genome.fa.s372.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold372
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1060101

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632182--633218	540	1.9	540	91	1	1695	29	17	19	33	1.95
631972--633427	750	1.9	750	89	1	2267	28	18	19	33	1.96
637325--637382	23	2.5	22	76	15	55	60	0	1	37	1.07
637349--637384	19	1.9	18	88	5	54	58	0	5	36	1.22
638327--638363	15	2.2	18	86	13	53	67	2	8	21	1.29
638557--638590	11	3.1	11	91	0	50	67	0	2	29	1.05
638695--638739	20	2.2	20	80	7	56	2	33	0	64	1.06
639212--639256	12	3.6	12	82	8	54	82	6	4	6	0.95
639862--639935	17	4.3	17	75	5	60	43	1	0	55	1.08
639925--639962	20	1.9	20	94	0	67	42	0	2	55	1.14
640455--640539	40	2.1	40	79	14	95	47	2	1	49	1.22
640588--640630	21	2.0	21	82	8	52	58	0	0	41	0.98
640881--640943	32	2.0	31	84	9	83	57	0	0	42	0.99
641205--641268	27	2.3	28	81	7	69	67	1	0	31	1.00
641206--641266	18	3.3	18	78	19	56	67	1	0	31	1.01
641924--641956	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
642521--642581	18	3.4	18	82	11	72	60	0	0	39	0.97
649884--649924	2	20.5	2	94	0	73	46	2	0	51	1.14
650052--650104	7	7.6	7	75	8	54	66	0	0	33	0.92
650058--650112	14	4.7	12	72	20	53	65	0	1	32	1.03
650118--650170	16	3.2	16	78	21	65	50	0	1	47	1.12
650106--650178	32	2.2	32	83	9	103	52	1	1	45	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650157--650206	24	2.0	24	85	11	66	60	0	6	34	1.21
652015--652061	19	2.7	18	80	12	62	38	0	0	61	0.96
656243--657308	531	2.0	532	99	0	2125	19	23	17	39	1.93
661805--662868	210	5.1	209	87	3	1416	29	17	19	32	1.95
662576--663198	330	1.9	330	92	1	1052	29	17	18	34	1.94
662906--663727	210	3.9	210	89	1	1245	28	18	19	32	1.96
662372--663408	540	1.9	540	91	1	1686	29	17	19	33	1.95
662162--663617	750	1.9	750	89	1	2258	28	18	19	33	1.96
669157--669305	72	2.1	73	89	3	230	26	8	18	46	1.76
671629--671661	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
671778--671807	14	2.1	14	93	0	51	46	0	3	50	1.18
678927--678983	2	28.5	2	89	0	87	47	1	1	49	1.22
679228--679268	10	4.3	10	78	12	50	63	0	0	36	0.95
679219--679268	18	2.8	18	77	14	59	62	0	0	38	0.96
683697--683754	30	2.0	30	80	12	68	34	0	6	58	1.25
683827--683865	13	3.2	12	82	10	53	74	0	2	23	0.94
683871--683915	16	2.8	15	80	12	54	44	2	4	48	1.35
684539--684718	91	2.0	91	91	2	290	28	30	11	29	1.92
695490--695530	15	2.6	17	77	18	52	58	0	2	39	1.11
695686--695724	18	2.1	18	85	4	51	51	0	2	46	1.14
695685--695752	31	2.2	31	82	10	77	54	0	1	44	1.09
696106--696154	19	2.5	20	80	9	57	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696170--696216	16	2.8	17	78	12	53	57	0	2	40	1.11
696361--696386	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
700938--701017	24	3.6	23	69	20	80	60	11	10	18	1.58
700934--701019	42	2.0	42	97	0	163	56	12	9	20	1.63
707026--707066	3	13.7	3	87	10	57	31	2	2	63	1.20
708430--708463	17	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
708430--708481	17	3.2	17	82	15	58	34	0	0	65	0.93
710188--710244	18	3.1	18	70	12	53	56	0	0	43	0.99
711404--711453	26	1.9	26	84	8	66	28	0	6	66	1.15
714725--714751	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
716884--717364	240	2.0	240	95	0	854	27	25	14	31	1.95
718162--718210	26	2.0	24	88	8	71	46	0	0	53	1.00
719182--719336	77	2.0	76	91	1	247	35	12	27	23	1.92
720609--720650	21	2.0	22	85	4	59	57	2	2	38	1.25
722758--722804	22	2.2	20	85	7	58	51	2	2	44	1.25
732974--733027	15	3.4	16	76	18	60	51	0	0	48	1.00
733526--733590	30	2.2	29	83	8	78	44	4	16	33	1.69
737191--737225	2	17.5	2	93	0	61	54	0	45	0	0.99
738656--738704	25	1.9	26	91	4	82	12	6	4	77	1.09
746750--746802	27	2.0	28	82	14	67	52	0	0	47	1.00
746764--746815	25	2.0	26	85	10	72	55	0	1	42	1.10
747384--747426	20	2.0	22	86	8	63	30	4	0	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748030--748075	20	2.3	20	84	0	56	13	45	4	36	1.63
753747--753785	11	3.5	11	92	0	60	48	0	0	51	1.00
754405--754461	24	2.3	24	87	3	78	63	1	1	33	1.15
754431--754490	21	2.9	21	82	9	61	55	1	5	38	1.32
755039--755085	12	4.2	11	79	12	51	57	0	0	42	0.98
756870--756895	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
760458--760525	13	5.2	13	70	0	64	38	7	39	14	1.74
760458--760525	26	2.6	26	92	0	118	38	7	39	14	1.74
765088--765160	13	5.6	13	78	0	83	36	6	41	15	1.73
765084--765160	26	2.9	26	94	1	127	36	6	40	16	1.75
765240--765310	28	2.6	26	82	10	88	50	19	4	25	1.65
765255--765316	28	2.2	29	94	2	108	56	17	4	20	1.59
765496--765583	45	2.1	43	81	12	103	47	0	4	47	1.22
766145--766185	20	2.1	20	90	4	66	34	0	0	65	0.93
766212--766273	23	2.7	23	82	7	63	53	0	0	46	1.00
766233--766286	25	2.2	25	78	21	62	48	0	0	51	1.00
766258--766332	36	2.1	36	80	14	84	52	2	1	44	1.23
768865--768934	21	3.3	21	75	13	72	58	0	2	38	1.13
768876--768935	21	2.8	21	84	2	75	61	0	3	35	1.12
769009--769061	27	2.0	27	81	7	63	45	0	1	52	1.11
769456--769596	75	1.9	75	86	10	207	46	7	0	46	1.35
773344--773393	23	2.2	23	85	7	66	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774344--774387	23	1.9	23	81	9	54	38	6	6	47	1.57
777241--777312	24	2.9	24	83	10	74	43	22	9	25	1.83
783260--783291	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
783626--783691	31	2.2	31	83	8	82	46	10	19	22	1.80
785265--785316	17	3.2	16	76	13	52	61	1	1	34	1.18
785277--785343	20	3.1	21	76	10	64	58	1	0	40	1.07
785288--785354	21	3.1	21	74	17	57	56	0	0	43	0.99
785288--785354	24	3.1	21	74	14	64	56	0	0	43	0.99
785417--785479	27	2.3	28	81	8	76	46	1	0	52	1.10
787249--787298	26	2.0	26	92	7	86	36	0	0	64	0.94
789394--789458	33	2.0	33	82	11	80	56	0	3	40	1.15
789715--789789	27	2.6	28	77	8	71	49	0	0	50	1.00
789773--789814	10	4.2	10	90	9	68	52	0	0	47	1.00
789741--789793	27	2.0	27	85	7	72	49	0	0	50	1.00
789773--789827	20	2.8	20	86	10	71	50	0	0	49	1.00
791438--791477	11	3.6	12	80	16	50	27	0	0	72	0.85
793667--793720	28	2.0	27	82	10	65	48	0	0	51	1.00
796327--796372	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
798939--799007	27	2.6	27	88	4	95	47	18	4	28	1.68
800196--800261	3	21.7	3	79	14	73	63	1	1	33	1.13
800887--800951	34	1.9	33	84	12	87	50	1	0	47	1.10
800887--800951	35	1.9	33	84	6	85	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801021--801065	21	2.0	22	83	8	56	37	4	0	57	1.19
803272--803299	4	7.0	4	100	0	56	25	0	50	25	1.50
803691--803790	15	6.2	16	73	19	68	58	1	2	39	1.16
803691--803776	15	5.4	17	73	21	71	58	1	0	40	1.06
804590--804662	37	2.0	36	86	2	101	39	4	8	47	1.52
809114--809331	50	4.4	50	92	0	346	31	19	19	30	1.96
809887--809920	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
813790--813857	13	5.2	13	70	0	64	38	7	39	14	1.74
813790--813857	26	2.6	26	92	0	118	38	7	39	14	1.74
813913--813958	24	1.9	24	86	0	65	43	26	6	23	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9