genome.fa.s38.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold38
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2073527

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1353--1379	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
3764--3810	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
3931--3956	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6027--6057	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
7861--7905	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
10133--10158	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10216--10272	20	2.8	20	81	7	71	29	15	15	38	1.89
23784--23868	1	85.0	1	76	0	71	87	11	0	1	0.61
23781--23854	10	7.1	10	82	14	96	87	12	0	0	0.53
23786--23868	8	10.6	8	80	14	86	86	12	0	1	0.62
23785--23868	9	8.9	9	81	13	82	86	11	0	1	0.62
23781--23868	30	2.9	31	86	8	119	86	12	0	1	0.63
23797--23867	36	1.9	37	88	8	110	85	12	0	1	0.65
23784--23868	23	3.7	24	78	15	99	87	11	0	1	0.61
25120--25653	146	3.7	144	82	3	565	32	28	16	22	1.96
25115--25662	174	3.2	170	80	5	539	31	28	16	22	1.96
25115--25658	28	19.0	28	81	5	498	31	28	16	22	1.96
29412--29437	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29394--29457	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
32989--33062	17	4.4	17	78	10	89	85	14	0	0	0.61
32992--33062	32	2.2	33	90	7	119	84	15	0	0	0.62
32982--33050	1	69.0	1	76	0	66	88	11	0	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33302--33338	16	2.2	17	90	4	58	86	8	5	0	0.70
34290--34402	31	3.7	31	89	4	176	26	29	19	24	1.98
34290--34421	61	2.1	62	86	4	178	25	30	17	26	1.97
34405--34898	37	14.0	37	89	6	685	19	35	11	34	1.87
34380--34898	71	7.4	71	87	8	685	19	34	11	33	1.88
34900--34977	32	2.5	32	89	4	124	26	39	16	16	1.90
34970--35637	49	13.7	49	87	2	938	25	26	17	30	1.98
35408--35593	48	4.1	43	87	10	255	25	26	18	29	1.98
35547--35685	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
36511--36577	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
36531--36555	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36618--36642	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41913--41943	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
44026--44051	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44172--44217	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
46614--46639	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46596--46659	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
53776--53823	19	2.5	19	100	0	96	33	12	18	35	1.89
60765--60801	7	5.4	7	81	18	51	86	13	0	0	0.57
60757--60802	20	2.2	21	92	3	76	84	15	0	0	0.62
62079--62258	62	2.8	64	86	4	256	23	27	15	33	1.94
62079--62258	33	5.6	33	83	5	235	23	27	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62238--62810	27	18.8	27	72	18	148	20	31	13	33	1.92
62286--62833	33	17.5	33	75	14	427	20	31	13	34	1.91
62076--62380	120	2.5	124	80	5	325	22	30	13	33	1.93
62271--62833	159	3.6	157	83	7	602	20	31	13	34	1.91
62239--62608	192	2.0	184	85	6	492	20	32	13	33	1.91
62286--62862	252	2.3	251	82	8	669	20	31	13	34	1.91
62271--62833	158	3.6	154	81	8	623	20	31	13	34	1.91
62319--62833	93	5.6	90	78	13	444	20	31	13	34	1.91
62638--62790	61	2.6	59	78	7	164	20	30	13	36	1.90
62824--62918	29	3.3	29	85	8	124	33	31	16	17	1.93
62940--63484	48	11.8	48	74	12	442	26	25	17	29	1.98
63037--63281	39	5.8	39	72	16	175	28	26	18	26	1.98
62989--63337	87	4.0	87	92	0	554	27	25	18	28	1.98
62989--63337	175	2.0	174	90	0	554	27	25	18	28	1.98
63251--63484	100	2.4	97	85	3	299	26	26	17	29	1.97
68176--68249	17	4.4	16	73	18	53	20	0	4	75	0.96
68198--68248	9	5.7	9	76	17	52	21	0	3	74	0.98
69734--69790	28	2.0	29	82	3	71	15	19	12	52	1.74
69928--70208	58	4.9	58	77	6	239	26	10	18	44	1.82
69910--70208	116	2.6	113	82	5	343	26	10	17	45	1.81
70231--70353	59	2.1	58	80	1	129	26	7	17	48	1.73
76406--76711	155	2.0	152	81	6	357	41	17	14	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84516--84541	10	2.6	10	100	0	52	30	0	26	42	1.56
84707--84772	33	2.0	33	85	2	89	39	12	12	36	1.80
85660--85721	32	1.9	32	83	9	81	38	12	17	30	1.88
85761--85800	20	2.0	20	90	0	62	37	17	10	35	1.83
89793--89834	21	2.0	21	90	0	66	26	26	2	45	1.66
92023--92070	13	3.7	13	82	0	60	41	14	10	33	1.80
95762--95835	20	3.8	19	80	5	85	32	13	14	39	1.86
96743--96781	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
104788--105103	79	4.0	79	74	9	257	34	12	25	27	1.92
105040--105155	51	2.3	50	89	4	178	31	11	24	32	1.90
105174--105284	51	2.2	51	83	3	134	32	13	27	27	1.94
104962--105346	130	3.0	128	80	6	461	33	12	25	29	1.92
108299--108524	44	5.5	42	71	13	125	39	12	26	21	1.89
108419--108524	38	2.6	41	73	14	110	40	15	23	20	1.90
108508--108635	55	2.3	55	95	0	229	21	22	27	28	1.99
108644--108884	60	4.1	60	82	5	269	24	20	29	25	1.99
108494--109172	269	2.5	270	86	4	934	25	19	27	26	1.99
108705--109116	209	2.0	208	85	2	558	25	19	28	26	1.99
108923--109223	55	5.4	55	84	5	383	23	19	27	29	1.99
108926--109226	109	2.7	110	87	7	403	24	19	26	29	1.99
108660--109294	318	2.0	321	86	6	881	24	19	28	27	1.99
113271--113296	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116690--116854	51	3.2	51	82	1	188	28	25	12	33	1.93
116843--116914	28	2.6	28	91	4	110	25	34	16	23	1.95
116828--117147	107	3.0	107	87	2	444	26	25	15	33	1.95
116790--117150	107	3.4	107	84	0	434	27	25	14	32	1.95
117085--117372	122	2.3	121	80	6	299	28	23	13	34	1.93
120731--120994	79	3.3	79	78	6	237	33	14	25	26	1.94
120949--121017	28	2.5	28	83	4	86	27	18	30	23	1.98
120872--121087	107	2.0	106	80	7	240	32	13	25	28	1.94
120900--121102	107	1.9	107	82	4	257	33	14	24	28	1.94
121083--121198	50	2.3	50	81	11	130	33	12	25	27	1.93
126010--126079	33	2.1	33	91	0	113	40	15	15	28	1.88
126009--126146	49	2.7	52	78	12	160	40	15	15	28	1.87
141175--141217	22	2.0	22	90	9	70	46	6	9	37	1.63
150101--150402	61	5.2	61	77	8	244	37	13	25	23	1.92
150197--150550	52	6.6	52	74	8	237	36	14	24	24	1.93
150123--150468	165	2.1	165	92	0	575	35	14	24	25	1.94
150624--150730	31	3.4	31	74	7	90	26	16	28	28	1.97
150724--151142	32	13.1	32	85	4	481	38	11	29	20	1.88
156006--156501	253	2.0	253	85	3	685	27	20	25	26	1.99
159218--159346	52	2.5	52	96	0	231	28	19	17	34	1.95
159422--159517	13	5.7	18	68	28	68	35	15	12	36	1.85
159417--159517	32	3.1	32	95	1	175	35	15	11	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160205--160306	52	1.9	54	84	6	136	38	15	24	21	1.92
160495--160950	43	10.1	43	79	10	489	30	18	26	25	1.98
160451--160950	92	5.4	92	95	1	867	30	18	26	25	1.98
160930--160972	22	2.0	22	100	0	86	34	23	18	23	1.96
160838--161064	114	2.0	114	98	0	436	30	19	26	23	1.98
160952--161239	92	3.1	92	93	3	468	31	19	25	23	1.98
160746--161156	206	2.0	206	97	0	768	30	18	26	24	1.98
160654--161239	298	1.9	300	94	2	1023	30	18	25	24	1.98
160976--161257	141	2.0	136	89	5	440	30	18	26	24	1.97
160952--161239	49	6.1	49	84	9	411	31	19	25	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15