genome.fa.s367.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold367
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  914901

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 587 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773942--774215	114	2.5	109	83	9	333	42	1	2	54	1.20
774440--774515	29	2.6	28	83	8	91	43	2	0	53	1.14
774513--774549	16	2.4	16	86	8	51	70	2	2	24	1.14
775019--775056	12	3.4	12	89	10	55	0	10	0	89	0.49
775013--775055	21	2.0	21	86	0	59	0	16	0	83	0.64
776612--776748	74	1.9	72	86	3	193	41	5	6	46	1.52
776637--776775	74	1.9	74	83	0	179	42	6	5	45	1.53
776926--776997	17	4.2	17	72	20	62	51	1	2	44	1.24
779737--779802	33	2.0	33	87	0	96	24	9	24	42	1.83
781098--781123	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
786743--786791	13	3.7	13	83	2	53	34	24	4	36	1.75
789222--789300	38	2.1	38	92	0	131	31	15	12	40	1.84
791430--791588	71	2.2	71	90	0	246	35	15	16	32	1.91
791688--791718	15	2.1	15	100	0	62	38	12	19	29	1.89
793537--793562	12	2.2	12	100	0	52	50	7	23	19	1.73
797204--797241	20	1.9	20	94	0	67	42	15	15	26	1.87
797255--797306	20	2.6	20	96	0	95	34	19	7	38	1.80
797294--797320	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
798892--798954	33	1.9	33	87	6	92	33	7	19	39	1.80
804760--804794	18	1.9	18	88	0	52	42	5	28	22	1.76
810597--810846	126	2.0	126	93	0	430	50	10	10	28	1.70
811056--811249	79	2.5	78	78	6	187	38	10	22	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812577--812628	21	2.4	21	87	6	68	26	19	17	36	1.94
812572--812628	23	2.6	22	83	5	71	26	21	17	35	1.95
814357--814384	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
814425--814464	19	2.1	19	100	0	80	35	0	10	55	1.34
816108--816202	37	2.6	36	90	3	154	47	5	2	45	1.37
816506--816600	32	3.0	32	70	19	74	44	8	3	44	1.50
817127--817180	23	2.3	23	90	0	81	31	9	3	55	1.49
820913--820955	19	2.4	18	81	11	52	39	6	2	51	1.42
821392--821450	14	4.3	13	81	14	66	59	0	0	40	0.97
824957--824981	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
827486--827523	18	2.1	19	95	5	69	47	0	0	52	1.00
828907--828936	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
829132--829173	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
832482--832523	21	2.0	22	90	9	70	59	0	0	40	0.97
832479--832529	22	2.3	21	84	15	68	56	0	0	43	0.99
833242--833277	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
834686--834731	20	2.4	19	82	13	58	32	0	0	67	0.91
834740--834813	12	6.0	12	72	17	55	59	1	0	39	1.06
834740--834785	22	2.0	23	87	4	67	65	0	0	34	0.93
841640--841666	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
842468--842508	21	2.0	21	85	0	55	53	4	2	39	1.35
842654--842736	12	7.0	12	68	25	52	45	4	2	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842644--842738	46	2.0	49	85	8	133	46	5	2	46	1.37
843162--843206	15	2.9	15	87	9	56	48	0	0	51	1.00
843186--843254	12	5.6	12	72	20	54	53	0	1	44	1.09
843165--843252	17	5.2	18	69	14	53	53	0	1	45	1.07
843452--843494	22	2.0	22	86	9	61	46	0	6	46	1.30
843579--843614	17	2.1	17	89	0	54	41	0	2	55	1.14
844106--844149	22	2.0	22	95	0	79	54	15	9	20	1.68
848826--848892	29	2.3	29	84	5	91	31	17	16	34	1.93
850556--850596	2	20.5	2	89	0	64	46	0	2	51	1.14
855873--855923	27	1.9	26	84	11	68	37	0	0	62	0.95
855889--855931	11	4.1	11	85	8	54	39	0	0	60	0.97
855877--855931	17	2.9	19	76	17	62	40	0	0	60	0.97
856085--856124	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
861719--861774	27	2.1	27	86	6	78	55	1	12	30	1.47
861948--862002	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
862878--862910	13	2.5	13	85	14	50	75	0	0	24	0.80
863799--863907	55	2.0	55	85	3	148	44	5	5	44	1.50
865464--865513	11	4.6	11	78	11	50	28	2	0	70	0.99
865464--865513	22	2.3	21	83	10	57	28	2	0	70	0.99
867172--867207	19	2.0	19	89	10	58	55	0	0	44	0.99
869095--869145	25	2.0	26	92	3	86	49	19	9	21	1.77
870571--870623	22	2.3	23	81	15	58	37	0	3	58	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870696--870764	29	2.4	30	82	4	88	62	1	0	36	1.04
870702--870766	30	2.2	29	83	2	76	63	1	0	35	1.04
872035--872159	32	3.9	32	74	11	80	50	17	7	24	1.71
872109--872159	16	3.1	16	75	13	50	52	21	7	17	1.69
872796--872844	12	4.2	12	80	12	57	65	0	0	34	0.93
872793--872838	24	2.0	23	91	4	74	63	0	0	36	0.95
872858--872943	40	2.1	40	83	14	106	52	1	1	45	1.16
876488--876532	14	3.3	14	81	6	56	35	0	0	64	0.94
876482--876558	27	2.9	26	75	16	77	44	0	0	55	0.99
876516--876544	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
877457--877496	19	2.1	19	95	0	71	32	0	0	67	0.91
877465--877528	19	3.4	19	77	14	69	40	0	1	57	1.08
877727--877794	18	3.8	18	74	12	52	60	0	0	39	0.97
877719--877770	26	1.9	26	88	7	77	59	0	0	40	0.97
877744--877794	16	3.4	16	79	15	56	62	0	0	37	0.95
878129--878153	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
878352--878396	19	2.2	20	84	11	56	51	4	0	44	1.21
878758--878792	17	2.1	17	88	0	52	51	2	0	45	1.16
879042--879133	17	4.9	20	72	16	72	35	0	0	64	0.94
879036--879120	37	2.3	36	80	9	100	32	0	1	65	1.00
879042--879112	36	2.0	36	86	5	99	36	0	0	63	0.95
879201--879249	21	2.3	21	83	16	66	48	4	0	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879883--879926	16	2.7	18	77	22	53	52	0	0	47	1.00
886474--886525	22	2.2	24	86	6	72	42	1	1	53	1.23
889339--889437	41	2.4	41	98	0	189	26	12	10	51	1.70
890418--890456	18	2.1	19	85	4	53	51	7	0	41	1.31
895241--895272	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
895794--896147	178	2.0	179	98	0	692	29	15	18	36	1.92
896957--896997	10	4.1	10	87	9	57	68	2	29	0	1.03
900766--900834	17	3.9	17	73	14	50	36	0	0	63	0.94
900766--900837	19	3.6	19	73	5	63	36	0	0	63	0.94
904831--904875	23	2.0	23	100	0	90	55	13	4	26	1.57
904889--904936	15	3.5	15	70	21	50	58	4	0	37	1.18
904869--904936	26	2.5	28	88	7	95	57	5	2	33	1.38
904888--904944	26	2.2	26	90	0	87	56	7	0	36	1.27
906069--906098	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
907935--908089	79	2.0	79	90	2	249	36	25	14	23	1.92
908504--908631	38	3.4	38	78	10	95	39	16	13	30	1.87
908606--908708	38	2.7	38	79	11	113	37	17	12	32	1.87
908656--908769	37	3.1	37	83	1	129	36	18	14	30	1.90
909253--909290	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15

Tables:   1   2   3   4   5

The End!