genome.fa.s367.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold367
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  914901

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14521--14607	36	2.4	36	90	5	133	24	19	16	40	1.91
19838--19911	14	5.4	14	72	18	57	1	18	1	78	0.90
22841--23207	192	1.9	193	91	0	601	37	8	14	39	1.77
23423--23448	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
23404--23468	32	2.0	33	87	3	96	41	16	13	27	1.87
25663--25707	21	2.1	21	84	8	56	51	4	20	24	1.66
27510--27540	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
29612--29637	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
29758--29803	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
32081--32134	20	2.7	20	88	5	74	40	18	14	25	1.89
32195--32219	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
32177--32239	31	2.0	31	87	6	92	36	19	14	30	1.91
33093--33117	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33105--33157	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
33199--33263	33	2.0	33	84	6	87	40	20	13	26	1.89
39170--39203	8	4.2	8	100	0	68	14	0	23	61	1.33
39859--39903	20	2.1	22	84	8	58	20	48	24	6	1.73
42000--42025	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41981--42045	33	2.0	33	87	6	96	40	18	13	27	1.89
42048--42082	10	3.5	10	96	0	61	25	20	31	22	1.98
43158--43306	69	2.2	71	90	4	234	38	9	22	30	1.85
43259--43439	97	1.9	97	82	5	231	34	11	24	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44618--44655	11	2.9	14	77	22	55	5	13	18	63	1.48
47748--47796	26	1.9	25	87	4	71	51	16	10	22	1.74
54401--54426	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54383--54446	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
57058--57096	13	3.0	13	88	0	60	28	17	17	35	1.94
57219--57261	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
59674--59699	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65119--65162	9	4.8	9	94	5	79	90	9	0	0	0.44
65117--65162	1	46.0	1	82	0	56	91	8	0	0	0.43
65119--65162	19	2.4	19	96	3	81	90	9	0	0	0.44
66376--66899	28	18.5	28	88	2	708	29	31	16	22	1.96
66376--66899	85	6.2	86	88	2	747	29	31	16	22	1.96
67842--67916	20	3.8	20	78	0	78	33	13	10	42	1.78
67905--67980	31	2.5	31	95	0	134	23	21	11	43	1.85
74405--74565	84	1.9	84	81	5	191	54	3	17	25	1.58
83825--83882	21	2.8	21	79	7	66	39	12	10	37	1.77
84001--84276	152	1.8	151	82	3	358	39	17	13	30	1.87
86403--86527	51	2.5	51	81	6	139	39	8	23	28	1.84
86496--87059	157	3.6	157	83	3	679	34	13	25	26	1.93
86468--87059	79	7.5	80	82	2	623	34	13	24	26	1.93
89467--89522	20	2.7	20	83	5	67	42	12	14	30	1.82
100753--100843	45	2.0	45	93	0	155	42	13	21	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103599--103698	46	2.2	46	92	0	164	38	25	14	23	1.92
105624--105694	21	3.4	21	69	7	72	26	14	29	29	1.95
105599--105723	42	3.0	42	97	0	232	26	12	28	32	1.93
105705--105741	18	2.1	18	89	0	56	24	18	29	27	1.98
106691--106789	31	3.2	31	72	5	101	26	15	10	48	1.76
107158--107191	10	3.3	10	84	8	50	41	26	23	8	1.83
107158--107197	21	1.9	21	94	0	71	37	25	25	12	1.91
107495--107568	31	2.4	31	79	4	78	52	14	12	20	1.73
107786--107874	30	3.0	30	91	0	151	33	25	13	26	1.93
107890--107947	30	1.9	30	92	0	98	32	22	15	29	1.95
107816--107963	74	2.0	74	98	0	287	36	19	14	29	1.92
108013--108112	46	2.2	46	94	0	173	36	27	14	23	1.93
110866--110890	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
111732--111797	24	2.7	25	75	15	66	48	1	0	50	1.10
111843--111882	20	2.1	19	85	4	53	45	2	0	52	1.14
112636--112666	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
112876--112908	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
112864--112906	22	2.0	21	86	9	59	27	0	0	72	0.85
112864--112914	23	2.3	22	89	3	75	31	0	0	68	0.90
112875--112925	23	2.2	23	78	0	57	35	0	1	62	1.06
116042--116759	165	4.3	162	78	8	646	30	10	8	50	1.67
116075--116643	164	3.4	164	81	6	623	31	10	7	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118613--119125	155	3.3	156	78	5	506	26	17	17	38	1.92
123819--123867	21	2.3	21	96	0	89	40	2	24	32	1.67
125369--125424	20	2.8	20	76	13	60	33	8	16	41	1.79
125473--125523	20	2.5	20	96	0	93	29	11	21	37	1.89
125585--125622	20	1.9	20	94	0	67	39	10	15	34	1.82
129695--129795	52	2.0	52	86	5	143	30	13	10	44	1.79
146651--146678	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
147389--147859	49	9.6	49	80	8	498	31	17	25	25	1.97
147398--147859	101	4.7	100	86	6	578	31	17	25	25	1.97
147740--147817	39	2.0	39	87	0	111	24	20	26	28	1.99
147874--147982	30	3.7	30	84	9	107	18	18	29	33	1.95
147887--147982	30	3.3	30	85	7	135	17	16	31	34	1.93
147996--148134	27	4.9	27	74	13	134	29	15	31	23	1.95
147956--148306	95	3.8	89	73	13	265	32	13	34	20	1.91
148016--148306	61	4.5	61	76	12	278	32	12	34	20	1.90
148105--148329	34	6.7	33	71	18	128	33	12	35	19	1.89
148219--148272	27	2.0	27	92	0	90	22	14	38	24	1.91
148307--149396	96	11.4	95	84	6	1194	33	13	30	23	1.93
148306--149350	256	4.1	256	96	0	1889	32	13	30	23	1.93
152555--152703	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
152692--152716	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
154294--154352	20	3.0	20	85	7	86	0	1	13	84	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154304--154353	15	3.3	15	81	18	59	0	2	12	86	0.67
154296--154357	14	4.7	13	77	16	65	0	1	12	85	0.67
154299--154370	33	2.2	33	82	7	83	1	2	13	81	0.86
158460--158823	184	2.0	184	98	0	701	26	18	21	33	1.97
161528--161590	19	3.6	19	76	24	84	36	19	11	33	1.87
161515--161590	32	2.4	32	95	0	134	35	18	13	32	1.89
165329--165379	15	3.2	15	74	15	57	11	49	0	39	1.40
165327--165379	18	3.1	18	72	22	60	11	49	0	39	1.39
165330--165400	33	2.2	33	92	0	115	12	45	0	42	1.42
165351--165430	42	1.9	42	84	5	108	13	38	0	47	1.43
171343--171392	24	2.1	24	84	0	64	14	38	0	48	1.44
171325--171430	42	2.5	42	85	0	140	13	41	1	43	1.54
171325--171443	42	2.8	42	78	2	123	11	39	1	47	1.50
173056--173325	40	6.7	39	72	7	139	21	23	11	43	1.85
173174--175223	40	50.8	40	67	12	190	19	24	13	41	1.88
173449--174373	40	23.0	40	67	14	206	20	25	12	41	1.88
173217--174455	162	7.7	162	76	6	823	20	24	12	41	1.87
173217--174444	81	15.2	81	74	7	697	20	25	12	41	1.88
173288--174440	243	4.8	243	75	4	858	20	25	12	41	1.88
174260--174515	81	3.2	80	73	9	223	19	23	14	42	1.88
174387--174536	81	1.9	81	80	5	178	16	23	16	44	1.86
174499--175263	81	9.5	81	78	3	671	19	25	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174283--175157	202	4.3	202	71	8	465	19	24	13	41	1.88
174504--175223	241	3.0	243	79	5	650	19	25	14	41	1.89
173917--175221	40	32.3	39	66	13	200	19	24	13	41	1.88
175452--175529	41	1.9	41	91	0	129	19	24	16	39	1.91
177196--177242	10	4.7	11	75	21	50	76	0	6	17	0.98
177196--177242	20	2.4	20	85	3	69	76	0	6	17	0.98
178777--179452	156	4.4	156	76	10	579	27	14	18	39	1.89
180679--180708	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
180658--180725	33	2.1	33	88	5	102	38	16	11	33	1.85
180755--180809	19	2.8	19	91	2	83	36	14	16	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5