genome.fa.s370.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold370
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857924

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
635356--635422	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
641077--641107	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
641057--641120	33	1.9	33	87	12	96	31	17	14	37	1.89
641155--641207	19	2.6	21	82	11	74	33	16	15	33	1.90
641193--641219	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
641453--641489	20	1.9	20	88	5	58	27	13	5	54	1.61
643692--643732	13	3.2	13	92	0	73	39	14	14	31	1.87
649912--649942	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
649892--649958	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
649987--650037	19	2.6	20	90	3	77	35	15	17	31	1.92
651285--651331	21	2.2	21	84	0	67	31	23	8	36	1.85
653100--653143	22	2.1	21	87	8	63	43	6	9	40	1.63
653219--653283	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
653330--653356	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
653342--653396	20	2.8	20	94	0	92	34	10	20	34	1.87
654760--654785	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
673328--673368	17	2.4	16	88	8	55	87	12	0	0	0.53
673328--673368	12	3.4	12	83	12	57	87	12	0	0	0.53
673328--673368	19	2.2	19	86	4	57	87	12	0	0	0.53
673328--673368	8	4.9	8	88	8	55	87	12	0	0	0.53
674796--675115	29	10.7	29	75	10	209	29	29	16	25	1.97
674790--675115	86	3.6	86	73	13	246	28	29	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674796--675125	56	5.5	57	71	15	177	29	29	16	24	1.96
674945--675020	35	2.2	35	85	4	100	23	32	10	32	1.89
675011--675162	28	5.3	28	85	5	182	34	30	17	17	1.93
675179--675417	49	4.9	49	80	10	238	27	28	16	28	1.97
675179--675417	101	2.5	93	79	8	248	27	28	16	28	1.97
679058--679178	52	2.3	52	98	0	233	28	17	19	34	1.94
679058--679198	52	2.7	51	92	4	221	30	17	19	33	1.94
679187--679211	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
679277--679301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
682540--682789	98	2.6	97	81	0	275	34	12	25	27	1.92
682579--682789	97	2.2	98	83	0	262	35	13	24	27	1.92
685144--685333	51	3.7	51	82	2	220	42	12	15	30	1.84
685144--685333	103	1.8	103	85	2	265	42	12	15	30	1.84
685985--686426	52	8.4	52	77	6	329	34	14	25	25	1.94
686671--686854	33	5.3	33	72	12	136	42	9	7	40	1.65
686671--686851	68	2.6	70	85	4	258	42	9	7	40	1.65
686798--686856	17	3.5	17	76	17	52	38	8	10	42	1.69
692654--692792	71	2.0	71	88	0	206	30	14	11	43	1.81
692739--692810	20	3.6	19	83	7	90	30	13	13	41	1.84
696981--697005	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
698900--698959	28	2.1	28	93	0	102	50	11	23	15	1.76
702004--702069	35	1.9	35	84	9	91	28	24	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702645--702702	13	4.0	13	72	23	53	41	13	13	31	1.84
702634--702702	32	2.2	32	91	0	111	44	14	13	27	1.82
702808--702852	23	1.9	23	86	4	63	40	11	8	40	1.72
711223--711331	52	2.1	52	87	0	155	33	11	14	39	1.83
711396--711420	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
711378--711441	33	2.0	32	87	3	92	42	15	14	28	1.86
711547--711591	23	1.9	23	81	4	54	40	8	8	42	1.67
713784--713845	31	2.0	31	93	3	108	48	9	12	29	1.73
721783--721850	33	2.1	33	85	0	91	13	42	1	42	1.52
722633--722669	18	2.1	18	90	5	58	5	13	5	75	1.15
725126--725292	87	1.9	87	90	2	264	25	25	22	26	2.00
728119--728159	20	2.0	20	90	0	64	39	7	14	39	1.74
728358--728396	2	19.0	2	89	5	60	48	5	0	46	1.24
732394--732432	20	2.0	20	89	0	60	7	10	5	76	1.13
735776--735895	52	2.3	52	95	0	213	30	17	17	35	1.93
735771--735915	52	2.8	51	87	4	202	30	17	17	34	1.93
735904--735928	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
735967--736024	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
736060--736101	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
736607--736685	32	2.4	32	82	2	86	22	18	29	29	1.98
736629--737764	28	40.3	28	83	6	784	24	16	30	28	1.97
736625--737764	84	13.5	84	81	6	880	24	16	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736985--738030	28	37.6	28	83	4	726	26	15	31	27	1.96
737347--738027	27	24.9	27	83	2	709	27	14	32	25	1.95
741754--741820	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
742372--742434	10	6.1	10	71	14	56	39	7	26	25	1.83
742356--742426	32	2.2	32	100	0	142	36	8	26	28	1.86
742462--742486	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
744151--744217	20	3.3	20	93	0	116	35	11	17	34	1.87
747309--747375	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
747816--747858	22	2.0	22	100	0	86	34	13	23	27	1.93
747905--747961	22	2.6	22	91	0	96	36	7	24	31	1.82
752712--753775	543	2.0	539	90	2	1668	20	26	12	40	1.87
756508--756533	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
758752--758796	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
760570--760600	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
762659--762696	13	2.9	13	92	0	67	28	18	15	36	1.92
762817--762863	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
762819--762861	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
765241--765266	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
769485--769521	7	5.1	7	87	6	56	10	5	0	83	0.79
769796--769844	19	2.5	19	80	9	55	79	0	12	8	0.93
769875--769920	21	2.2	21	88	3	67	54	2	0	43	1.12
772587--772635	18	2.8	17	75	9	53	48	0	10	40	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774842--774881	15	2.7	15	88	3	55	57	0	10	32	1.32
792194--792236	11	3.9	11	87	0	68	86	11	2	0	0.67
792194--792235	22	1.9	22	100	0	84	88	9	2	0	0.61
793647--793699	20	2.6	21	85	5	74	26	15	16	41	1.88
794350--794395	22	2.1	22	95	0	83	36	30	0	32	1.58
802403--802471	33	2.1	33	89	5	104	30	15	15	37	1.90
808639--808938	161	1.9	161	90	2	478	42	15	13	28	1.84
813927--813972	18	2.6	18	100	0	92	36	0	10	52	1.37
815555--815612	30	1.9	30	92	0	98	24	17	12	46	1.81
815595--815662	20	3.4	19	82	8	82	30	13	14	41	1.84
815635--815672	20	1.9	20	88	0	58	36	13	7	42	1.73
828849--828901	19	2.7	20	80	16	65	60	0	0	39	0.97
828839--828902	20	3.2	20	80	10	69	59	0	0	40	0.97
829068--829123	28	2.0	29	92	3	96	60	1	0	37	1.07
829076--829124	14	3.5	13	76	13	53	63	2	0	34	1.06
831100--831143	21	2.1	21	91	0	70	18	6	15	59	1.58
837656--837778	52	2.4	52	94	0	210	29	17	17	35	1.93
837681--837800	52	2.3	52	88	2	179	31	16	19	32	1.94
837789--837813	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
837856--837953	19	5.8	18	71	28	90	35	18	12	33	1.88
837875--837931	13	3.9	13	72	24	51	31	19	14	35	1.91
837854--837951	32	3.0	32	93	1	169	34	18	12	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838701--838728	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
838780--838862	19	4.7	18	75	20	86	33	19	14	32	1.92
838818--838843	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
838800--838862	32	2.0	32	87	6	92	33	19	15	31	1.93
839475--839855	49	8.1	49	77	9	284	32	17	26	24	1.97
839596--839819	92	2.5	91	92	2	360	32	18	24	25	1.97
839782--839848	21	3.2	21	62	29	52	29	16	26	26	1.97
839744--839855	42	2.7	42	94	0	188	28	20	25	25	1.99
841375--841409	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
842662--842714	4	13.8	4	88	7	83	77	0	22	0	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6