genome.fa.s308.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold308
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  505154

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149129--149491	129	2.8	130	82	6	398	33	13	23	28	1.93
149255--149400	79	1.8	79	83	2	195	32	13	25	28	1.94
149332--149451	51	2.4	51	83	5	154	34	13	23	29	1.93
151824--151853	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
152413--152514	41	2.5	41	79	7	109	45	9	27	17	1.80
152494--152811	89	3.6	88	79	13	282	41	13	25	19	1.88
152520--152811	43	6.5	45	77	12	289	40	14	25	19	1.90
152520--152811	134	2.2	134	86	2	417	40	14	25	19	1.90
152819--152982	55	2.9	55	89	4	238	23	20	27	28	1.99
152909--153243	94	3.6	94	92	0	544	27	18	28	25	1.98
153190--153954	123	6.2	123	87	3	1004	31	19	24	24	1.98
153190--153954	62	12.4	62	87	3	990	31	19	24	24	1.98
161687--161782	20	4.8	20	75	12	99	41	17	12	28	1.86
162350--162978	62	10.3	62	87	3	811	28	19	26	26	1.99
166389--166441	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
170461--170500	15	2.7	15	88	0	53	47	15	20	17	1.83
172572--172610	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
175181--175206	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
175163--175227	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
178036--178060	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
178013--178080	33	2.1	33	89	8	104	33	13	17	35	1.89
178112--178164	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178152--178180	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
178166--178216	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
180482--180522	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
180654--180692	13	3.0	13	88	0	60	38	17	15	28	1.91
180893--180918	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
185238--185268	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
186860--186913	20	2.7	20	83	16	76	27	11	22	38	1.88
186940--186992	20	2.6	21	84	3	72	30	16	13	39	1.87
186980--187008	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
186994--187044	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
195426--195464	4	9.8	4	88	0	60	23	5	0	71	1.05
198472--198496	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
198484--198529	20	2.2	20	84	3	56	39	13	17	30	1.87
198571--198619	20	2.5	20	86	3	64	40	20	12	26	1.87
200208--200238	9	3.4	9	95	0	53	41	0	32	25	1.56
204367--204405	13	3.0	13	80	0	51	33	17	12	35	1.88
204537--204579	22	2.1	21	87	12	63	37	20	0	41	1.53
206837--206912	20	3.8	20	78	7	73	39	14	17	28	1.89
206945--207005	17	3.7	17	76	24	76	34	18	16	31	1.93
206962--207018	13	3.9	13	74	24	51	33	15	15	35	1.90
206944--207041	32	3.1	32	89	4	137	34	16	15	33	1.90
208997--209024	14	2.0	14	100	0	56	28	14	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211628--211666	11	3.3	13	80	20	50	64	12	15	7	1.49
212032--212065	17	2.0	18	88	11	54	11	8	5	73	1.24
216263--216287	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
216565--216636	36	2.0	36	94	0	126	47	30	6	15	1.72
218753--219271	166	3.1	165	83	5	617	31	11	7	49	1.68
219707--219779	36	2.0	37	89	7	114	20	31	20	27	1.97
220438--220468	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
220422--220488	33	2.0	33	86	11	93	37	13	16	32	1.88
226621--226662	13	3.2	13	89	0	66	33	11	16	38	1.86
228510--228550	18	2.2	20	86	8	59	56	0	29	14	1.39
229157--229200	13	3.1	13	77	22	52	27	13	15	43	1.85
231223--231279	25	2.3	24	82	11	71	68	3	1	26	1.15
232116--232169	20	2.7	20	91	0	90	27	12	12	46	1.79
232151--232180	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
234498--234643	79	1.8	79	83	2	195	29	26	12	32	1.92
234627--234851	79	2.9	76	84	7	274	28	26	13	31	1.94
234495--234771	130	2.1	130	85	3	369	29	25	11	32	1.92
235829--236751	151	6.1	150	78	5	794	25	18	18	37	1.93
235829--236753	304	3.1	300	78	5	942	25	18	18	37	1.93
239423--239462	21	1.9	21	85	10	55	20	10	15	55	1.68
241687--241723	10	3.8	10	96	3	67	0	24	0	75	0.80
242565--242597	12	2.6	13	85	9	50	30	6	24	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242893--242932	2	20.0	2	94	0	71	50	0	2	47	1.14
244223--244563	85	4.0	83	84	5	402	46	11	22	19	1.82
244339--244552	42	5.0	42	67	10	121	44	10	24	20	1.83
244543--244596	28	1.9	29	85	7	76	57	5	16	20	1.59
244984--245111	40	3.2	40	75	10	118	39	16	25	18	1.91
244885--245253	80	4.5	80	72	11	253	41	14	24	19	1.89
245060--245159	52	1.9	52	81	4	121	41	15	29	15	1.87
245022--245203	92	2.0	92	83	4	233	41	14	26	17	1.88
245115--245251	40	3.4	40	77	2	132	45	13	23	18	1.84
246239--246599	88	4.1	87	83	3	361	42	14	18	24	1.87
246318--246521	44	4.6	46	66	14	115	44	15	16	24	1.86
246238--246599	176	2.1	175	81	1	420	43	14	17	24	1.87
247068--247100	9	3.7	9	91	0	57	90	6	0	3	0.52
247481--247556	20	3.8	20	77	17	79	31	18	11	38	1.87
247571--247645	20	3.8	19	73	7	69	29	16	10	44	1.81
247470--247695	91	2.5	91	85	2	285	27	18	11	42	1.84
254972--255023	26	2.0	26	100	0	104	23	26	11	38	1.89
256524--256862	28	12.2	28	83	2	362	25	28	13	32	1.94
256524--256941	84	5.0	82	79	7	369	25	28	14	31	1.95
256559--256932	56	6.7	56	80	4	188	26	28	14	30	1.95
256943--257625	32	22.4	31	81	9	503	31	30	17	20	1.95
256853--257674	90	9.1	88	77	9	666	30	29	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256897--257661	154	5.0	151	81	7	720	31	30	17	21	1.96
256864--257669	122	6.7	122	83	6	867	31	29	17	21	1.96
258567--258604	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
258660--258738	31	2.5	31	85	2	113	20	16	11	51	1.74
262668--262715	17	2.8	17	78	15	53	4	8	4	83	0.90
262662--262714	25	2.2	24	86	3	70	5	9	3	81	0.98
262675--262733	17	3.3	18	85	4	66	5	11	1	81	0.93
262659--262714	8	6.9	8	79	4	67	5	8	3	82	0.94
266553--267015	157	3.0	155	83	2	559	38	20	16	24	1.92
272266--272319	19	2.8	20	91	2	83	37	16	18	27	1.93
272266--272336	20	3.6	19	86	7	72	38	15	18	28	1.91
274631--274689	10	5.6	11	80	9	61	47	0	18	33	1.49
279353--279425	20	3.7	19	85	3	83	30	15	17	36	1.91
279370--279425	19	2.9	19	86	2	76	30	17	17	33	1.94
279470--279500	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
279454--279520	33	2.0	33	88	5	100	34	14	16	34	1.90
288131--288193	25	2.5	26	94	2	110	36	20	14	28	1.92
288220--288248	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
288203--288267	32	2.0	33	90	3	105	29	16	15	38	1.90
288232--288284	19	2.7	19	88	2	79	32	16	16	33	1.92
288336--288362	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
288318--288382	33	2.0	33	90	6	105	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291016--291082	33	2.0	33	88	5	100	37	17	11	32	1.87
291044--291081	20	1.9	20	88	0	58	42	18	7	31	1.79
291115--291166	19	2.7	20	90	3	79	38	17	13	30	1.88
291151--291179	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
291132--291196	32	2.0	33	93	3	114	40	15	15	29	1.88
291670--291694	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
291748--291799	19	2.7	19	90	3	77	36	15	17	30	1.91
291784--291810	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
291765--291827	32	1.9	33	87	9	94	41	14	15	28	1.87
290772--292008	633	2.0	633	86	3	1738	31	15	16	36	1.91

Tables:   1   2   3   4