genome.fa.s287.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold287
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  796744

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 589 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660443--660521	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
660508--660546	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
662986--663058	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
663004--663079	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
662986--663079	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
663118--663143	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
670156--670219	29	2.2	29	78	10	69	59	10	4	25	1.50
673174--673199	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
673644--674070	120	3.6	118	75	5	338	44	11	24	19	1.83
673732--674069	80	4.2	80	77	2	284	45	10	25	18	1.81
673718--674069	40	8.8	40	77	1	256	45	10	25	19	1.81
673739--674131	120	3.3	120	76	2	290	45	10	24	18	1.81
674214--674820	65	9.5	63	74	13	235	45	14	20	19	1.85
674357--674462	53	2.0	53	81	3	124	45	13	19	21	1.84
674409--675525	65	17.3	64	71	11	446	44	13	21	21	1.86
676190--676391	59	3.4	59	77	3	192	46	19	15	18	1.85
676825--676899	20	3.8	20	94	0	132	36	16	13	34	1.87
678032--678101	35	2.0	35	94	0	122	35	12	15	35	1.86
680444--680469	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
681189--681227	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
683033--683058	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
685137--685167	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686968--687012	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
689226--689250	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
689206--689268	31	2.0	31	87	6	92	30	15	15	38	1.89
689779--690114	40	8.4	40	77	3	257	46	10	24	18	1.81
689779--690114	79	4.2	80	76	2	275	46	10	24	18	1.81
690242--690456	64	3.3	65	81	3	220	46	14	18	19	1.83
690454--691532	65	16.8	64	71	12	347	43	13	21	21	1.86
690976--691210	129	1.8	130	79	4	278	40	11	23	25	1.87
692232--692433	59	3.4	59	77	3	192	46	19	15	18	1.85
692867--692941	20	3.8	20	94	0	132	36	16	13	34	1.87
694073--694142	35	2.0	35	94	0	122	35	12	15	35	1.86
696485--696510	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
697229--697267	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
699073--699098	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
701177--701207	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
703012--703056	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
705820--706157	40	8.4	40	77	2	248	46	10	24	18	1.80
705820--706129	120	2.6	119	78	2	298	46	10	24	18	1.80
705697--706198	40	12.6	39	72	6	197	44	10	24	19	1.83
705949--706219	120	2.3	120	78	0	265	46	11	23	18	1.82
706302--706908	65	9.5	63	74	13	244	44	14	20	19	1.86
706497--707610	65	17.3	64	71	11	456	44	13	21	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708278--708479	59	3.4	59	77	3	192	46	19	15	18	1.85
708913--708987	20	3.8	20	94	0	132	36	16	13	34	1.87
710107--710176	35	2.0	35	94	0	122	35	11	14	38	1.82
716007--716068	18	3.6	17	79	16	67	80	9	8	1	0.97
716308--716352	18	2.5	18	82	7	56	84	11	4	0	0.76
716718--716789	19	3.7	19	84	12	92	33	12	16	37	1.86
720984--721174	30	6.3	30	85	6	253	22	32	17	27	1.96
720985--721174	62	3.2	60	88	5	269	22	33	17	27	1.96
720984--721174	92	2.1	90	86	4	260	22	32	17	27	1.96
721180--721341	61	2.7	61	85	1	220	22	33	12	31	1.92
721221--722266	27	34.1	32	70	15	476	22	31	12	32	1.91
721282--721486	91	2.3	91	85	2	277	22	31	12	33	1.91
721384--722097	59	11.8	59	73	13	360	22	32	12	32	1.91
721390--721605	119	1.8	118	89	3	344	22	30	12	33	1.92
721196--722067	151	5.8	147	78	9	632	22	32	12	32	1.92
721432--722258	180	4.5	181	78	10	697	22	31	12	32	1.92
721696--722224	94	5.8	93	79	10	495	22	31	13	32	1.92
722472--722684	32	6.7	31	85	5	275	30	26	19	23	1.98
722472--722684	94	2.2	93	85	4	284	30	26	19	23	1.98
722688--723119	43	9.1	43	73	16	288	22	25	18	33	1.97
722693--723478	52	15.9	49	75	10	588	24	24	17	33	1.96
722733--723316	95	5.9	99	81	9	572	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722741--723419	101	6.8	99	78	10	471	24	25	17	33	1.96
724164--724217	20	2.8	19	84	15	67	31	12	14	40	1.84
724235--724306	20	3.6	20	90	0	117	36	13	12	37	1.83
726626--726830	111	1.8	112	86	1	295	38	13	15	33	1.86
729089--729139	21	2.4	21	90	0	75	13	9	27	49	1.74
729101--729140	21	1.9	21	100	0	80	10	12	27	50	1.72
734329--734381	23	2.2	23	83	10	61	22	22	18	35	1.95
734429--734495	30	2.2	30	94	0	116	16	19	13	50	1.77
734567--734608	12	3.3	12	87	12	66	9	23	11	54	1.66
734893--734972	8	10.8	8	72	20	57	31	2	0	66	1.05
734917--734972	15	3.6	16	83	9	64	28	1	0	69	0.98
735506--735546	18	2.3	18	87	4	57	46	2	0	51	1.14
739153--739214	10	6.1	10	77	9	54	24	1	3	70	1.10
739153--739208	21	2.6	21	80	8	60	23	1	3	71	1.11
742128--742593	231	2.0	231	94	0	815	39	13	14	32	1.85
744259--744376	41	3.0	41	61	26	101	34	15	16	33	1.90
753464--753506	17	2.6	16	81	3	59	34	11	9	44	1.73
753463--753522	16	3.7	16	78	8	59	36	11	8	43	1.71
754679--754703	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
754692--754746	20	2.7	21	80	2	67	41	12	18	27	1.86
754796--754821	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
760996--761020	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762896--762939	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
763474--763498	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
763487--763541	20	2.7	21	80	2	67	41	12	18	27	1.86
763591--763616	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
763571--763638	33	2.1	33	86	2	93	36	16	13	33	1.87
765329--765375	20	2.3	21	88	3	69	38	12	17	31	1.87
770655--770689	15	2.3	15	95	0	61	74	11	0	14	1.08
770764--771328	277	2.0	278	85	7	752	49	9	9	31	1.68
771799--771931	17	7.6	17	71	16	78	39	12	9	39	1.74
771767--771912	33	4.4	33	66	16	86	40	10	8	39	1.72
774137--774189	22	2.3	23	83	6	63	52	1	1	43	1.23
775647--775702	20	2.8	20	83	5	69	41	8	17	32	1.81
775777--775841	21	3.1	21	77	4	78	32	18	18	30	1.95
777994--778221	97	2.4	96	79	6	228	29	21	12	36	1.90
788237--788298	33	1.9	32	87	9	90	32	16	12	38	1.86
788237--788298	32	1.9	33	87	9	92	32	16	12	38	1.86
788346--788372	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
788358--788412	20	2.8	20	94	0	92	32	9	20	38	1.84
788842--788934	36	2.8	31	78	18	107	32	13	24	29	1.94
791212--791250	17	2.3	18	82	13	55	30	15	7	46	1.74
796638--796674	19	1.9	19	88	0	56	32	16	16	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5

The End!