genome.fa.s313.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold313
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  790584

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  3  of  6  ( 630 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240468--240702	34	6.8	35	85	6	293	20	31	11	36	1.89
240636--240750	34	3.9	28	80	10	97	21	34	16	26	1.95
240680--240797	29	4.2	29	78	10	104	29	35	16	18	1.93
241953--242004	13	4.1	13	77	5	61	38	15	13	32	1.86
241992--242050	19	3.4	19	69	26	67	30	11	18	38	1.87
241982--242067	32	2.7	32	92	0	145	33	15	16	34	1.90
245395--246115	79	9.2	79	80	5	665	35	14	23	26	1.94
245395--246115	157	4.6	156	80	6	720	35	14	23	26	1.94
245339--246108	236	3.3	232	79	5	805	34	15	23	26	1.94
248356--248393	20	1.9	20	100	0	76	28	18	10	42	1.83
248440--248515	20	3.8	19	84	8	89	32	18	14	34	1.91
248440--248515	40	1.9	40	86	0	107	32	18	14	34	1.91
251003--251118	51	2.3	51	86	5	146	31	24	12	31	1.93
251054--251437	79	4.9	79	86	2	468	27	26	14	30	1.95
252825--252900	20	3.7	20	87	3	98	44	5	13	36	1.66
253792--253832	20	2.0	21	90	4	66	36	4	14	43	1.67
258559--258595	15	2.4	16	86	9	58	56	0	0	43	0.99
266314--266351	20	1.9	20	89	10	60	31	18	5	44	1.72
268914--268985	20	3.7	20	81	7	85	31	16	16	34	1.92
269417--269441	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270011--270098	36	2.6	36	84	12	114	28	13	27	30	1.94
271926--271980	20	2.8	20	100	0	110	40	14	14	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274134--274354	34	6.5	33	82	8	248	40	25	7	26	1.82
274134--274354	102	2.2	101	86	3	327	40	25	7	26	1.82
278769--278989	34	6.5	33	80	9	239	41	25	7	25	1.81
278771--278989	68	3.2	67	83	4	271	41	25	7	26	1.81
278769--278989	102	2.2	101	85	1	325	41	25	7	25	1.81
279511--279570	23	2.6	23	73	5	59	40	3	3	53	1.34
280926--281056	20	6.7	20	72	22	84	38	15	15	31	1.88
280966--281037	13	6.1	13	70	18	50	38	12	13	34	1.83
280947--281010	32	2.0	32	96	0	119	40	14	15	29	1.86
280950--281023	32	2.3	32	90	0	112	40	13	13	32	1.84
280969--281057	45	2.0	46	90	2	144	39	13	14	32	1.85
281794--281871	24	3.0	25	68	26	63	66	3	1	28	1.17
281826--281881	20	2.8	19	76	7	58	69	5	1	23	1.18
281886--281911	13	2.0	13	100	0	52	84	15	0	0	0.62
281875--281922	22	2.2	22	84	0	60	79	12	0	8	0.94
282941--282983	16	2.7	15	82	17	52	23	11	2	62	1.40
282956--282999	16	2.8	16	75	0	52	20	9	4	65	1.38
284008--284039	15	2.0	17	88	11	50	43	0	3	53	1.16
285474--285535	31	2.0	31	90	0	97	37	27	4	30	1.78
286064--286113	24	2.1	25	79	17	61	42	0	2	56	1.11
286072--286119	26	1.9	24	83	8	60	45	0	2	52	1.12
287296--287338	9	4.6	9	82	8	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287296--287338	20	2.2	20	88	8	63	69	0	0	30	0.88
292188--292259	27	2.6	27	82	10	85	47	4	6	41	1.50
293838--293932	46	2.1	46	95	0	172	45	13	9	31	1.76
294730--294955	28	7.9	28	78	8	249	29	32	15	22	1.95
294732--294961	116	2.0	115	85	10	308	29	32	15	22	1.95
294730--294998	144	1.9	141	81	9	323	29	31	16	23	1.96
295103--295330	48	4.8	48	84	1	287	19	27	16	36	1.93
296250--296324	19	3.8	19	82	8	80	30	17	18	33	1.94
296369--296402	13	2.7	13	86	4	52	35	14	14	35	1.87
296353--296419	33	2.0	33	91	5	109	34	13	16	35	1.88
304196--304248	19	2.6	20	82	11	63	33	3	39	22	1.72
304802--304828	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
304814--304869	19	2.8	20	83	8	69	33	12	17	35	1.88
307075--307103	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
307087--307147	19	3.1	20	81	11	72	39	11	16	32	1.84
308064--308118	20	2.8	20	85	0	74	34	10	12	41	1.78
308145--308301	20	7.3	20	71	16	100	30	14	13	42	1.83
308144--308221	40	2.0	40	97	0	147	32	10	16	41	1.82
308176--308332	71	2.2	71	88	6	230	28	15	13	42	1.85
312957--313009	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
318670--318708	8	4.8	8	96	3	69	12	0	25	61	1.31
318906--318943	13	2.9	13	88	11	60	31	15	21	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321286--321324	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
321334--321358	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
321346--321398	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
329764--329877	51	2.2	51	83	6	151	30	10	27	31	1.90
329601--329930	121	2.6	124	81	8	357	33	13	25	28	1.93
329816--329989	79	2.2	79	86	0	231	29	14	25	29	1.95
329863--330285	107	3.9	107	77	9	372	31	15	26	27	1.96
329944--330234	113	2.7	109	86	3	388	30	16	26	25	1.97
330162--330231	28	2.5	28	84	11	90	27	14	34	24	1.94
330225--330364	51	2.7	51	81	4	140	35	10	22	32	1.88
332685--332758	20	3.7	20	84	10	98	40	13	16	29	1.86
332778--332803	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
333557--333649	42	2.3	40	79	15	104	48	10	22	18	1.79
333689--334015	61	5.5	61	79	10	328	29	20	24	25	1.99
333696--334015	116	2.8	116	80	9	359	28	20	24	26	1.99
334036--334463	61	7.3	60	80	11	428	25	19	26	28	1.99
334482--335190	116	6.2	112	81	12	793	25	20	27	26	1.99
334485--335194	173	4.1	173	90	4	1012	25	20	26	26	1.99
334482--335198	55	12.5	55	82	10	782	25	20	27	26	1.99
336157--336231	21	3.7	20	82	8	71	4	4	9	82	0.92
336193--336255	7	9.1	7	83	13	78	0	0	14	85	0.59
336174--336255	28	3.0	28	82	8	89	1	1	13	84	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336195--336256	1	62.0	1	73	0	52	0	0	12	87	0.55
336174--336255	20	4.3	18	79	16	78	1	1	13	84	0.75
347974--347998	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
347954--348021	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
352897--352952	20	2.8	19	86	10	69	37	12	17	32	1.88
353023--353047	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
353003--353070	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
354924--355159	122	1.9	122	85	5	325	32	11	25	29	1.92
355078--355195	51	2.3	51	76	11	125	33	10	23	33	1.88
355368--355439	28	2.6	28	82	8	94	26	22	29	22	1.99
355259--355558	109	2.8	107	86	3	404	31	19	26	23	1.98
355472--355545	28	2.6	28	89	0	103	24	21	33	20	1.97
355536--355675	51	2.8	49	79	6	154	35	10	22	32	1.87
357996--358070	20	3.6	20	86	10	105	41	10	14	33	1.81
358000--358065	23	3.0	23	82	13	93	40	10	13	34	1.79
362965--363032	14	4.9	13	79	13	57	82	16	1	0	0.75
362965--363031	20	3.1	21	77	16	75	82	16	1	0	0.75
362971--363031	19	3.0	20	81	13	79	83	16	0	0	0.64
364965--365177	79	2.7	79	79	10	265	35	15	23	25	1.94
365108--365258	52	2.9	50	77	3	158	36	11	22	29	1.90
365110--365277	51	3.3	51	79	5	169	35	13	22	29	1.91
365263--365333	28	2.6	28	84	13	94	30	22	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365245--365453	110	1.9	110	85	2	285	34	15	23	25	1.94
365373--365442	28	2.5	28	86	4	88	25	18	32	22	1.97
367800--367862	33	1.9	33	83	6	83	42	15	14	26	1.86
369219--369288	20	3.3	20	84	11	95	41	11	14	32	1.81
369357--369430	20	3.7	19	82	10	87	44	12	14	28	1.81
370016--370452	31	14.0	31	83	5	490	22	28	14	34	1.93
370019--370450	61	6.9	61	82	7	451	22	28	14	34	1.93
370052--371395	33	42.3	32	78	11	782	21	30	12	35	1.91
370607--371395	33	24.5	33	80	8	810	20	31	12	36	1.89
370517--371338	94	8.7	87	78	12	336	20	30	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6