genome.fa.s319.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold319
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  718924

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4436--4489	19	2.8	19	88	2	81	35	11	20	33	1.88
4478--4502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18874--18911	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
19664--19716	23	2.3	23	76	0	61	75	5	5	13	1.16
22100--22283	97	1.9	97	89	2	289	27	26	11	33	1.92
26724--26788	20	3.6	20	73	26	81	27	12	15	44	1.82
26744--26802	13	4.0	13	73	26	55	28	13	15	42	1.85
26724--26820	33	3.0	33	93	1	160	27	13	16	42	1.86
29361--29399	13	3.0	13	92	0	60	35	10	17	35	1.84
29431--29483	20	2.7	20	100	0	106	43	18	15	22	1.87
31178--31248	28	2.5	28	88	0	97	23	18	35	22	1.96
31130--31514	160	2.4	159	85	3	461	31	13	26	28	1.94
31237--31518	52	5.3	52	67	17	161	31	12	25	30	1.92
31181--31514	160	2.1	160	89	3	512	31	13	26	28	1.94
31342--31411	27	2.6	27	86	2	86	22	20	31	25	1.98
31400--31526	51	2.4	53	83	10	161	34	11	23	30	1.90
33886--33911	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
33865--33931	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
33951--34018	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
33973--33997	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33954--34016	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
34826--35558	55	13.3	54	90	3	1078	20	20	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34900--35540	28	23.2	28	60	18	132	20	19	31	28	1.97
36542--36598	12	4.8	11	78	20	53	0	8	7	84	0.79
36542--36601	15	4.0	14	76	20	50	0	8	8	83	0.82
36552--36601	15	3.3	15	81	15	59	0	8	8	84	0.79
49165--49236	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
49225--49506	52	5.3	52	67	17	152	32	12	25	30	1.92
49157--49502	160	2.2	160	88	4	518	32	13	26	27	1.94
49388--49514	51	2.4	53	83	10	161	34	11	23	30	1.90
51875--51900	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
51854--51920	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
51940--52007	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
51962--51986	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51943--52005	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
53732--53762	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
56509--56557	24	2.0	24	100	0	98	28	20	8	42	1.80
57864--57889	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
58362--58452	33	2.8	33	82	0	110	20	28	10	39	1.87
58474--58532	27	2.2	27	87	0	82	22	32	13	32	1.92
58437--59388	34	30.5	33	73	15	299	21	28	12	37	1.89
58446--59388	68	15.1	61	69	17	375	21	28	12	37	1.90
58495--58714	120	1.8	122	90	3	356	20	28	12	38	1.89
58622--59293	101	7.1	100	73	15	281	20	28	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58817--58938	62	2.0	62	88	0	181	22	28	12	36	1.91
58756--59164	89	4.5	86	75	15	297	22	28	12	37	1.90
58595--59186	277	2.1	278	81	9	697	21	28	11	38	1.89
58492--59249	155	4.9	154	73	16	372	21	28	12	37	1.89
58688--59378	223	3.2	219	79	10	661	21	29	12	37	1.90
59355--59475	33	3.7	33	83	3	147	26	33	17	23	1.96
60257--60468	105	2.0	105	100	0	424	42	11	17	28	1.83
60653--61045	79	5.0	79	83	4	470	33	12	25	28	1.92
60990--61104	59	1.9	59	87	0	167	33	10	27	27	1.90
60911--61176	138	1.9	139	87	2	392	35	12	24	27	1.91
63839--64636	52	15.5	52	78	5	617	24	23	15	35	1.94
63836--64636	257	3.1	257	94	0	1354	24	23	15	36	1.94
63839--64590	205	3.7	206	79	5	652	24	23	15	35	1.94
65610--65647	20	1.9	19	89	5	58	39	15	15	28	1.89
65676--65729	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
69553--69604	19	2.6	21	87	6	72	42	9	15	32	1.79
69655--69681	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
72032--72247	51	4.2	51	73	12	192	27	24	13	35	1.93
72034--72218	102	1.8	102	95	0	334	27	24	13	35	1.93
72187--72390	107	1.9	107	83	2	266	27	25	15	31	1.95
72268--72413	79	1.8	79	89	0	229	28	25	13	32	1.93
72266--72437	79	2.2	79	84	0	227	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72379--72492	51	2.2	51	84	0	147	30	31	9	28	1.89
72476--72548	28	2.6	27	91	8	112	21	32	20	24	1.97
72532--72666	51	2.7	51	76	6	150	29	24	13	32	1.93
72342--72650	158	2.0	158	82	3	383	28	27	13	30	1.94
77568--77608	20	2.0	22	85	9	59	36	4	24	34	1.77
78145--78217	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
78246--78299	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
80248--80320	32	2.3	32	90	0	119	36	12	13	36	1.83
82728--82911	51	3.6	50	82	7	244	29	25	11	33	1.91
82920--83163	79	3.3	73	78	10	251	28	27	13	31	1.93
83150--83266	51	2.3	51	89	0	180	27	28	13	30	1.94
89353--89393	20	2.0	20	85	0	55	29	12	9	48	1.72
92274--92638	163	2.2	163	92	1	597	40	13	9	36	1.77
93035--93074	20	2.0	20	90	0	62	37	10	15	37	1.80
97815--97941	52	2.4	52	96	0	227	26	17	18	37	1.93
97897--97972	32	2.4	32	95	0	134	27	18	21	32	1.96
97981--98005	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98047--98112	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
98068--98092	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
98049--98111	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
100734--100885	75	2.0	75	100	0	304	53	17	17	11	1.73
107997--108023	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108008--108064	19	2.9	19	89	5	87	31	14	17	36	1.89
108004--108063	20	3.0	20	85	4	86	31	13	18	36	1.89
108865--109754	162	5.6	162	87	4	1310	41	15	11	32	1.82
108858--109754	313	2.8	314	90	3	1376	41	15	11	32	1.82
110547--110596	12	4.2	12	79	5	57	4	20	2	74	1.08
110548--110594	23	2.0	25	87	8	71	4	21	2	72	1.12
117163--117238	20	3.8	20	80	5	73	38	15	14	31	1.88
119498--120262	60	12.6	59	72	17	382	23	27	12	36	1.91
119529--119792	33	8.5	32	77	14	132	23	28	11	36	1.89
119507--120259	94	8.2	92	73	15	521	23	27	12	36	1.91
119499--120225	31	24.0	30	77	9	457	23	27	12	36	1.91
119529--120110	28	19.0	33	74	14	180	23	26	12	37	1.91
119522--120225	273	2.6	269	82	5	840	23	27	12	36	1.91
120264--120705	33	13.7	33	81	4	465	29	32	17	20	1.96
120264--120721	65	7.1	64	83	6	482	29	32	16	21	1.95
120790--121112	52	6.2	52	78	4	283	23	23	16	36	1.94
120790--121125	104	3.2	104	76	7	333	23	23	16	36	1.95
124636--124685	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
128610--128738	52	2.5	52	89	0	204	31	17	16	34	1.92
128610--128758	52	2.9	51	81	6	183	33	16	16	33	1.91
128836--128860	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
128814--128880	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130689--130977	51	5.6	51	81	3	289	30	25	11	32	1.91
130689--130973	102	2.8	102	84	5	344	31	24	10	32	1.90
130962--131028	27	2.5	27	85	4	82	26	29	17	25	1.98
130988--131189	79	2.6	79	89	0	316	24	26	17	31	1.97
131143--131215	28	2.6	28	95	0	128	20	31	21	26	1.98
143667--143702	6	6.5	6	81	18	51	88	11	0	0	0.50
143664--143698	17	2.1	16	94	5	61	91	8	0	0	0.42
143667--143709	11	3.9	11	87	9	61	88	9	2	0	0.60
143664--143709	21	2.2	21	88	3	67	89	8	2	0	0.57
144693--145354	55	11.4	61	83	7	681	25	27	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5