genome.fa.s287.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold287
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  796744

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117128--117166	18	2.1	19	86	13	55	66	0	0	33	0.92
117229--117253	11	2.3	11	100	0	50	56	0	8	36	1.29
117803--117827	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
117898--117956	13	5.0	13	73	23	67	28	15	16	38	1.89
117880--117977	33	3.0	33	93	3	162	28	15	15	40	1.87
117910--117976	20	3.7	20	74	25	85	26	14	17	40	1.89
120302--120427	51	2.5	51	88	3	182	28	26	11	32	1.92
120433--120508	40	1.9	40	100	0	152	21	22	18	38	1.94
120533--120606	28	2.6	28	89	8	107	21	29	21	27	1.99
120589--120706	51	2.3	51	88	2	175	26	26	15	32	1.95
120558--120806	130	1.9	130	79	6	281	26	24	14	35	1.93
133158--133204	12	3.8	12	89	10	69	91	6	2	0	0.49
133158--133204	1	47.0	1	82	0	58	91	6	2	0	0.49
134177--134438	55	4.7	54	92	4	373	26	28	20	24	1.99
134347--134431	27	3.1	27	60	9	64	25	27	21	25	1.99
137485--137633	52	2.9	51	88	4	226	31	17	18	32	1.94
137622--137646	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
137709--137733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
138506--138615	58	1.9	58	83	3	141	31	18	30	20	1.96
138647--138781	31	4.3	32	81	9	161	17	19	34	28	1.95
138656--138789	32	4.2	32	78	2	135	20	18	34	26	1.96
138791--138954	36	4.9	35	77	13	175	33	12	33	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138825--138963	64	2.2	65	90	3	219	31	14	34	19	1.92
138772--138957	64	2.8	68	83	8	213	33	11	34	20	1.89
138856--138978	30	4.0	30	79	13	142	28	14	34	21	1.93
152337--152457	51	2.4	51	88	2	172	30	25	12	31	1.92
152392--152567	79	2.2	79	85	8	234	26	30	14	27	1.95
152520--152596	28	2.8	27	90	4	109	22	29	20	27	1.98
152441--152647	107	1.9	107	87	3	301	26	29	15	28	1.96
152581--152696	51	2.3	51	88	5	180	28	28	12	30	1.94
152548--152796	130	1.9	130	79	6	281	26	25	14	32	1.95
163067--163123	20	2.8	20	97	0	105	29	17	10	42	1.83
177123--177165	21	2.0	21	90	0	68	81	11	6	0	0.87
178405--178487	28	3.0	28	94	0	148	30	34	16	18	1.93
178468--178501	17	2.0	17	100	0	68	29	35	23	11	1.90
178439--178532	45	2.1	45	95	0	170	28	35	19	17	1.94
178485--178913	28	15.2	28	89	1	606	28	32	17	20	1.96
179779--179855	20	3.8	20	86	6	111	31	15	12	40	1.85
187891--187952	21	3.0	21	73	4	63	35	17	16	30	1.92
194988--195654	62	10.7	62	76	8	539	25	22	18	34	1.96
194985--195664	123	5.5	123	74	9	488	25	22	18	33	1.96
195716--195804	41	2.1	42	87	2	126	21	19	11	48	1.79
195993--196171	62	2.9	61	77	5	227	28	22	13	34	1.93
196433--196457	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196466--196593	52	2.5	52	94	1	222	35	19	17	27	1.94
199252--199287	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
199354--199394	20	2.1	20	86	4	57	9	51	31	7	1.62
200526--201159	32	19.8	32	95	0	1056	15	18	34	31	1.92
201145--201571	27	15.6	27	86	6	508	26	13	34	24	1.93
201127--201579	82	5.5	82	90	2	676	26	13	34	24	1.93
201142--201579	55	8.0	54	90	2	660	27	13	34	24	1.93
209386--209421	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
209489--209529	20	2.1	20	86	4	57	9	51	31	7	1.62
213341--213527	42	4.7	40	75	14	149	18	27	13	40	1.88
213341--213498	43	3.7	41	76	12	151	18	27	13	40	1.88
213339--213513	85	2.1	86	82	9	218	17	27	12	42	1.85
214243--214339	20	4.9	19	74	13	61	34	13	10	42	1.78
216680--217046	79	4.7	78	79	5	330	28	22	12	36	1.91
216977--217137	51	3.2	51	83	3	191	29	24	9	36	1.88
220537--220580	3	15.0	3	95	4	81	31	0	0	68	0.90
221249--221274	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
224793--224850	23	2.5	23	94	0	98	20	12	18	48	1.80
224886--225214	163	2.0	163	98	0	640	28	14	24	32	1.94
228458--228508	14	3.9	13	75	15	52	5	19	1	72	1.15
228455--228506	25	2.0	26	88	3	79	5	19	3	71	1.22
235184--235211	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239398--239445	16	2.7	20	73	26	54	56	0	2	41	1.11
239844--239931	36	2.4	36	96	1	158	53	0	7	38	1.30
241327--241361	16	2.2	16	89	0	52	28	0	8	62	1.24
245261--245298	19	2.0	20	94	5	69	50	2	10	36	1.51
247257--247287	14	2.2	14	100	0	62	32	16	0	51	1.44
247261--247299	20	2.0	20	85	10	53	33	17	0	48	1.48
249382--249415	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
250094--250148	22	2.3	25	81	9	62	41	0	3	54	1.18
250786--250843	10	5.6	10	80	8	62	25	1	1	70	1.06
250787--250844	21	2.7	22	82	10	68	27	1	1	68	1.08
254330--254364	11	3.2	11	91	0	52	45	8	17	28	1.77
256584--256626	22	2.0	22	100	0	86	27	25	13	32	1.94
259057--259096	21	1.9	21	84	0	53	50	10	10	30	1.69
265825--265884	23	2.7	23	80	12	70	40	5	11	43	1.63
270246--270313	35	1.9	35	84	0	91	38	8	7	45	1.63
276938--277310	37	9.8	36	69	16	130	28	15	15	41	1.87
280462--280518	28	2.0	28	100	0	114	28	10	3	57	1.48
283900--283971	20	3.5	21	86	7	78	33	16	12	37	1.86
283917--283971	20	2.7	20	94	2	92	32	18	10	38	1.85
287916--288254	150	2.2	154	76	9	345	41	19	13	26	1.88
289144--289298	82	1.9	81	87	1	229	49	15	10	23	1.76
291925--292050	41	3.1	41	71	5	121	41	12	24	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291918--292450	82	6.5	81	74	8	271	43	13	23	19	1.87
292109--292214	41	2.6	41	92	0	167	46	9	21	22	1.80
292090--292237	41	3.6	41	81	7	158	44	11	22	21	1.84
292266--292373	41	2.6	41	77	0	117	49	13	19	17	1.80
292220--292644	164	2.6	163	76	6	387	43	13	23	19	1.86
291918--292629	82	8.7	81	72	9	257	42	13	23	19	1.87
292613--292821	82	2.5	82	79	7	212	42	13	22	21	1.88
292588--292769	41	4.4	41	69	12	122	43	13	21	20	1.86
293420--293458	21	1.9	20	84	5	51	58	12	12	15	1.62
293335--293935	76	8.1	75	69	12	265	44	13	15	25	1.83
293561--293692	67	2.0	68	79	10	146	45	12	18	24	1.83
293494--293754	144	1.8	144	80	5	312	45	14	15	24	1.83
294113--294530	60	7.0	61	75	6	336	49	17	14	18	1.79
298153--298480	60	5.5	60	75	4	293	50	19	13	15	1.77
298301--298401	30	3.4	30	69	13	91	54	20	8	15	1.68
298155--298476	119	2.7	120	78	4	326	51	19	13	15	1.76
298513--298918	120	3.5	116	77	9	335	49	17	15	17	1.80
298513--298783	60	4.6	58	72	15	200	50	17	14	18	1.78
298760--298861	30	3.4	31	67	22	90	53	19	12	13	1.71
298746--299247	120	4.2	119	74	10	398	48	18	14	18	1.81
298746--299042	60	4.9	59	77	9	262	49	19	14	16	1.80
298756--299247	60	8.2	60	74	6	221	48	18	14	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298615--299319	360	2.0	358	82	4	857	48	17	14	18	1.80
300107--300132	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
300792--300910	40	3.2	40	63	24	103	23	30	7	38	1.82
300783--300926	73	2.0	73	98	0	279	25	26	7	40	1.82
302753--302791	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
304872--304902	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
306706--306750	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
308968--308993	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
310074--310421	88	4.0	87	79	7	353	41	13	19	25	1.88
310048--310440	44	8.9	44	66	16	143	41	13	18	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5