genome.fa.s38.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold38
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2073527

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619306--619387	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
619370--619705	51	6.4	51	70	12	198	31	11	26	30	1.91
619523--619595	27	2.6	28	81	14	89	20	20	34	24	1.97
622062--622087	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
622041--622107	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
622127--622194	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
622149--622173	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
622130--622192	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
622250--622306	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
625208--625481	148	1.9	148	81	4	338	39	10	13	36	1.79
625498--625546	16	3.0	16	80	14	55	22	0	2	75	0.90
627138--627502	166	2.2	165	80	5	407	52	9	8	29	1.64
627186--627502	166	1.9	165	83	4	415	52	7	8	31	1.58
627188--627578	166	2.4	166	80	4	398	51	8	9	30	1.64
630733--630778	21	2.2	20	85	11	58	32	17	8	41	1.80
631547--631573	14	1.9	14	100	0	54	37	3	14	44	1.63
637690--637756	33	2.0	33	82	5	82	29	19	13	37	1.90
637783--637837	19	2.8	20	86	5	85	38	14	18	29	1.90
637823--637849	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
637804--637868	32	2.0	33	87	3	96	41	13	16	27	1.87
638080--638119	20	2.0	20	85	5	53	27	15	5	52	1.63
641866--641925	21	2.9	21	74	0	66	40	20	5	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646017--646110	19	5.6	18	71	28	82	35	17	12	35	1.87
646012--646110	32	3.1	32	97	1	180	35	17	12	35	1.87
646036--646092	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
646399--646455	24	2.5	23	83	8	73	54	1	28	15	1.52
648162--648207	22	2.1	22	91	0	74	30	2	4	63	1.26
648977--649052	21	3.7	21	80	3	91	39	11	15	32	1.84
648970--649052	41	2.0	41	92	0	139	39	10	16	32	1.84
648970--649032	20	3.1	20	79	4	81	38	9	19	33	1.84
649142--649179	20	1.9	20	88	0	58	34	13	10	42	1.78
649089--649228	52	2.7	52	87	0	199	30	15	12	42	1.83
651555--651878	80	4.1	78	74	7	224	28	24	10	36	1.89
657321--657388	19	3.9	19	76	21	76	36	11	13	38	1.81
657323--657385	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
657342--657366	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
657428--657453	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
657408--657474	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
658410--658905	247	2.0	247	100	0	992	24	23	10	41	1.85
660064--660190	51	2.4	51	83	10	148	33	22	11	32	1.89
660177--660249	27	2.6	28	85	12	98	24	36	20	17	1.94
660205--660406	79	2.6	78	82	3	219	24	31	17	27	1.97
662755--662853	51	1.9	51	87	4	146	30	22	9	38	1.85
662790--663038	79	3.2	79	81	2	277	28	24	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662998--663066	28	2.5	28	83	6	86	23	24	21	30	1.99
662918--663145	107	2.1	107	91	0	368	25	25	15	32	1.96
663029--663256	79	2.9	78	81	7	237	28	22	10	37	1.88
662846--663196	186	1.9	186	83	3	456	27	24	13	35	1.92
663055--663258	79	2.6	79	82	8	254	29	23	9	37	1.86
672070--672379	107	2.9	106	85	2	408	35	11	24	27	1.91
674667--674800	50	2.7	49	85	5	155	38	13	16	32	1.87
680496--681293	61	12.6	61	74	12	540	25	24	16	32	1.96
680534--681304	252	3.0	251	80	8	756	26	23	16	32	1.96
680966--681098	68	2.0	66	83	2	167	24	22	18	34	1.96
680504--681276	191	4.1	187	78	9	703	26	24	17	31	1.97
684498--685088	79	7.5	79	79	3	503	26	23	13	36	1.91
684545--685170	78	8.1	78	76	5	460	27	23	12	37	1.90
684498--685088	157	3.8	156	79	7	588	26	23	13	36	1.91
688470--688520	25	2.1	25	92	3	86	37	17	11	33	1.86
689401--689734	49	6.8	48	78	11	266	30	17	26	25	1.98
689792--690056	27	9.1	27	74	17	194	29	16	32	21	1.95
689846--690150	34	9.7	33	76	13	222	33	14	33	19	1.91
689797--690088	89	3.3	89	95	0	521	29	16	32	21	1.95
690024--690150	35	3.7	35	89	4	186	37	11	33	18	1.86
690131--690218	29	3.1	27	76	9	86	22	15	34	27	1.95
691651--691823	1	173.0	1	72	0	130	0	1	12	86	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691651--691825	10	17.7	10	79	13	177	0	1	12	85	0.68
691653--691822	44	3.8	44	78	14	172	0	1	12	85	0.68
691651--691825	50	3.6	49	80	14	211	0	1	12	85	0.68
691652--691820	46	3.5	46	76	19	166	0	1	12	85	0.68
706793--706913	51	2.4	51	84	4	145	33	11	22	32	1.90
709264--709289	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
709329--709383	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
709419--709494	21	3.7	21	91	1	118	35	17	11	35	1.86
710257--710853	55	10.4	55	79	11	551	22	21	30	25	1.99
710257--710854	226	2.6	226	83	8	760	22	21	30	25	1.99
710257--710854	171	3.5	170	82	7	640	22	21	30	25	1.99
710588--710676	26	3.3	26	65	9	70	17	19	34	28	1.95
710613--710701	29	3.2	29	65	20	80	20	20	32	26	1.97
711813--711865	1	53.0	1	80	0	61	0	1	7	90	0.52
711814--711865	11	4.5	11	90	7	77	0	1	7	90	0.53
711814--711858	24	1.9	23	95	4	81	0	0	8	91	0.43
711813--711866	19	2.9	18	89	5	81	0	1	9	88	0.58
726700--726780	1	81.0	1	85	0	99	91	7	1	0	0.48
734528--734599	28	2.6	28	86	4	92	22	19	36	22	1.95
737044--737098	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
737118--737172	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
737208--737265	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737616--737680	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
737611--737678	32	2.1	32	97	0	127	36	17	11	33	1.86
737635--737659	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
738849--738948	52	1.9	52	91	0	164	29	17	13	41	1.86
745285--745349	33	2.0	33	84	6	87	38	12	16	32	1.86
746115--746448	52	6.7	49	70	9	169	32	15	26	25	1.95
746247--746453	49	4.3	49	73	10	147	34	14	26	24	1.94
746311--746446	43	3.0	43	74	17	123	33	16	25	23	1.96
746496--746770	28	9.8	26	77	13	198	20	18	29	31	1.97
746517--746770	57	4.5	56	79	11	263	21	18	29	30	1.97
746496--746762	85	3.2	82	79	9	306	20	19	28	31	1.97
761846--761881	17	2.1	17	89	0	54	13	27	36	22	1.92
762193--762218	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
766993--767035	21	2.0	22	86	4	61	55	6	2	34	1.39
768173--768306	62	2.2	62	88	6	193	43	6	17	32	1.76
768576--768633	28	2.1	28	96	0	107	48	3	0	48	1.18
768572--768606	18	1.9	18	100	0	70	51	2	0	45	1.16
768582--768641	28	2.2	27	85	5	77	51	3	0	45	1.17
768572--768661	46	2.0	46	80	8	103	52	2	1	44	1.20
769628--769659	7	4.4	7	96	4	55	12	3	0	84	0.74
769623--769659	14	2.5	15	86	13	58	16	5	0	78	0.93
772772--773593	79	10.4	79	76	6	630	28	23	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772771--773576	316	2.6	314	80	5	860	28	23	12	34	1.92
772772--773597	237	3.5	233	78	7	799	28	23	12	34	1.92
775330--775457	47	2.7	48	79	7	145	32	33	17	16	1.92
775466--775511	23	2.0	23	82	0	56	47	36	15	0	1.45
778588--778635	22	2.2	22	88	7	71	35	22	22	18	1.96
778513--778680	92	1.8	92	94	2	302	29	22	23	23	1.99
783578--783621	18	2.4	18	81	7	54	9	47	0	43	1.35
783584--783693	42	2.6	42	94	0	184	12	44	0	42	1.42
783617--783692	12	6.9	11	78	15	61	13	44	0	42	1.43
783599--783669	18	3.6	18	72	20	61	12	42	0	45	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15