genome.fa.s337.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold337
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  762055

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184507--184531	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
189702--189727	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
189788--189860	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
189766--189860	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
192313--192351	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
192337--192415	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
194422--194452	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
198494--198519	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
198580--198652	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
198558--198652	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
199336--199437	34	3.0	34	72	13	93	28	4	43	23	1.74
202218--202245	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
202198--202264	33	2.0	33	85	5	91	35	13	16	34	1.88
203136--203815	49	14.4	49	76	12	600	29	17	26	26	1.98
203040--203815	87	8.2	98	77	10	372	30	17	26	25	1.97
203334--203578	39	5.8	39	73	16	175	26	20	26	26	1.99
203285--203623	87	3.9	87	90	0	507	28	19	26	25	1.99
203919--204110	34	5.8	33	78	8	201	32	13	34	19	1.91
204091--204151	28	2.2	28	96	0	113	14	19	32	32	1.92
214520--214552	12	2.8	12	95	0	57	42	6	27	24	1.78
214734--214771	18	2.2	17	86	13	51	18	2	0	78	0.86
214834--214872	17	2.3	16	83	12	51	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215704--215729	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
216373--216416	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
218234--218259	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
220325--220355	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
222159--222203	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
225072--225429	42	8.5	43	73	6	257	35	17	29	17	1.93
225051--225211	85	1.9	84	85	3	225	33	18	28	19	1.95
225072--225347	128	2.2	127	81	2	322	35	17	28	17	1.93
225359--225560	107	1.9	106	84	1	269	34	16	30	18	1.94
225465--227023	84	18.4	84	70	10	437	36	17	27	19	1.94
225178--225723	275	2.0	275	82	1	664	35	17	28	18	1.94
225461--226067	127	4.8	126	74	9	346	36	17	27	18	1.93
225461--226045	42	13.8	43	69	9	276	37	17	27	18	1.93
226083--226171	43	2.1	42	91	2	142	33	16	25	23	1.96
225977--226281	107	2.9	106	85	3	398	34	15	29	20	1.93
226176--227034	42	20.3	42	71	6	457	36	17	27	19	1.94
226178--227034	127	6.8	126	73	8	436	35	17	27	19	1.94
226438--226925	211	2.3	211	89	0	726	35	17	27	20	1.95
228953--229006	20	2.7	20	85	0	63	33	11	16	38	1.84
234736--234761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234716--234779	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
234716--234786	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240878--240943	34	1.9	34	96	0	123	31	18	22	27	1.97
245435--246219	57	13.7	57	84	4	942	30	28	16	24	1.97
245435--246237	85	9.4	85	85	3	988	30	28	16	24	1.97
245435--246219	142	5.5	143	87	3	1073	30	28	16	24	1.97
247091--247148	20	2.9	20	89	5	82	32	15	13	37	1.87
250186--250210	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
263473--263547	32	2.3	33	84	9	91	18	16	17	48	1.82
263577--263609	12	2.8	12	95	0	57	42	6	27	24	1.78
263842--263867	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
265123--265319	79	2.5	81	83	4	256	31	12	27	27	1.92
265123--265342	79	2.8	79	78	9	232	32	11	26	29	1.92
265782--265807	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
268034--268078	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
269882--269912	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
271760--271791	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
271993--272018	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
274572--274597	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
284068--284106	14	2.7	15	84	15	55	56	7	0	35	1.28
284832--284942	45	2.5	45	86	2	152	46	15	19	18	1.84
285003--285115	35	3.2	35	79	7	97	50	8	17	23	1.74
285056--285266	117	1.8	116	81	7	266	45	12	19	22	1.84
284913--285324	152	2.6	154	80	9	410	46	11	19	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285215--285475	46	5.7	46	80	6	217	45	14	20	19	1.84
285215--285452	93	2.6	92	75	4	237	45	14	20	19	1.85
285932--286198	92	2.9	92	88	2	394	31	13	25	29	1.94
295336--295388	19	2.7	20	88	2	81	30	16	15	37	1.90
295433--295462	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
297059--297093	3	11.7	3	93	0	61	37	0	34	28	1.58
305139--305190	19	2.6	21	93	6	90	28	11	15	44	1.81
307717--307752	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
309832--309862	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
311663--311707	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
313903--314001	34	3.0	34	92	2	166	30	11	14	44	1.79
313903--314001	13	5.6	19	64	31	60	30	11	14	44	1.79
315382--315433	20	2.6	20	87	0	68	32	17	11	38	1.85
315501--315525	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
315483--315546	33	2.0	32	87	3	92	39	15	14	31	1.87
317167--317303	51	2.7	50	78	3	152	36	10	21	30	1.88
316916--317230	79	4.0	79	79	5	314	33	13	25	26	1.94
319580--319653	20	3.7	19	85	7	94	41	12	16	29	1.84
319680--319736	20	2.8	20	94	0	96	47	14	12	26	1.79
320603--320831	61	3.9	60	78	9	247	27	20	25	26	1.99
320600--320826	121	1.9	117	84	8	298	25	21	25	26	2.00
320595--320852	56	4.4	56	76	11	229	26	21	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320595--320852	61	4.5	55	76	10	216	26	21	25	26	1.99
320871--321125	55	4.5	55	81	5	294	26	20	25	27	1.99
320715--321007	150	2.0	150	88	1	444	26	19	27	25	1.99
320871--321117	116	2.2	110	83	5	298	25	20	25	28	1.99
322092--322141	8	5.9	8	84	11	55	0	10	6	84	0.79
322088--322142	17	3.1	17	81	5	65	0	10	5	83	0.79
322091--322144	24	2.2	24	81	9	65	0	9	5	85	0.75
326624--326788	51	3.2	51	80	3	172	30	22	12	34	1.91
326773--326849	28	2.8	28	86	4	102	24	27	19	28	1.99
326766--327009	110	2.2	109	87	5	343	27	25	15	32	1.95
326885--326956	28	2.6	27	80	8	83	25	30	18	26	1.98
333243--333812	61	9.3	60	85	6	725	25	27	19	27	1.99
333237--333812	184	3.1	181	88	3	848	25	27	19	27	1.99
333729--333906	94	1.8	98	87	10	267	25	29	19	25	1.98
333826--334446	60	10.4	60	84	5	723	25	28	19	26	1.98
333859--334446	182	3.2	182	90	3	893	25	28	19	26	1.99
334433--334774	43	7.8	44	77	9	272	19	28	12	39	1.88
334427--334778	88	4.0	88	77	11	346	19	28	11	40	1.87
335508--335664	20	7.8	20	71	25	109	26	16	15	41	1.88
335595--335625	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
335575--335644	33	2.1	33	97	0	131	27	17	14	41	1.87
337963--338128	51	3.3	51	75	5	156	31	21	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338113--338189	28	2.8	28	88	4	102	24	28	19	27	1.99
338103--338347	110	2.3	107	81	4	285	27	24	14	33	1.94
342396--342420	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
342375--342438	31	2.0	32	96	3	121	29	12	15	42	1.84
342490--342545	20	2.8	20	89	5	78	32	17	12	37	1.88
351275--351584	79	3.9	77	80	11	317	34	13	24	27	1.93
351513--351639	51	2.5	51	81	6	134	34	11	23	29	1.91
352999--353051	20	2.7	20	96	0	97	30	18	9	41	1.82
361425--361449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
361458--361586	52	2.5	52	94	0	240	35	18	17	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5