genome.fa.s370.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold370
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857924

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144733--144786	28	1.9	29	85	7	76	7	14	27	50	1.70
144684--144814	69	1.9	70	85	1	183	11	16	27	45	1.81
144937--144975	21	1.9	20	84	5	51	12	17	12	56	1.67
145626--145681	19	2.8	20	91	5	96	25	12	16	46	1.81
145663--145692	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
148011--148224	51	4.2	51	81	7	193	28	26	14	31	1.94
149737--150151	84	5.0	84	75	7	245	35	18	28	17	1.94
149739--150151	126	3.3	125	79	4	438	34	18	28	17	1.94
149737--150105	42	8.8	42	77	8	259	35	18	28	17	1.94
163593--163663	31	2.3	31	78	2	81	25	21	32	21	1.98
163607--163669	31	2.0	31	90	0	99	20	22	36	20	1.95
163911--164137	41	5.7	40	75	8	160	12	18	32	36	1.89
164018--164352	41	8.1	41	78	4	262	13	17	29	39	1.88
163957--164344	123	3.2	121	79	8	360	13	17	29	39	1.88
164460--164510	18	2.8	18	88	11	77	5	17	21	54	1.63
164742--164817	17	4.5	17	70	18	68	44	9	19	26	1.80
170120--170597	239	2.0	236	92	1	785	34	22	17	25	1.96
177174--177207	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
177915--177959	19	2.4	18	81	3	54	62	0	4	33	1.15
177912--178041	27	4.7	27	74	15	90	57	0	1	40	1.13
178823--178880	20	2.9	20	81	0	71	39	12	13	34	1.82
178865--178893	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178881--178933	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
185131--185197	19	3.9	18	76	23	81	34	11	16	37	1.85
185133--185195	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
185152--185176	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185272--185400	52	2.5	52	96	0	222	35	18	17	27	1.94
191250--191278	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
191266--191318	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
191351--191402	20	2.7	20	87	3	70	38	17	13	30	1.88
192964--193113	34	4.4	34	84	0	192	22	5	28	44	1.75
195031--195415	191	2.0	191	92	0	644	36	12	24	25	1.92
197625--197840	34	6.4	34	83	2	272	23	6	27	43	1.77
197621--197840	68	3.2	67	87	6	300	23	5	26	43	1.76
197621--197839	102	2.1	102	86	1	305	23	5	26	43	1.76
198072--198127	22	2.5	22	78	16	62	25	0	1	73	0.93
203838--203913	26	2.9	28	72	25	76	57	0	0	42	0.98
203807--203914	32	3.4	32	75	11	98	60	0	0	38	1.03
203814--203914	5	21.2	5	70	17	63	60	0	0	38	1.04
212645--212702	30	1.9	30	89	6	91	15	10	1	72	1.19
212645--212704	29	2.0	30	90	3	95	16	11	1	70	1.25
212963--213330	78	4.7	77	79	8	345	27	25	13	33	1.93
212944--213330	156	2.5	155	82	5	442	27	25	12	34	1.92
212963--213381	78	5.4	78	77	9	327	27	25	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212944--213381	156	2.8	154	80	7	368	27	24	12	35	1.92
218297--218336	13	3.1	13	82	13	55	32	15	12	40	1.84
220530--220584	20	2.8	20	85	0	74	36	12	10	40	1.79
223850--224161	29	9.6	29	80	18	291	20	33	12	32	1.90
223860--224188	34	9.8	34	88	7	414	21	33	12	32	1.91
223890--224168	70	4.1	70	93	4	446	20	34	11	34	1.88
224174--224255	33	2.5	33	97	0	155	30	32	20	15	1.94
224260--224680	49	8.8	49	85	7	544	25	26	17	30	1.97
224260--224636	92	4.0	92	82	10	453	25	26	17	30	1.97
224590--224802	52	3.7	55	78	9	180	24	23	15	37	1.93
224693--224819	67	1.9	68	85	1	175	23	24	12	39	1.89
225619--225685	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
225639--225663	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
225728--225752	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
225761--225885	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
231085--231213	52	2.5	52	97	0	249	28	19	17	34	1.95
231222--231246	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231299--231363	19	3.7	19	73	23	70	38	16	12	32	1.86
231294--231361	32	2.1	32	94	0	118	36	17	11	33	1.86
231318--231343	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
236405--236452	16	3.1	16	80	20	57	70	10	14	4	1.29
236721--236751	8	3.9	8	91	0	53	90	6	0	3	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236720--236751	16	2.0	16	100	0	64	87	6	0	6	0.67
237769--237975	27	7.4	28	87	4	186	26	31	14	28	1.94
237795--237964	27	6.1	27	88	4	214	24	31	13	30	1.94
237766--237975	83	2.5	84	81	8	255	25	31	13	29	1.94
237799--238867	28	36.4	28	80	7	638	29	29	17	23	1.97
237933--238643	32	23.4	32	83	6	599	31	28	17	21	1.97
237910--238647	248	3.1	247	81	6	797	31	29	17	21	1.96
238961--239113	48	3.2	49	83	5	190	20	28	16	33	1.95
238961--239128	49	3.5	49	82	6	177	21	27	17	33	1.96
239500--239621	20	5.6	20	71	19	91	31	16	10	41	1.82
240951--241338	51	7.6	52	82	8	169	32	11	25	30	1.91
240994--241336	102	3.4	101	86	2	456	32	11	25	30	1.91
240956--241338	153	2.5	154	83	3	486	32	11	25	30	1.91
242831--242971	40	3.5	40	87	5	185	45	10	25	18	1.81
243063--243822	55	13.3	55	81	8	844	25	20	26	27	1.99
244900--244947	11	4.5	11	79	7	55	0	4	10	85	0.73
255242--255274	4	8.2	4	93	0	57	72	0	0	27	0.85
257346--257576	79	2.9	79	76	3	234	29	14	28	27	1.95
257504--257788	51	5.6	50	89	2	383	31	10	26	30	1.91
257504--257788	153	1.9	154	88	2	441	31	10	26	30	1.91
261246--261317	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
261306--261642	52	6.4	52	68	17	194	31	12	25	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261462--261533	27	2.6	27	89	6	101	22	19	31	26	1.97
261239--261644	212	1.9	212	88	3	620	31	13	27	28	1.94
261521--261639	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
264005--264030	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
263984--264050	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
264070--264124	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
264535--264586	21	2.6	21	87	6	72	28	13	13	44	1.82
264639--264665	11	2.5	11	100	0	54	7	0	7	85	0.75
268683--268719	19	2.1	19	85	10	51	13	13	0	72	1.11
271422--271491	33	2.1	33	89	0	104	41	15	7	35	1.75
271651--271691	16	2.6	16	84	7	57	63	2	2	31	1.20
273575--273683	51	2.1	51	86	3	157	26	16	17	39	1.91
274951--275584	28	21.9	28	84	4	746	22	18	31	28	1.97
274966--275584	113	5.4	113	83	5	733	22	18	31	28	1.97
276799--276878	1	80.0	1	74	0	61	2	2	8	86	0.76
276799--276871	8	9.2	8	80	7	78	1	2	9	86	0.73
276799--276878	31	2.8	29	85	11	103	2	2	8	86	0.76
276818--276877	18	3.3	18	80	13	68	1	3	8	86	0.74
276799--276869	17	3.8	18	82	10	81	1	2	9	85	0.75
289353--289385	15	2.1	16	94	5	59	45	12	0	42	1.41
290870--290944	20	3.8	20	85	0	114	41	12	13	33	1.81
292284--292324	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294832--294873	19	2.2	19	91	0	66	50	2	11	35	1.52
294967--295013	14	2.9	16	77	22	62	38	4	0	57	1.18
294953--295013	32	1.9	32	93	0	104	39	3	0	57	1.15
294953--295012	14	3.9	16	74	20	56	40	1	0	58	1.08
295179--295247	24	2.8	24	78	8	59	50	0	4	44	1.21
295396--295441	15	3.1	15	76	17	51	58	0	2	39	1.10
302217--302266	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
306167--306212	19	2.5	18	79	6	56	58	0	0	41	0.98
309498--309536	13	2.7	15	80	19	55	53	0	0	46	1.00
309632--310188	176	3.2	173	79	8	578	41	6	4	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6