189498--189595	24	4.0	24	77	9	90	62	0	1	36	1.02
189515--189596	11	7.1	11	72	10	56	64	0	1	34	1.01
189515--189575	11	5.8	10	78	16	61	63	0	1	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189564--189632	20	3.6	19	76	18	63	59	0	0	40	0.97
189500--189590	34	2.6	34	77	10	96	61	0	1	37	1.03
190201--190234	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
190566--190599	16	2.0	18	88	11	54	52	0	5	41	1.25
192445--192477	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
192943--192974	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
193682--193870	90	2.1	90	91	0	306	34	5	7	51	1.54
194516--194543	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
198699--198746	11	4.2	11	81	7	60	45	8	8	37	1.64
199361--199451	27	3.3	27	70	23	66	45	1	0	53	1.07
199473--199512	14	2.9	14	82	10	55	37	0	2	60	1.11
199783--199810	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
200878--200934	29	2.0	29	92	0	96	56	0	3	40	1.17
201299--201391	48	1.9	48	88	0	141	39	11	2	46	1.53
203873--203899	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
204597--204645	17	2.9	17	85	8	64	57	2	0	40	1.10
205077--205184	30	3.5	31	86	2	130	47	0	5	47	1.25
213646--213721	30	2.6	30	93	6	131	44	0	0	55	0.99
214036--214102	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
215247--215271	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
215323--215352	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
216943--216968	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218801--218859	9	6.6	9	71	21	52	37	0	0	62	0.95
218795--218868	18	4.1	18	74	17	64	37	0	0	62	0.96
218814--218862	22	2.3	22	85	3	64	38	0	0	61	0.96
218805--218889	15	5.4	16	71	16	63	37	0	1	61	1.04
218788--218965	16	10.2	18	67	20	74	37	1	1	60	1.12
218918--218959	22	1.9	22	85	0	57	33	4	0	61	1.17
219187--219249	32	1.9	32	84	15	85	50	0	1	47	1.10
219242--219282	15	3.2	13	83	16	50	48	4	0	46	1.23
219355--219407	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
220521--220584	25	2.5	25	97	2	119	42	3	14	40	1.61
224118--224151	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
225965--225999	17	2.1	16	89	5	52	82	0	0	17	0.66
226579--226633	27	2.0	27	100	0	110	25	10	23	40	1.87
230669--230708	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
231525--231603	39	2.0	39	83	9	99	45	1	0	53	1.08
231525--231606	38	2.1	39	82	11	96	45	1	0	53	1.08
231857--231898	21	2.0	21	100	0	84	38	0	0	61	0.96
231996--232042	13	3.4	14	80	13	62	57	0	0	42	0.98
232792--232845	14	3.9	14	80	7	58	48	0	1	50	1.11
232795--232852	14	3.8	16	70	23	52	50	0	1	48	1.11
232822--232862	14	2.9	14	88	3	55	60	0	0	39	0.96
238045--238071	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240318--240354	11	3.4	11	84	0	56	67	2	2	27	1.17
245332--245833	249	2.0	250	98	0	970	39	13	13	33	1.84
248597--248625	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
250642--250972	110	3.0	111	89	3	495	34	18	15	31	1.92
250674--251010	110	3.0	110	85	3	291	36	18	14	29	1.91
251107--251339	114	2.0	115	94	3	414	45	16	9	29	1.78
257953--257981	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
259109--259144	4	9.2	4	87	6	56	50	0	2	47	1.15
259422--259464	17	2.5	16	78	14	50	53	0	2	44	1.13
259672--259747	22	3.6	22	77	16	81	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5