genome.fa.s319.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold319
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  718924

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145376--145735	55	6.3	56	86	6	453	27	28	21	22	1.99
145719--145811	42	2.2	42	83	7	109	19	26	15	38	1.91
146524--146556	15	2.2	15	94	0	57	36	18	9	36	1.82
146853--147141	51	5.6	51	84	2	348	31	25	11	32	1.91
147121--147196	27	2.8	28	85	2	100	25	34	19	21	1.96
147148--147354	79	2.6	79	91	0	333	26	28	15	28	1.96
147311--147380	28	2.5	28	95	0	122	21	31	20	27	1.98
152092--152178	43	2.0	43	100	0	174	40	6	16	36	1.75
159007--159075	20	3.4	20	91	2	102	31	17	10	40	1.83
160047--160075	13	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
162990--163036	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
165737--165803	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
166261--166286	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171243--171309	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
171766--171791	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
174035--174090	19	2.9	19	89	2	85	35	14	17	32	1.90
177636--177675	20	2.0	20	95	0	71	35	17	15	32	1.91
178411--178470	13	5.0	13	76	15	67	35	13	16	35	1.88
178390--178470	34	2.4	34	100	0	162	37	12	17	33	1.87
180920--181087	51	3.4	50	84	5	214	29	26	13	31	1.93
180829--181164	178	1.9	179	86	2	478	27	25	13	33	1.93
181004--181192	79	2.4	79	79	7	211	26	23	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181057--181208	79	1.9	79	82	7	193	26	23	13	35	1.93
182356--182575	93	2.4	92	83	6	270	34	15	15	35	1.88
183187--183221	17	2.1	17	88	0	52	42	5	17	34	1.73
189580--189642	30	2.1	30	100	0	126	49	3	12	34	1.57
190263--190301	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
190311--190335	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
190290--190353	33	2.0	33	90	3	103	31	15	15	37	1.89
190447--190532	43	2.0	43	97	0	163	38	18	12	30	1.88
193087--193139	26	2.0	26	96	0	97	39	7	11	41	1.69
193139--193407	79	3.4	79	80	8	282	33	12	23	29	1.92
193348--193463	51	2.2	52	81	6	137	31	12	25	31	1.92
193263--193537	130	2.1	131	84	2	358	34	12	23	29	1.91
193394--193781	79	4.9	79	84	2	485	33	13	25	27	1.94
193190--193616	209	2.0	209	83	4	540	33	12	24	29	1.92
193391--193781	158	2.5	157	86	2	534	33	14	25	26	1.94
193506--193790	157	1.8	156	85	3	360	34	14	24	25	1.94
197657--197683	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
197679--197734	19	3.3	19	67	27	61	37	12	16	33	1.86
197666--197741	32	2.4	32	97	0	143	38	11	14	35	1.83
197786--197812	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
213159--213224	20	3.3	20	84	0	96	40	12	15	31	1.83
213943--214068	49	2.6	49	87	3	168	30	18	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213944--214108	46	3.5	46	82	3	152	31	18	27	22	1.97
214201--215732	28	53.8	28	80	7	891	25	16	31	26	1.96
214201--215064	230	3.7	229	82	5	950	22	18	31	27	1.97
214177--215698	83	17.8	85	82	5	899	25	16	31	26	1.97
214201--215079	60	15.1	57	80	8	794	22	18	31	27	1.97
215089--215721	27	23.0	27	87	2	807	29	14	32	24	1.94
215081--215721	55	11.6	54	86	3	832	29	13	32	23	1.94
216990--217058	35	1.9	36	82	11	88	8	11	10	69	1.37
225251--225347	38	2.6	38	81	0	122	23	15	20	40	1.91
227117--227151	7	4.9	7	89	6	52	22	31	28	17	1.96
232388--232422	7	4.9	7	89	6	52	22	31	28	17	1.96
234486--234511	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
234468--234531	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
239783--239808	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
239765--239828	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
246428--246494	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
246448--246472	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
246537--246561	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
246550--246690	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
249924--249966	21	2.0	21	95	0	77	27	20	20	30	1.98
253986--254023	17	2.2	17	90	0	58	89	5	5	0	0.59
253901--254097	91	2.2	90	99	0	385	61	15	10	12	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255026--255170	31	4.7	31	87	6	197	25	30	18	25	1.98
255023--255233	93	2.3	93	84	7	259	23	30	17	28	1.97
255026--255189	62	2.6	62	85	6	217	25	30	17	27	1.97
255135--255233	32	3.2	31	81	8	87	21	30	18	30	1.97
255208--255261	27	2.0	27	88	0	81	22	38	16	22	1.93
255181--256107	105	8.9	102	83	9	1084	20	33	12	33	1.90
255245--256107	71	12.3	71	88	5	1147	19	33	12	33	1.90
255178--256125	353	2.7	353	91	4	1454	20	34	12	33	1.90
255234--256114	34	25.1	35	83	9	959	19	33	12	34	1.89
255178--256107	141	6.7	140	85	8	1137	20	33	12	33	1.90
256163--256810	49	13.7	48	82	10	770	24	25	17	31	1.97
256264--256810	92	5.9	92	98	0	1013	25	25	18	31	1.97
256162--256810	184	3.5	185	95	2	1104	24	25	17	31	1.97
256724--256861	52	2.6	52	82	3	159	25	23	15	34	1.95
256724--257118	171	2.3	171	94	1	691	24	24	14	36	1.93
257888--257954	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
257908--257932	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
258010--258150	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
261384--261426	21	2.0	21	95	0	77	27	20	20	30	1.98
262528--262653	52	2.4	52	85	6	164	38	7	22	32	1.81
262588--262946	80	4.5	80	86	4	424	32	9	26	30	1.89
262589--262946	160	2.2	161	86	4	485	32	9	26	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263236--263275	3	14.0	3	84	10	57	70	0	0	30	0.88
263227--263273	14	3.4	14	80	16	53	72	0	0	27	0.85
263314--263380	34	2.0	33	85	8	91	25	19	22	32	1.97
263562--263603	21	2.0	21	85	4	57	57	14	16	11	1.66
263614--263683	24	3.0	24	74	22	67	55	10	20	14	1.67
263875--263926	17	3.0	17	74	2	50	78	5	11	3	1.05
264221--264265	17	2.7	17	82	3	56	75	0	24	0	0.80
267894--267967	21	3.6	21	81	3	78	41	13	16	28	1.86
267992--268049	20	2.8	20	89	5	80	41	12	12	34	1.79
267995--268069	20	3.6	22	84	10	79	34	13	12	40	1.81
270453--270530	28	2.8	29	76	18	85	23	25	16	34	1.95
270818--270921	52	2.0	53	87	7	151	30	22	8	38	1.84
272802--272884	25	3.2	25	79	8	69	21	21	30	26	1.99
272841--273150	79	4.0	78	77	10	303	36	12	23	27	1.90
277206--277439	78	3.0	79	76	7	244	28	23	12	35	1.91
277397--277465	27	2.5	28	86	6	88	23	26	21	28	1.99
280468--280651	42	4.3	42	80	11	178	46	12	22	19	1.83
280490--280733	86	2.9	84	79	5	267	44	12	20	22	1.85
280486--280732	128	1.9	128	80	3	282	44	12	21	22	1.85
280490--280733	42	5.7	42	79	4	204	44	12	20	22	1.85
280691--280758	34	1.9	36	91	5	113	36	13	22	27	1.91
280729--281068	62	5.5	62	84	4	436	34	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280741--281068	123	2.7	123	85	6	432	33	18	22	25	1.96
280728--281068	185	1.8	186	86	5	503	34	18	22	24	1.96
281088--281193	31	3.4	31	81	8	110	34	14	25	25	1.93
282743--283406	155	4.3	154	77	6	592	39	17	17	25	1.91
282743--283426	154	4.5	151	77	9	569	39	17	17	26	1.91
282754--283426	308	2.2	307	79	6	709	38	17	17	26	1.92
284523--284561	21	1.9	21	89	5	62	56	20	10	12	1.65
285460--285981	166	3.1	161	84	9	633	53	8	9	27	1.63
287330--287378	24	2.0	24	92	0	80	8	14	2	75	1.12
291411--291436	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5