genome.fa.s287.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold287
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  796744

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493--2691	79	2.5	79	80	1	220	30	16	27	25	1.96
2702--3351	104	6.2	101	70	9	401	32	12	26	28	1.93
2905--2981	28	2.8	28	83	0	82	23	19	33	23	1.97
2592--3351	262	2.9	261	95	1	1317	31	13	26	28	1.94
3167--3238	28	2.6	29	84	6	94	22	18	36	23	1.95
2702--3358	51	12.6	51	70	11	400	31	12	26	28	1.93
4271--4426	55	2.8	55	83	3	190	8	24	37	30	1.85
4702--4811	52	2.2	48	76	16	109	12	24	10	52	1.69
4722--4801	26	3.1	26	98	0	151	12	26	8	52	1.68
4905--4931	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
5573--5658	28	3.1	28	61	8	68	24	23	27	24	2.00
5553--6040	55	8.4	60	81	10	504	26	20	26	26	1.99
5553--6040	116	4.2	113	81	9	506	26	20	26	26	1.99
5963--6265	95	3.2	95	90	1	484	25	18	29	26	1.98
10209--10337	52	2.5	52	94	2	224	31	17	17	33	1.94
10208--10357	52	2.9	50	84	12	187	32	17	18	32	1.94
10346--10370	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11346--11465	56	2.1	54	82	10	134	35	14	26	24	1.93
11466--12165	50	14.6	51	69	23	260	30	18	28	22	1.97
11520--11709	48	3.8	52	75	19	185	28	18	29	23	1.98
11518--12042	94	5.5	100	73	20	307	30	18	28	22	1.97
11376--12018	95	6.7	90	74	18	420	30	18	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11950--12165	48	4.5	49	72	21	195	32	18	26	23	1.97
11849--12164	145	2.2	139	84	11	401	32	18	26	22	1.97
11953--12165	49	4.4	48	70	24	153	32	18	26	23	1.97
13174--13250	25	3.0	25	88	11	111	53	9	25	11	1.67
13174--13254	28	3.0	29	89	8	118	51	9	25	12	1.70
13564--13702	18	7.6	18	71	10	104	28	37	25	7	1.84
13550--13705	55	2.8	55	83	3	190	30	37	24	8	1.85
14629--15249	51	11.9	50	69	12	347	28	26	12	32	1.93
14739--14810	28	2.6	28	86	4	92	23	36	18	22	1.95
14793--15248	104	4.4	104	71	10	306	29	25	13	32	1.93
14626--15385	262	2.9	262	95	0	1310	28	26	13	31	1.94
14844--15224	211	1.8	211	82	5	502	28	25	13	32	1.93
15290--15492	79	2.6	79	80	1	228	25	29	15	29	1.96
16683--16718	18	1.9	19	94	5	65	50	0	16	33	1.46
17706--17755	26	1.9	26	87	0	73	54	0	4	42	1.19
17735--17772	18	2.1	18	85	9	51	52	2	5	39	1.38
21564--21618	24	2.4	23	80	14	60	40	0	1	58	1.09
22059--22092	17	1.9	18	88	5	52	35	5	0	58	1.22
22399--22433	16	2.2	16	89	0	52	51	8	8	31	1.63
22440--22465	12	2.2	12	100	0	52	73	0	0	26	0.84
22773--22806	17	2.0	17	88	0	50	73	0	2	23	0.97
36644--36776	50	2.7	50	90	2	205	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39079--39670	155	3.9	152	78	8	504	31	8	8	51	1.63
40646--41217	157	3.7	157	85	2	776	27	10	18	43	1.83
41967--42432	154	3.1	149	76	10	414	25	14	19	40	1.90
44119--44155	17	2.2	17	90	0	56	5	0	8	86	0.70
46259--46310	21	2.5	20	87	3	68	44	13	13	28	1.82
49871--49944	7	10.4	7	72	17	55	81	2	12	4	0.94
49874--49944	22	3.2	22	81	2	79	80	2	12	4	0.97
50368--50418	21	2.6	19	81	6	57	37	11	15	35	1.84
50472--50499	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
50452--50518	33	2.0	33	88	5	100	29	16	13	40	1.87
54414--54611	88	2.2	88	87	0	288	26	19	10	43	1.83
55160--55233	21	3.6	20	82	10	71	37	9	21	31	1.85
55274--55314	20	2.0	20	85	0	55	26	12	7	53	1.64
55269--55399	51	2.5	52	87	3	185	30	14	11	43	1.81
58661--58849	80	2.3	80	80	5	202	33	15	27	23	1.95
58805--58875	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
58721--58927	109	1.9	109	91	3	337	28	14	28	28	1.95
58860--58990	51	2.5	51	82	9	165	32	11	25	30	1.91
62248--63450	55	21.3	54	84	8	1417	22	20	29	27	1.98
62248--63450	110	10.7	110	91	4	1653	22	20	29	27	1.98
62740--62884	26	5.3	26	62	23	75	20	18	32	28	1.96
69618--69689	28	2.6	28	86	4	92	23	19	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69613--69852	108	2.2	109	91	3	378	28	15	28	27	1.96
69730--69800	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
69785--69915	51	2.5	51	82	9	165	32	11	25	30	1.91
72244--72308	33	2.0	33	87	0	94	43	13	15	27	1.85
72330--72429	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
72352--72408	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
72333--72427	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
72465--72543	21	3.8	20	81	9	88	32	16	13	36	1.88
74134--74189	24	2.3	24	90	0	94	12	17	19	50	1.78
74046--74275	112	2.0	113	85	0	309	20	19	14	45	1.85
75628--75726	51	1.9	51	84	8	130	33	12	25	29	1.92
75681--76077	79	5.0	76	78	8	352	36	12	22	28	1.91
76064--76294	79	2.9	79	85	2	297	33	13	24	28	1.93
75883--76262	186	2.1	184	83	7	493	34	14	22	28	1.94
78625--78758	50	2.7	50	88	0	187	43	11	16	28	1.83
79059--79301	43	5.7	43	74	5	168	21	25	17	35	1.95
79370--79448	38	2.1	38	82	0	95	13	20	16	49	1.79
79342--79518	41	4.4	41	77	7	155	16	24	13	44	1.84
79545--79914	43	8.7	43	77	4	203	22	26	14	36	1.92
79688--79935	128	1.9	128	84	3	329	23	25	13	37	1.91
79541--79876	85	3.9	84	75	4	262	23	27	13	35	1.92
79534--79897	171	2.1	170	78	3	401	22	25	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79925--80058	38	3.4	38	72	6	115	14	23	14	46	1.83
79924--80118	79	2.5	79	80	1	194	17	24	13	44	1.85
80259--80590	43	7.9	43	70	11	181	22	23	15	38	1.92
80672--80783	41	2.7	41	75	8	120	23	28	13	34	1.92
80726--81020	41	7.1	41	84	1	329	20	23	16	40	1.91
82063--82449	154	2.5	152	79	5	440	33	11	8	46	1.70
82472--82513	19	2.3	17	84	15	57	26	0	4	69	1.08
83782--83806	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
83935--83972	20	1.9	20	88	0	58	39	7	10	42	1.69
85920--85960	23	1.9	22	85	14	59	26	2	19	51	1.59
88621--88668	16	2.7	19	78	18	66	22	10	16	50	1.76
88845--88890	20	2.3	20	85	7	58	34	13	17	34	1.88
89799--90374	157	3.7	157	86	4	752	25	10	18	45	1.81
91203--91881	156	4.4	155	76	9	617	27	15	18	38	1.91
91120--91715	301	2.0	301	82	5	731	27	15	18	38	1.91
98969--99010	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
101202--101232	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
101186--101252	33	2.0	33	88	5	100	35	13	16	34	1.88
107419--107444	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107567--107613	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
109919--109974	19	2.9	19	89	5	85	33	12	17	35	1.88
109919--109973	20	2.8	20	91	2	85	32	12	18	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110003--110055	20	2.7	20	91	5	81	35	13	18	32	1.90
111557--111642	24	3.7	23	82	10	86	56	4	1	37	1.27
111600--111649	24	2.1	24	96	0	91	52	8	4	36	1.50
115196--115230	12	2.8	13	82	8	54	54	0	0	45	0.99
115315--115395	29	2.7	30	73	11	76	55	0	1	43	1.07
115366--115688	129	2.6	124	86	7	442	52	1	2	43	1.24
115562--115590	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
116652--116676	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
116994--117033	14	2.7	16	77	18	50	37	0	2	60	1.11
116966--117032	13	5.2	13	77	8	57	38	1	2	56	1.24

Tables:   1   2   3   4   5