genome.fa.s337.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold337
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  762055

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1308--1403	48	2.0	48	97	0	183	32	12	14	40	1.83
4248--4334	36	2.5	36	85	7	110	29	13	26	29	1.94
5138--5168	13	2.4	13	88	0	53	35	12	19	32	1.90
5116--5184	33	2.1	33	83	5	86	37	17	13	31	1.88
5212--5267	19	2.8	20	84	12	80	33	14	14	37	1.86
5212--5273	20	3.2	19	86	11	81	33	14	14	37	1.87
7748--7774	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
16813--16941	52	2.5	52	92	0	222	28	18	17	34	1.94
17019--17087	32	2.2	32	89	0	111	36	17	13	33	1.88
17027--17087	19	3.5	19	68	25	62	36	14	13	36	1.85
17592--17622	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
17570--17638	33	2.1	33	86	5	95	36	17	14	31	1.90
17666--17723	19	3.1	18	88	11	89	32	17	15	34	1.91
17707--17733	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
17688--17752	32	2.0	32	90	3	103	38	15	16	29	1.90
20426--20468	12	3.3	12	82	17	59	41	0	0	58	0.98
20423--20469	14	3.4	14	75	16	53	44	0	0	55	0.99
20973--21015	22	2.0	22	86	9	61	44	4	9	41	1.57
21107--21171	33	2.0	33	87	0	94	32	13	15	38	1.87
22834--22863	3	10.0	3	92	0	51	36	0	30	33	1.58
23329--23390	21	3.0	21	80	4	72	61	1	16	20	1.43
23903--23943	20	2.0	20	95	0	73	39	14	9	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24563--24701	68	2.0	68	98	0	269	45	10	13	30	1.77
29909--30050	50	2.8	51	91	5	225	24	16	11	46	1.81
32406--32474	34	2.0	34	100	0	138	5	26	14	53	1.63
37001--37044	22	2.0	22	86	4	63	75	2	11	11	1.15
38449--39532	83	13.0	81	82	7	873	26	31	15	26	1.96
38449--39705	28	44.9	28	85	4	1045	26	31	15	25	1.96
39814--40079	48	5.6	48	82	2	322	22	25	16	35	1.94
39814--40079	144	1.9	142	86	1	379	22	25	16	35	1.94
40699--40770	20	3.6	20	82	0	90	30	15	12	41	1.84
41661--41712	17	3.1	16	75	10	50	76	0	19	3	0.93
48283--48309	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
49064--49125	33	1.9	33	90	3	99	33	14	14	37	1.87
49185--49239	20	2.8	20	91	0	83	36	10	18	34	1.86
50792--50821	15	2.0	15	100	0	60	46	6	26	20	1.75
55414--55461	21	2.3	20	79	10	53	33	22	2	41	1.66
57825--57985	20	7.6	20	77	15	155	27	16	14	41	1.87
60296--60438	51	2.9	50	79	6	157	32	24	9	33	1.88
60423--60495	28	2.7	27	82	6	85	24	28	20	26	1.99
61653--61746	49	2.0	47	85	8	127	31	19	29	19	1.96
61889--62358	28	16.5	28	84	4	566	21	17	31	29	1.97
63579--63645	11	6.1	10	81	10	53	10	2	5	80	0.99
66871--66928	20	2.9	20	89	0	89	32	13	12	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66893--66958	33	2.0	33	87	0	96	27	15	15	42	1.86
66913--66940	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
74921--74948	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
74902--74966	33	2.0	32	93	3	112	35	13	12	38	1.83
75008--75136	52	2.5	52	96	0	231	36	16	17	29	1.92
86630--86672	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
87069--87107	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
93247--93272	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
94130--94397	20	12.3	20	66	20	110	40	13	17	28	1.87
94082--94388	91	3.4	91	91	0	472	41	13	16	28	1.86
94173--94346	51	3.6	51	73	21	194	41	12	17	28	1.85
94757--94890	61	2.2	61	90	0	214	22	26	11	38	1.89
95608--95743	51	2.7	51	87	2	184	30	11	16	40	1.85
99795--100002	107	2.0	107	80	6	244	29	12	13	43	1.82
101784--101825	17	2.5	17	81	14	59	40	0	4	54	1.21
101985--102085	42	2.5	42	76	12	102	39	1	4	53	1.34
103271--103299	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
108128--108211	34	2.5	34	73	11	82	26	4	45	23	1.73
110992--111046	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
111822--112597	49	16.4	49	74	12	501	30	17	26	25	1.98
111822--112597	87	8.2	98	76	10	397	30	17	26	25	1.98
112116--112353	39	5.6	39	72	16	170	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112067--112399	87	3.8	87	90	0	504	27	20	26	25	1.99
112701--112888	34	5.7	32	74	10	162	34	12	33	19	1.89
112873--112933	28	2.2	28	96	0	113	14	19	32	32	1.92
113102--113156	20	2.8	20	83	5	67	40	10	14	34	1.81
123311--123343	12	2.8	12	95	0	57	42	6	27	24	1.78
123530--123577	14	3.4	14	78	21	55	18	2	0	79	0.84
123531--123572	18	2.5	16	85	14	50	16	2	0	80	0.81
123530--123577	21	2.2	21	85	10	62	18	2	0	79	0.84
124250--124607	42	8.5	42	76	4	310	34	17	29	17	1.93
124229--124390	85	1.9	84	88	3	245	33	17	29	19	1.95
124250--124567	128	2.5	127	81	3	365	34	17	29	18	1.94
124250--124609	128	2.8	128	82	2	332	34	17	29	18	1.94
124208--124631	42	10.0	41	71	10	203	34	17	29	18	1.94
124325--124631	84	3.6	84	82	0	344	34	17	28	19	1.94
124537--124738	107	1.9	106	84	1	269	34	16	29	18	1.94
124631--125223	42	14.0	42	72	6	329	36	17	27	18	1.93
124652--126212	84	18.4	84	71	9	473	36	16	27	19	1.93
124356--124903	275	2.0	275	84	0	727	35	17	28	18	1.94
124844--125210	85	4.3	83	74	9	253	37	16	27	18	1.92
124642--125245	127	4.8	124	74	8	393	36	17	27	19	1.93
125155--125459	107	2.9	107	81	2	353	34	15	28	20	1.94
125354--126212	42	20.3	42	73	6	475	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125356--126212	127	6.8	127	74	6	544	35	17	28	18	1.94
125536--125987	169	2.7	167	77	6	401	34	18	27	18	1.95
125616--126103	211	2.3	211	90	1	755	35	18	27	19	1.95
128135--128188	20	2.7	20	85	0	63	33	11	16	38	1.84
133943--133968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133923--133986	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
133923--133993	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
136855--137055	79	2.5	78	81	7	226	29	15	29	25	1.96
137011--137081	27	2.6	27	88	2	97	23	16	35	23	1.95
136932--137348	107	3.9	105	73	13	309	29	14	27	28	1.95
137070--137239	52	3.3	52	75	9	150	31	12	25	30	1.92
137226--137294	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
137285--137403	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
139778--139803	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
139757--139823	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
139843--139910	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
139865--139889	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
139846--139908	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
144341--144406	34	1.9	34	96	0	123	31	18	22	27	1.97
148886--149632	28	26.1	28	83	6	835	29	28	16	24	1.96
148886--149613	57	12.7	58	84	5	903	30	29	16	24	1.96
148886--149613	199	3.6	199	86	4	959	30	29	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166951--166983	12	2.8	12	95	0	57	42	6	27	24	1.78
167176--167254	16	5.1	16	74	13	58	29	0	2	68	1.03
167220--167258	20	2.0	20	100	0	78	35	0	0	64	0.94
168498--168693	79	2.5	80	82	1	250	32	12	27	28	1.92
168498--168716	79	2.8	78	79	7	210	32	11	26	29	1.92
168321--168838	252	2.1	250	80	4	567	31	10	27	30	1.90
176595--176708	51	2.3	51	92	1	185	38	17	13	30	1.88
176595--176729	51	2.7	51	88	3	184	39	17	12	31	1.87
183020--183061	17	2.5	17	81	14	59	40	0	4	54	1.21
183221--183321	42	2.5	42	76	12	102	39	1	4	53	1.34

Tables:   1   2   3   4   5