genome.fa.s370.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold370
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857924

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5134--6020	59	15.4	58	87	6	1091	26	28	19	24	1.99
5349--5483	27	4.9	29	64	22	94	30	29	20	20	1.97
6841--6908	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
6862--6886	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6843--6905	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
6948--6973	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6928--6994	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
9544--9668	53	2.4	54	81	6	150	30	26	12	31	1.92
9656--9727	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
9334--9778	212	2.1	211	89	2	671	28	27	13	30	1.94
9681--9884	78	2.6	78	83	2	239	24	30	17	28	1.97
21242--21278	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
21233--21267	18	1.9	18	94	0	61	34	0	0	65	0.93
21539--21575	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
21234--21773	293	1.8	296	90	2	881	37	9	7	46	1.64
24544--24888	83	3.9	86	80	8	338	33	16	8	42	1.79
24381--24888	90	5.6	89	78	10	386	33	17	8	40	1.79
24360--24888	176	2.9	183	80	6	520	33	16	8	40	1.80
25377--25735	117	3.1	117	80	14	404	50	1	2	45	1.26
25691--25719	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
26025--26081	22	2.5	23	83	8	73	29	1	5	63	1.27
26185--26221	19	1.9	19	88	0	56	37	2	0	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26054--26429	106	3.5	107	82	10	419	43	2	2	52	1.25
26977--27011	17	2.1	16	89	5	52	17	0	5	77	0.96
27187--27287	53	1.9	53	93	0	175	33	9	17	38	1.83
33414--33443	14	2.1	14	93	0	51	53	6	6	33	1.53
36422--36516	19	5.6	19	72	27	106	33	12	18	34	1.89
36441--36497	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
36422--36523	32	3.2	32	100	0	204	33	12	18	35	1.89
40891--40965	29	2.6	28	85	4	105	30	16	24	29	1.96
41029--41097	32	2.2	32	86	0	93	30	17	27	24	1.97
41050--41145	30	3.1	30	74	14	88	35	12	23	28	1.91
41618--41656	14	2.8	14	92	0	69	25	7	33	33	1.84
42610--42658	17	2.7	18	84	12	64	4	8	8	79	1.04
50697--50771	36	2.1	36	92	0	123	22	29	16	32	1.95
56693--56742	20	2.5	21	80	9	59	40	12	12	36	1.79
56710--56843	20	6.7	20	66	13	69	30	15	13	40	1.86
58311--58341	15	2.1	15	100	0	62	54	6	25	12	1.62
58386--58416	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
58389--58414	13	2.0	13	100	0	52	46	0	53	0	1.00
58387--58416	15	2.0	15	100	0	60	46	0	53	0	1.00
64966--65059	48	2.0	48	100	0	188	34	12	17	36	1.87
66444--66480	19	1.9	19	94	0	65	0	18	0	81	0.70
70916--70953	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71039--71088	21	2.5	20	84	12	68	66	0	0	34	0.92
71059--71104	5	9.4	5	77	13	51	65	0	0	34	0.93
71052--71158	32	3.4	34	74	16	86	58	0	0	40	1.04
71039--71108	21	3.3	21	78	11	65	64	0	0	35	0.94
71074--71144	20	3.3	21	81	13	74	54	1	0	43	1.08
71906--71945	14	2.9	14	84	0	53	35	0	0	65	0.93
72020--72068	7	7.3	7	81	6	57	55	0	0	44	0.99
72025--72062	20	1.9	20	94	0	67	55	0	0	44	0.99
72020--72071	27	2.0	26	88	3	77	55	0	0	44	0.99
72117--72157	18	2.3	18	91	0	64	31	0	2	65	1.05
72142--72171	13	2.2	14	94	5	53	36	0	0	63	0.95
72571--72608	14	2.9	13	84	7	51	63	0	0	36	0.95
72741--72796	21	2.7	21	91	2	87	41	0	0	58	0.98
72740--72807	27	2.5	27	83	9	77	39	1	0	58	1.07
72741--72803	21	3.0	20	86	6	74	41	1	0	57	1.08
80228--80272	17	2.8	16	79	3	54	40	13	6	40	1.71
82547--82619	32	2.3	32	87	0	101	32	12	20	34	1.90
82636--82676	21	2.0	21	95	0	73	41	9	21	26	1.84
85051--85219	51	3.3	51	82	4	182	27	26	13	32	1.94
85195--85456	79	3.3	79	89	0	389	28	24	14	32	1.94
85155--85456	158	1.9	158	86	0	424	28	25	14	32	1.95
85392--85506	51	2.3	51	89	0	167	31	26	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85313--85597	130	2.2	131	87	1	403	28	25	13	32	1.93
85523--85643	52	2.3	52	81	5	129	26	24	14	33	1.94
88041--88606	165	3.4	163	78	5	489	30	11	7	50	1.66
90438--90782	150	2.3	149	79	6	331	28	17	18	35	1.94
92068--92121	26	2.1	26	86	6	74	51	18	14	14	1.76
92183--92468	85	3.4	85	82	4	364	43	11	24	20	1.85
92185--92512	170	1.9	170	83	4	421	45	12	22	19	1.84
92571--92658	35	2.5	35	84	1	104	50	10	15	23	1.75
92595--93535	163	5.8	163	78	6	830	45	12	18	23	1.83
92595--93536	81	11.7	81	77	5	723	45	12	18	23	1.83
93488--93581	46	2.0	46	91	0	152	48	10	19	21	1.78
93408--93662	127	2.0	127	82	0	312	43	12	21	21	1.86
93533--94260	247	3.0	243	84	5	856	42	13	21	22	1.88
93535--94299	81	9.4	81	82	4	821	42	13	21	22	1.88
93535--94299	163	4.7	162	82	5	834	42	13	21	22	1.88
94117--94259	74	1.9	74	92	0	241	41	15	21	21	1.90
94816--95092	78	3.6	77	84	1	356	27	12	27	32	1.93
95835--96034	88	2.3	88	80	3	224	45	12	17	24	1.83
109028--109075	21	2.3	20	86	6	69	75	12	0	12	1.06
109028--109087	11	5.5	11	76	9	52	73	11	1	13	1.18
109856--109919	29	2.2	29	94	0	110	48	6	14	31	1.68
112103--112156	20	2.7	20	91	0	90	29	14	11	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112138--112167	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
112100--112258	40	3.9	40	69	17	121	27	16	13	42	1.86
112183--112256	20	3.7	21	84	13	102	24	16	16	43	1.87
112100--112314	102	2.1	102	89	1	324	28	16	13	40	1.87
112240--112269	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
114643--114820	51	3.5	51	75	3	164	28	23	11	36	1.89
114760--115034	107	2.6	107	79	1	309	28	25	13	33	1.94
114973--115138	51	3.3	51	85	1	199	31	27	10	30	1.90
115073--115371	79	3.8	79	89	3	424	28	25	13	32	1.94
117108--117310	111	1.8	110	83	7	268	42	15	17	24	1.88
118085--118111	12	2.2	12	100	0	54	7	22	18	51	1.70
118292--118351	27	2.2	28	82	5	70	3	16	11	68	1.33
119208--119272	10	6.0	11	77	15	57	27	0	0	72	0.85
119199--119267	30	2.2	32	85	14	92	28	0	0	71	0.87
125257--125301	12	3.5	12	80	16	54	73	0	13	13	1.10
125270--125319	18	2.7	19	85	11	68	74	0	14	12	1.09
125271--125319	19	2.6	19	84	9	66	75	0	12	12	1.05
125256--125331	20	3.5	20	70	26	57	75	0	10	14	1.06
131221--131255	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
132532--132577	23	2.1	23	88	8	69	47	4	0	47	1.21
133059--133186	33	4.0	32	77	11	111	59	0	0	40	0.97
133100--133150	24	2.2	22	81	18	68	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133056--133177	27	4.6	27	75	15	85	60	0	0	39	0.97
133161--133202	19	2.1	21	82	8	52	57	2	2	38	1.25
140227--140284	20	2.9	20	85	10	91	31	18	12	37	1.88
144254--144312	31	1.9	31	85	0	82	27	11	32	28	1.92
144292--144343	27	1.9	27	96	0	95	23	21	28	26	1.99
144425--144559	37	3.5	39	76	7	132	11	15	36	37	1.83
144419--144569	77	2.0	77	84	2	196	9	17	35	37	1.83
144534--144594	28	2.2	27	88	2	86	4	19	32	42	1.73
144569--144745	82	2.2	82	82	2	203	12	16	31	39	1.86
144569--144755	41	4.5	41	85	2	169	12	17	30	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6