genome.fa.s325.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold325
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  667817

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7982--8008	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8942--8985	21	2.1	20	83	8	52	22	0	6	70	1.11
8963--9010	24	2.0	25	87	4	71	20	2	4	72	1.11
14877--15461	296	2.0	296	94	0	1017	41	15	17	25	1.88
17080--17119	21	1.9	21	90	10	64	42	5	2	50	1.37
22437--22483	21	2.2	21	92	0	76	29	2	0	68	1.02
22568--22632	33	1.9	33	82	14	80	43	4	4	47	1.44
24650--24780	48	2.7	48	81	6	158	58	3	1	36	1.26
28201--28251	20	2.6	20	87	3	77	31	17	13	37	1.89
28165--28229	33	2.0	33	87	3	96	33	16	12	36	1.87
36831--37198	183	2.0	183	93	0	628	37	12	15	34	1.85
37215--37239	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
37305--37334	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
37289--37357	33	2.1	33	86	5	95	33	11	18	36	1.87
42379--42444	6	10.3	6	82	11	69	80	3	16	0	0.84
42396--42447	19	2.8	18	82	8	68	86	1	11	0	0.65
42389--42447	32	1.9	30	86	10	84	83	1	15	0	0.74
47118--47214	21	4.3	23	75	16	78	48	0	2	49	1.12
47230--47330	29	3.5	28	72	15	82	51	1	1	44	1.24
47313--47345	8	4.2	8	84	7	50	60	3	0	36	1.12
47314--47343	15	2.0	15	93	0	51	63	3	0	33	1.11
47825--47892	29	2.3	29	90	5	102	42	1	2	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47871--47903	16	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
48303--48330	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
48902--49012	30	3.7	30	80	0	114	28	3	13	54	1.56
50730--50851	64	1.9	64	81	9	151	23	15	16	44	1.86
51774--51838	22	3.0	22	77	2	69	52	13	9	24	1.70
52245--52314	30	2.3	30	85	0	86	51	14	2	31	1.57
52616--52654	21	1.9	20	84	5	51	23	2	5	69	1.21
52825--52857	15	2.1	16	88	5	50	33	6	0	60	1.21
52835--52891	15	3.7	15	76	15	53	35	0	1	63	1.05
52972--53005	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
53937--53980	21	2.1	21	83	8	54	25	9	9	56	1.59
54396--54433	18	2.1	19	85	5	51	63	2	15	18	1.43
54771--54802	16	2.0	16	93	0	55	37	12	3	46	1.57
55896--55971	26	2.8	26	78	11	82	44	0	0	55	0.99
56536--56589	21	2.6	20	83	13	65	57	0	1	40	1.09
56533--56580	15	3.2	16	85	11	66	60	0	0	39	0.97
56554--56595	21	2.0	22	90	4	68	52	0	2	45	1.13
57503--57553	23	2.1	26	85	10	72	52	1	0	45	1.12
61039--61068	14	2.2	14	94	5	53	56	0	0	43	0.99
61899--61978	42	1.9	42	86	0	115	25	28	18	27	1.98
65802--65844	19	2.3	18	96	4	77	60	9	6	23	1.51
66598--66623	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69211--69256	23	2.0	23	83	8	58	36	8	8	45	1.66
72840--72871	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
73860--73887	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
79247--79272	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
79229--79292	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
85418--85443	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88002--88027	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
87984--88047	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
89321--89392	20	3.6	20	69	5	65	36	11	16	36	1.84
90348--91126	86	8.7	85	76	11	534	22	17	28	31	1.96
90275--91106	360	2.3	357	85	3	1102	23	17	27	31	1.97
90349--91172	32	27.5	31	81	7	597	22	17	28	31	1.96
91189--91358	28	6.2	27	87	3	232	28	13	33	24	1.93
91189--91358	55	3.1	54	87	5	234	28	13	33	24	1.93
107238--107935	48	14.5	48	95	0	1216	27	25	17	30	1.97
107304--107429	26	5.2	26	58	27	60	27	26	15	30	1.96
107448--107573	26	5.2	26	60	27	60	27	25	15	30	1.96
107462--107535	22	3.2	22	63	26	53	25	25	17	31	1.97
107592--107717	26	5.2	26	58	27	60	28	26	14	30	1.95
108759--108826	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
108761--108823	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
108780--108804	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115335--115416	37	2.2	37	97	0	155	28	15	12	43	1.83
115777--115937	28	5.6	30	74	10	135	32	30	16	19	1.95
115778--115937	56	2.8	57	81	4	180	33	30	16	20	1.95
115966--116665	52	13.9	51	75	6	484	24	25	16	33	1.96
115966--116445	151	3.2	150	79	5	481	25	26	17	31	1.97
115982--116451	101	4.7	100	76	8	357	24	26	17	31	1.97
116058--116652	248	2.4	251	88	4	869	24	25	16	32	1.96
115966--116658	49	13.8	49	75	7	480	24	25	16	33	1.96
117581--117605	9	2.8	9	100	0	50	36	32	20	12	1.89
122369--122433	24	2.6	25	80	2	69	46	9	18	26	1.79
124339--124380	20	2.1	20	100	0	84	54	14	4	26	1.59
126058--126159	20	4.6	20	67	23	69	40	12	16	30	1.86
131110--131134	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
131090--131153	33	1.9	33	87	6	94	32	15	10	40	1.82
134733--135035	78	3.9	76	73	7	216	41	16	10	31	1.83
135061--135304	78	3.1	77	77	8	233	37	15	13	32	1.88
135086--135325	78	3.1	79	77	4	245	38	14	13	33	1.85
135088--135371	156	1.8	156	83	6	378	38	14	12	34	1.84
135526--135644	29	4.1	28	72	18	93	51	15	6	26	1.68
135526--135648	58	2.1	59	84	4	160	52	14	6	26	1.66
139231--139268	20	1.9	20	94	0	67	31	13	13	42	1.82
139296--139356	19	3.5	19	70	25	71	34	19	13	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139288--139356	32	2.2	32	97	0	129	34	20	13	31	1.91
142161--142190	15	2.0	15	93	0	51	46	3	13	36	1.60
145349--145419	27	2.6	28	88	6	101	22	5	25	46	1.73
149918--149988	27	2.6	28	88	6	101	22	5	25	46	1.73
151163--151238	39	1.9	40	83	2	100	40	0	3	55	1.18
152306--152331	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
154398--154447	20	2.5	20	77	6	57	38	6	0	56	1.24
162600--162626	12	2.2	12	100	0	54	92	7	0	0	0.38
168519--168562	12	3.4	12	87	9	52	20	2	2	75	1.03
169394--169436	20	2.2	20	100	0	86	55	4	9	30	1.52
169649--169682	18	1.9	17	94	5	59	32	0	0	67	0.91
169786--169838	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
174042--174114	32	2.3	32	97	0	137	24	16	16	42	1.88
176698--176771	28	2.6	28	84	0	85	24	17	32	25	1.97
176755--177091	52	6.4	51	68	19	167	31	12	26	30	1.93
176911--176981	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
176641--177033	107	3.7	106	71	11	325	30	14	27	27	1.95
176688--177093	212	1.9	212	88	3	620	30	13	27	28	1.94
176970--177088	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
179460--179485	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
179439--179505	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
179525--179592	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179547--179571	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
179528--179590	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
180155--180685	55	9.5	54	86	7	720	24	19	26	28	1.99
180155--180683	171	3.1	171	94	2	903	24	19	26	28	1.99
180155--180685	226	2.4	221	88	6	762	24	19	26	28	1.99
183182--183208	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
186353--186571	108	2.0	108	92	1	368	36	14	25	23	1.92
190447--190506	28	2.2	28	88	5	88	51	16	13	18	1.76
190827--191173	176	2.0	175	85	1	471	25	19	10	45	1.81
191930--191972	18	2.3	19	84	4	61	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5