genome.fa.s308.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold308
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  505154

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12099--12154	19	2.9	19	89	2	76	35	19	16	28	1.93
12139--12165	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
12120--12184	33	2.0	32	93	3	112	41	16	15	26	1.88
12712--12786	39	1.9	39	94	0	132	30	26	2	40	1.70
12703--12771	17	3.8	17	68	18	50	30	28	1	39	1.66
14508--14538	11	2.8	11	95	0	53	41	0	22	35	1.54
14646--14674	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
20920--20975	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
22896--22949	20	2.7	21	82	8	67	37	14	12	35	1.85
23604--23645	22	1.9	22	90	0	66	21	33	7	38	1.81
25525--25558	13	2.6	13	90	0	50	44	14	8	32	1.76
31070--31123	19	2.8	20	88	2	74	38	18	12	29	1.88
32104--32134	5	6.2	5	100	0	62	61	19	0	19	1.35
32355--32935	42	14.0	42	84	4	631	13	29	18	37	1.90
32671--32990	84	3.8	84	81	5	317	14	29	20	35	1.92
33534--33601	31	2.2	31	91	0	109	35	17	27	19	1.94
34172--34225	24	2.2	24	93	0	90	33	29	25	11	1.91
34273--34336	32	2.0	32	87	0	92	35	31	17	15	1.91
35127--35158	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
35119--35144	11	2.4	11	100	0	52	73	7	0	19	1.07
38544--38594	27	1.9	26	92	4	84	21	31	17	29	1.96
42854--42878	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45098--45147	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
46945--46975	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
49056--49080	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
49192--49237	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
51612--51676	21	3.6	19	71	26	61	43	13	12	30	1.81
51630--51655	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
51612--51676	34	2.0	32	90	6	103	43	13	12	30	1.81
52914--53268	197	1.8	197	85	2	507	38	9	7	44	1.64
55005--55043	15	2.8	14	88	7	53	2	17	0	79	0.84
55006--55059	26	2.1	26	82	6	65	5	18	0	75	0.98
55800--55841	22	1.9	22	85	9	59	52	0	0	47	1.00
56305--56334	5	6.0	5	92	0	51	76	0	23	0	0.78
58395--58435	18	2.3	18	100	0	82	26	17	9	46	1.79
58531--58661	66	2.0	67	90	1	210	49	8	4	37	1.54
60663--60718	28	2.0	28	100	0	112	32	17	28	21	1.96
67302--67344	13	3.4	12	81	12	50	6	25	2	65	1.30
67337--67366	14	2.1	14	93	0	51	16	16	0	66	1.25
68312--68350	20	1.9	21	94	5	71	35	23	20	20	1.96
68341--68403	33	1.9	33	87	6	92	38	14	12	34	1.84
68431--68484	20	2.7	20	88	5	74	33	12	18	35	1.89
70052--70094	3	14.3	3	95	0	77	37	0	32	30	1.58
75385--75452	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75387--75449	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
75406--75430	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75492--75517	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
75472--75538	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
77922--78070	79	1.9	80	86	8	214	30	27	14	28	1.95
78003--78390	52	7.3	52	70	17	248	28	26	13	31	1.94
77865--78417	213	2.8	184	86	8	597	29	26	13	31	1.93
78164--78232	27	2.5	27	88	6	95	24	30	21	23	1.99
77976--78456	213	2.3	212	96	1	874	27	28	14	29	1.95
78003--78389	106	3.7	104	75	13	421	28	26	13	31	1.94
78377--78449	27	2.7	27	86	2	92	23	34	21	20	1.97
83154--83229	31	2.5	31	86	2	109	46	11	15	26	1.81
85375--85399	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85478--85528	20	2.5	20	84	6	59	33	13	21	31	1.92
88514--88542	14	2.0	15	93	6	51	62	31	0	6	1.22
94452--94489	18	2.1	19	85	5	51	63	5	26	5	1.37
96900--96956	24	2.2	25	81	9	62	21	21	1	56	1.52
100737--100790	19	2.8	19	88	2	72	33	11	22	33	1.89
101406--101454	21	2.3	21	92	0	80	40	24	2	32	1.67
103373--103420	23	2.1	23	100	0	96	35	12	12	39	1.81
111006--111130	52	2.4	52	97	0	232	27	17	18	36	1.93
111006--111150	52	2.8	52	92	2	202	29	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111136--111163	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
111206--111270	33	2.0	33	87	0	94	40	15	12	32	1.84
111226--111250	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112372--112438	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
112895--112920	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
112875--112938	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
115744--115908	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
117434--117500	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
117958--117983	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
118402--119051	49	12.8	52	76	12	389	32	16	25	25	1.96
118504--119098	43	13.1	43	69	20	303	31	16	26	24	1.97
118464--118693	97	2.4	95	84	7	306	30	18	26	24	1.98
118377--119006	314	2.0	314	95	0	1145	33	16	25	24	1.96
118774--119093	49	6.7	49	82	8	387	30	18	25	25	1.98
119093--119204	33	3.4	32	85	6	145	19	18	34	26	1.95
119197--119445	27	7.6	34	78	11	181	30	13	35	20	1.91
119321--119449	36	3.7	36	88	4	185	34	11	31	21	1.89
119474--119618	31	4.8	32	73	12	110	28	15	28	27	1.96
119476--119681	92	2.2	93	86	5	285	29	15	29	26	1.96
119503--119759	31	8.3	30	68	12	135	30	16	27	25	1.96
119595--119759	63	2.6	62	83	9	194	30	16	27	24	1.97
122010--122052	20	2.2	20	87	4	61	37	11	18	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122690--122731	21	2.0	21	90	0	66	35	26	2	35	1.70
126179--126226	20	2.3	20	80	13	53	45	4	2	47	1.33
132313--132337	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
132505--132629	61	2.0	61	100	0	250	20	21	19	38	1.94
134006--134036	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
134081--134134	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
134081--134150	20	3.6	19	86	7	70	37	17	15	30	1.91
134444--134548	41	2.6	41	83	1	122	47	14	21	16	1.82
134689--135047	66	5.3	66	76	13	318	43	14	23	18	1.87
134778--134889	32	3.5	31	71	18	93	39	14	25	20	1.90
134694--135047	143	2.6	135	80	7	403	43	14	23	18	1.87
136813--137303	154	3.2	153	80	5	456	40	19	12	26	1.88
141819--141911	40	2.3	40	79	3	107	46	10	23	19	1.81
141929--142051	41	3.0	40	79	10	122	39	11	28	21	1.88
142085--142241	82	1.9	82	80	2	181	40	11	26	22	1.88
142620--142792	41	4.2	41	73	7	122	40	12	24	21	1.89
143085--143183	41	2.4	41	76	6	119	45	10	22	22	1.82
143511--143738	123	1.9	123	80	3	271	43	12	25	18	1.85
143923--144010	41	2.1	41	82	12	101	44	9	21	25	1.81
144046--144180	70	1.9	70	80	5	157	42	14	24	19	1.88
144115--144284	41	4.1	41	79	6	191	42	16	23	17	1.88
144548--144683	41	3.3	40	90	3	202	33	11	33	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144548--144714	82	2.0	81	80	3	183	35	13	31	20	1.91
147123--147248	37	3.6	37	71	12	129	15	20	29	34	1.94
147121--147277	68	2.3	68	93	0	269	14	22	31	32	1.93
147160--147274	31	3.5	31	67	13	86	12	21	32	33	1.90
147566--147675	31	3.6	30	76	10	116	16	25	30	27	1.96
147547--147698	61	2.4	61	84	5	180	19	24	28	27	1.98
147261--147666	179	2.3	179	80	3	433	20	23	26	29	1.99
147870--148029	44	3.7	42	80	8	160	43	11	26	19	1.84
149051--149220	79	2.2	79	87	0	250	34	15	21	27	1.94
149205--149320	50	2.3	51	83	4	137	28	12	29	29	1.94

Tables:   1   2   3   4