genome.fa.s313.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold313
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  790584

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1277--1934	79	8.4	78	76	6	481	28	26	12	32	1.93
1335--1892	157	3.6	155	78	6	529	27	25	12	33	1.92
1323--1937	236	2.6	236	80	6	665	28	26	12	33	1.92
3898--4040	44	3.2	44	80	4	155	25	21	12	39	1.89
4192--4831	79	8.1	79	76	5	510	28	25	12	33	1.93
4231--4831	316	1.9	316	80	6	691	27	25	12	33	1.92
6795--6937	44	3.2	44	78	6	139	25	21	13	39	1.89
7382--7454	34	2.1	35	82	7	87	53	12	17	16	1.73
7768--7817	20	2.6	19	84	9	57	38	14	14	34	1.85
8108--8356	88	2.8	87	83	5	286	20	24	14	40	1.90
8103--8380	132	2.1	131	83	4	344	20	23	14	40	1.90
8108--8380	44	6.2	44	77	7	250	20	23	15	41	1.90
8624--8670	20	2.3	21	81	3	60	38	8	19	34	1.82
8721--8772	20	2.6	20	84	0	59	38	13	15	32	1.86
9748--9787	21	2.0	21	85	5	55	17	17	15	50	1.79
11520--11585	33	2.0	33	84	0	87	43	19	13	22	1.86
18140--18454	44	7.2	44	75	11	256	17	23	17	41	1.90
18140--18454	88	3.6	87	76	9	309	17	23	17	41	1.90
18700--18747	20	2.3	21	82	3	62	39	8	20	31	1.82
18801--18852	20	2.6	20	84	0	68	38	7	17	36	1.78
21632--21772	44	3.2	44	74	11	153	21	21	14	42	1.88
22633--22681	13	4.2	13	70	24	54	38	16	12	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22633--22702	33	2.1	34	84	7	90	35	17	12	34	1.88
22731--22803	20	3.7	19	85	8	85	35	16	17	30	1.92
23255--23288	18	1.9	18	88	5	52	41	29	0	29	1.57
25180--25218	13	3.0	13	92	0	69	41	15	12	30	1.85
31365--31419	20	2.7	21	86	11	78	32	20	12	34	1.90
31449--31520	20	3.7	20	81	7	85	37	13	16	31	1.88
32911--32963	24	2.2	24	79	0	61	56	11	15	16	1.67
33320--33385	26	2.5	26	80	9	71	75	7	10	6	1.17
33642--33736	36	2.7	36	87	7	126	69	8	15	6	1.34
34170--34338	14	9.5	20	62	30	80	44	5	28	20	1.74
34158--34343	35	5.4	34	89	7	286	43	5	30	20	1.75
35553--36056	79	6.4	79	92	0	812	27	25	14	33	1.94
35555--36056	237	2.1	236	95	0	896	27	24	14	33	1.94
35992--36176	51	3.6	51	81	3	203	28	20	13	37	1.90
42270--42642	61	6.3	62	84	8	449	26	28	20	24	1.99
42264--42642	116	3.2	116	83	5	476	26	28	20	25	1.99
42659--42799	54	2.5	56	82	8	169	26	27	21	24	1.99
42565--42735	93	1.8	94	88	1	263	25	28	20	25	1.99
42510--43431	154	5.9	152	81	11	956	25	28	19	26	1.99
42813--42951	54	2.6	54	88	2	208	26	28	20	24	1.99
42874--43051	94	1.9	94	88	2	268	24	28	18	29	1.98
42986--43273	61	4.9	60	88	9	436	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42968--43273	55	5.3	55	86	10	434	26	28	20	24	1.99
43078--43163	27	3.1	27	62	9	66	26	27	19	25	1.99
42968--43273	116	2.6	116	95	1	542	26	28	20	24	1.99
43287--43380	28	3.2	30	61	24	72	24	22	19	34	1.97
43078--43492	215	1.9	213	86	7	588	25	26	20	27	1.99
43192--43369	99	1.8	96	90	6	286	25	28	20	26	1.99
43287--43491	61	3.4	59	86	6	268	25	23	20	30	1.98
43475--43565	42	2.2	40	83	11	114	20	28	13	37	1.90
44199--44368	14	9.5	20	60	31	64	45	6	27	20	1.75
44187--44373	35	5.4	35	87	5	263	44	6	28	20	1.76
45583--46169	79	7.4	79	89	1	881	27	25	14	32	1.95
45585--46169	237	2.5	237	92	1	983	27	25	14	31	1.95
46101--46244	51	2.8	49	78	7	144	25	23	13	36	1.92
52300--52363	32	2.0	33	87	3	94	31	14	12	42	1.82
53055--53104	19	2.6	19	93	0	82	34	12	16	38	1.85
53129--53170	21	2.0	21	95	0	75	42	7	19	30	1.78
55636--55910	51	5.3	51	71	14	195	28	27	13	30	1.94
55738--55808	28	2.5	29	79	6	92	22	29	19	28	1.98
55610--55919	158	2.0	158	94	0	539	27	27	13	31	1.94
55767--56141	130	2.9	126	74	7	331	28	25	13	33	1.93
62254--62717	61	7.6	61	87	2	587	22	28	19	29	1.98
62260--62704	244	1.8	245	86	4	648	23	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62561--62859	154	1.9	159	86	6	430	24	27	19	28	1.99
62727--62913	54	3.3	54	79	11	180	28	26	20	24	1.99
62878--62992	56	2.1	56	98	0	221	16	30	21	31	1.95
62474--63242	264	2.8	269	83	7	948	24	28	20	27	1.99
63010--63241	61	3.9	60	79	10	269	25	28	21	24	1.99
62990--63241	118	2.2	119	86	5	361	26	27	21	23	1.99
74116--74168	14	3.9	14	92	7	92	88	11	0	0	0.51
74111--74171	26	2.4	25	89	8	95	88	11	0	0	0.51
74113--74200	32	2.7	32	83	13	108	85	10	4	0	0.74
74113--74200	14	6.5	13	79	11	88	85	10	4	0	0.74
74113--74171	1	59.0	1	79	0	64	89	10	0	0	0.47
74111--74200	13	7.0	12	78	10	65	84	11	4	0	0.76
75629--75799	30	5.9	30	78	6	183	32	30	16	19	1.94
75629--75769	58	2.5	57	89	1	201	33	31	16	19	1.94
75739--75850	30	3.8	30	79	12	83	31	29	18	20	1.97
75623--75840	87	2.5	87	81	5	246	33	31	16	19	1.93
76343--76401	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
76661--76712	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
77088--77421	98	3.4	98	81	4	400	25	26	17	30	1.97
77088--77421	49	6.7	49	82	3	355	25	26	17	30	1.97
78087--78138	19	2.7	19	96	0	95	30	11	17	40	1.85
78106--78171	33	2.0	32	88	8	98	30	13	13	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79557--79587	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
79585--79631	22	2.1	22	100	0	94	12	17	14	55	1.70
81412--81456	21	2.1	21	84	8	56	22	20	6	51	1.70
82916--83399	244	2.0	242	97	0	914	32	19	20	27	1.97
83582--83640	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
83874--83908	10	3.5	10	96	0	61	22	31	20	25	1.98
86480--86504	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88580--88615	15	2.3	15	90	4	54	11	19	16	52	1.73
92311--92369	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
92650--92675	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
92630--92693	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
93257--93315	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
93596--93621	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93575--93639	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
93575--93639	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
92120--94014	946	2.0	945	96	0	3481	31	16	14	36	1.89
94015--94348	49	6.7	49	80	3	328	26	25	16	31	1.97
94256--94359	52	2.0	52	90	0	163	25	22	14	38	1.91
95014--95062	19	2.6	19	96	0	89	30	10	18	40	1.84
95033--95095	33	1.9	32	87	9	92	30	11	14	44	1.79
95086--95214	52	2.5	52	92	0	222	34	16	18	30	1.93
99918--99964	22	2.2	23	85	14	66	46	0	21	31	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101652--101718	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
101672--101696	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101705--101816	33	3.4	33	70	20	115	39	17	12	30	1.87
101759--101783	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101704--101850	67	2.2	67	100	0	294	38	17	12	31	1.87
101826--101850	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101859--101986	52	2.5	52	98	1	249	33	17	17	31	1.93
105122--105188	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
105142--105166	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105229--105253	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6