genome.fa.s313.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold313
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  790584

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 630 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105262--105389	52	2.5	52	94	1	222	32	17	17	31	1.94
108525--108591	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
108545--108569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
108652--108779	52	2.5	52	97	1	240	32	17	17	31	1.94
111474--111516	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
116509--116589	30	2.6	31	88	1	110	24	28	18	28	1.98
116566--117272	61	10.9	62	81	11	614	20	33	12	32	1.91
116543--117277	34	22.6	33	74	16	485	20	33	12	32	1.91
116724--116775	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
116566--117244	95	7.0	96	77	13	614	20	33	12	32	1.91
117115--117168	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
117141--117284	36	4.1	34	81	7	164	18	33	11	37	1.86
117148--117297	71	2.1	70	85	6	196	20	34	11	34	1.88
117282--117351	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
117362--118254	49	18.6	49	81	7	1048	25	26	17	31	1.97
117362--118312	92	9.8	98	87	7	1191	25	25	17	31	1.97
119178--119244	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
119198--119222	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123002--123059	13	4.0	13	76	23	62	29	13	15	41	1.86
122982--123077	32	3.0	32	96	1	174	28	12	15	43	1.83
122982--123077	19	5.6	19	70	28	90	28	12	15	43	1.83
123129--123184	20	2.8	20	83	5	69	30	16	16	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127429--128080	92	7.0	92	91	1	1009	31	17	25	24	1.97
128075--128400	32	9.9	33	85	10	411	20	17	33	28	1.96
128068--128400	65	5.1	64	85	9	419	20	17	33	28	1.95
128399--129253	36	25.3	35	80	11	871	33	12	34	19	1.90
128650--129253	69	8.9	69	86	7	735	33	13	33	19	1.90
128406--129221	105	8.0	104	83	9	895	33	12	34	19	1.90
129090--129210	35	3.5	34	86	7	172	34	13	33	19	1.90
130190--130259	23	3.2	21	88	11	97	0	7	10	82	0.83
130207--130261	12	4.1	14	74	11	53	0	7	9	83	0.81
130195--130262	16	3.9	17	83	11	75	0	5	11	82	0.83
130499--130551	17	3.2	17	84	12	58	0	1	16	81	0.79
130508--130551	17	2.7	16	86	13	63	0	0	18	81	0.68
130516--130543	12	2.3	12	100	0	56	0	0	14	85	0.59
136589--136697	52	2.1	52	94	0	191	29	16	17	36	1.92
141251--141310	20	3.0	20	68	7	59	40	16	8	35	1.79
144129--144531	102	3.9	103	82	7	467	38	8	20	32	1.82
144146--144532	206	1.9	209	84	7	527	39	7	19	32	1.80
147669--147824	65	2.4	65	79	13	203	33	23	12	30	1.92
147669--147827	64	2.5	64	81	11	207	32	24	12	30	1.92
147672--147827	32	4.9	31	80	14	169	32	24	12	30	1.93
148279--148305	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
148479--148522	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149149--149225	20	3.8	20	83	6	111	33	12	12	40	1.82
149149--149226	40	2.0	39	92	2	129	33	12	14	39	1.84
157920--157945	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
163476--163552	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
163588--163655	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
163609--163633	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
163590--163652	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
166158--166231	27	2.7	28	85	2	96	24	35	20	20	1.96
166048--166436	51	7.4	51	73	13	265	30	25	12	31	1.93
166214--166436	52	4.3	52	82	2	243	30	25	12	32	1.92
166455--166523	28	2.5	28	85	4	86	26	34	14	24	1.94
168344--168428	7	11.9	7	75	13	59	81	12	3	2	0.92
168347--168428	15	5.4	14	75	15	65	81	12	3	2	0.91
168364--168428	22	2.9	22	84	6	69	80	13	4	1	0.95
169501--169558	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
169597--169621	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
169630--169757	52	2.5	52	93	3	215	33	17	17	31	1.93
173284--173685	28	14.1	28	84	4	466	30	31	17	21	1.96
173284--173635	141	2.5	142	85	2	460	30	31	16	20	1.95
174518--174577	20	3.0	20	82	2	75	31	16	11	40	1.85
174608--174645	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
174515--174673	71	2.2	71	83	5	205	32	16	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174557--174693	71	1.9	71	85	5	188	34	16	8	40	1.79
181592--181617	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
181573--181635	32	2.0	32	87	6	92	28	15	14	41	1.87
181656--181731	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
181677--181749	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
181656--181749	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
183435--183459	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
186994--187019	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
186975--187037	32	2.0	32	87	6	92	28	15	14	41	1.87
187058--187133	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
187079--187151	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
187058--187151	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
189781--189806	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
189761--189824	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
189761--189831	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
189865--189920	20	2.8	20	88	0	76	30	16	16	37	1.90
190429--190521	39	2.5	37	77	10	91	37	20	6	35	1.78
192348--192373	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
198546--198571	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
198526--198589	32	2.0	33	87	3	94	28	12	18	40	1.87
198630--198685	20	2.8	20	88	0	76	30	16	16	37	1.90
198985--199144	64	2.5	64	83	4	214	32	24	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198988--199146	32	5.0	31	77	13	146	31	24	12	31	1.92
199575--199629	20	2.8	20	94	0	92	36	21	10	30	1.88
199617--199641	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
199830--199870	22	2.0	21	90	9	66	39	12	4	43	1.63
205525--205569	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
207368--207398	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
209413--209492	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
209478--209516	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
209637--209683	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
209639--209681	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
214264--214580	78	4.1	78	84	3	397	34	13	24	27	1.93
214264--214581	157	2.0	155	85	3	424	34	13	24	27	1.93
214517--214629	51	2.2	51	82	4	131	32	8	29	29	1.87
214436--214711	129	2.1	129	84	5	344	33	11	26	28	1.91
214598--214930	79	4.2	79	80	4	278	36	11	24	28	1.90
220239--220409	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	28	1.92
220392--220467	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
222938--222963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
222917--222983	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
223003--223070	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
223025--223049	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
223006--223068	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223126--223182	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
223187--223231	1	45.0	1	93	0	63	4	2	0	93	0.41
223193--223234	21	2.0	21	100	0	84	9	4	0	85	0.72
224026--224088	19	3.7	18	72	24	64	36	15	12	34	1.86
224018--224088	32	2.2	32	94	0	124	36	16	12	33	1.87
224604--224792	61	3.1	60	84	6	204	32	15	23	28	1.95
235247--235323	20	3.9	19	85	8	109	41	12	14	31	1.83
236201--236549	28	12.4	28	85	3	441	24	18	28	28	1.98
237809--237852	18	2.4	18	89	10	72	0	2	11	86	0.66
240437--240492	28	2.0	27	86	3	76	32	32	16	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6