genome.fa.s38.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold38
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2073527

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783612--783672	9	6.1	9	78	17	59	13	42	0	44	1.43
785475--785502	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
787557--787601	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
787869--787909	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
788042--788066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
788201--788226	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
794191--794216	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
794169--794236	33	2.1	33	88	5	102	30	13	20	35	1.91
794269--794320	20	2.5	21	84	3	70	26	17	15	40	1.89
799791--799858	20	3.4	19	76	8	64	41	10	11	36	1.76
801309--801363	20	2.8	20	86	5	67	40	10	14	34	1.81
801482--801520	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
806209--806284	12	6.9	11	80	15	70	13	46	0	40	1.43
806204--806264	9	6.1	9	78	17	59	13	42	0	44	1.43
806172--806285	42	2.7	42	90	1	174	11	45	0	42	1.46
807270--807295	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
807251--807315	33	2.0	33	90	6	105	40	20	13	26	1.89
812716--812770	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
812842--812867	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
812823--812887	33	2.0	33	93	0	112	41	18	13	26	1.88
821728--821755	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
823748--824183	49	8.9	49	80	6	438	33	15	25	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823739--824180	151	3.0	151	90	3	659	33	15	25	25	1.95
824048--824183	43	3.0	43	76	11	155	33	16	24	26	1.96
824242--824410	27	6.1	27	82	5	133	20	18	27	33	1.96
824205--824468	29	9.3	29	79	7	172	21	17	27	33	1.96
824260--824439	57	3.2	54	76	7	171	20	18	28	32	1.96
824827--824916	36	2.5	36	94	3	155	45	14	15	24	1.83
825946--826031	4	22.8	4	75	19	62	1	0	16	82	0.73
825957--826040	1	84.0	1	71	0	60	1	0	13	85	0.65
825944--826041	12	8.0	13	76	13	91	1	0	15	83	0.70
825946--826041	32	3.0	31	80	11	97	1	0	15	83	0.71
836655--836783	52	2.5	52	90	0	213	34	15	18	31	1.92
841022--841047	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
841030--841067	20	1.9	20	88	0	58	42	18	7	31	1.79
841097--841153	19	2.9	19	89	5	78	31	17	15	35	1.92
841139--841163	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
841152--841216	20	3.6	20	69	26	72	33	18	21	26	1.96
841120--841217	33	3.0	33	93	1	162	33	17	19	29	1.95
841172--841196	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
844559--844610	21	2.5	21	69	12	52	32	17	21	28	1.96
844746--844803	13	4.9	13	72	23	65	29	17	15	37	1.90
844758--844823	20	3.7	20	73	26	83	27	18	15	39	1.90
844746--844824	33	2.4	33	100	0	158	27	17	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844812--844940	52	2.5	52	94	0	222	35	16	17	30	1.92
851803--851882	24	3.3	23	84	10	99	86	11	2	0	0.67
851802--851868	35	1.9	35	91	8	111	88	10	1	0	0.59
851802--851882	9	8.5	10	80	12	75	86	11	2	0	0.67
851805--851882	12	6.7	11	77	14	59	85	11	2	0	0.68
851802--851870	1	69.0	1	77	0	66	88	10	1	0	0.58
853131--853263	34	4.2	31	77	11	135	23	37	13	25	1.91
853121--853244	31	3.8	33	78	10	130	21	36	14	27	1.93
853216--853413	32	6.2	33	91	4	307	29	35	17	18	1.93
853408--853736	43	7.1	44	79	13	349	26	24	16	31	1.97
853413--853736	92	3.5	92	93	1	540	27	24	16	31	1.97
853637--853758	52	2.3	54	84	4	167	26	23	13	36	1.93
854649--854673	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
854629--854695	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
854738--854762	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
854771--854899	52	2.5	52	94	0	222	35	16	17	30	1.92
856492--856524	11	3.1	11	82	8	50	36	9	0	54	1.32
861253--861277	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
861235--861300	33	2.0	33	85	5	89	39	13	16	30	1.87
861677--861706	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
864030--864175	79	1.9	78	82	7	188	29	27	12	30	1.93
864032--864434	130	3.1	128	84	6	481	30	27	10	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864032--864434	131	3.1	127	83	7	470	30	27	10	31	1.91
864290--864492	79	2.6	79	74	3	194	29	27	11	31	1.92
864290--864516	80	2.9	80	74	4	219	29	28	12	29	1.93
866579--866621	4	10.8	4	94	0	77	20	2	0	76	0.89
876897--876937	18	2.3	18	91	8	66	90	7	2	0	0.54
876900--876929	11	2.6	11	94	5	51	90	10	0	0	0.47
878020--878267	55	4.4	54	86	5	277	28	28	19	23	1.98
878131--878423	156	1.9	155	90	0	469	25	27	19	27	1.99
878309--878662	61	5.9	61	80	8	361	25	26	20	27	1.99
878288--878662	122	3.2	115	81	6	439	25	26	20	27	1.99
878687--878797	42	2.6	42	84	8	136	19	24	16	39	1.91
878645--878809	42	3.8	42	76	9	129	19	26	13	40	1.89
878797--878898	41	2.5	39	83	10	116	17	27	10	44	1.82
878800--878898	40	2.4	41	85	6	121	18	27	11	43	1.83
881885--882089	79	2.6	79	89	0	322	30	24	10	33	1.90
882025--882140	51	2.3	51	87	3	162	30	27	9	32	1.88
882153--882272	51	2.4	51	85	0	168	31	25	11	31	1.91
881944--882279	130	2.6	130	88	1	521	30	25	11	33	1.90
890783--890816	7	4.9	7	86	13	52	88	11	0	0	0.52
890781--890818	14	2.6	14	91	8	58	89	10	0	0	0.49
890780--890830	16	3.2	15	83	10	66	86	9	3	0	0.70
891788--891974	94	1.9	96	86	8	263	22	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891928--893163	61	20.5	59	82	7	1159	25	27	19	27	1.99
891907--893160	122	10.5	121	83	7	1351	25	27	19	26	1.99
891928--893160	609	2.0	596	88	4	1850	25	27	19	26	1.99
893186--893408	85	2.6	87	81	5	263	21	24	11	42	1.85
893188--893425	41	5.6	40	70	12	154	21	24	10	43	1.84
894086--894179	20	4.7	20	90	0	134	28	15	11	43	1.82
896471--896829	132	2.7	129	82	5	434	28	25	13	33	1.93
896737--896954	80	2.7	79	80	3	242	29	27	11	32	1.91
896471--896881	130	3.1	129	80	5	443	28	25	12	32	1.93
896737--896954	79	2.7	79	80	3	251	29	27	11	32	1.91
898817--899409	42	14.0	42	85	1	675	16	30	17	35	1.92
899916--899957	20	2.1	20	91	8	68	80	2	4	11	0.95
900605--900728	47	2.6	46	79	5	140	30	34	18	16	1.93
905778--905834	25	2.3	24	82	14	71	42	0	0	57	0.98
906198--906244	7	7.2	6	88	11	58	55	0	0	44	0.99
906690--906728	20	2.0	20	84	0	51	48	0	0	51	1.00
907050--907108	26	2.3	26	85	2	75	50	3	0	45	1.18
908197--908252	18	2.8	20	74	20	55	53	1	0	44	1.11
908261--908306	19	2.5	18	89	10	67	58	0	0	41	0.98
908264--908319	28	2.0	27	80	16	62	60	1	0	37	1.07
909398--909422	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
909674--909716	19	2.3	19	79	0	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911216--911248	6	5.8	6	96	3	52	87	0	12	0	0.53
911674--911748	33	2.3	34	79	6	91	30	29	30	9	1.88
912033--912088	18	3.4	17	72	18	55	39	0	3	57	1.16
912029--912106	17	4.6	17	70	19	56	37	0	2	60	1.11
912812--913082	146	1.9	145	84	3	366	38	7	7	46	1.60
913641--913692	25	2.0	26	92	3	88	38	9	15	36	1.80
916199--916244	18	2.5	20	79	13	53	67	2	2	28	1.14
917930--917981	25	2.1	25	82	7	61	71	7	11	9	1.32
923332--923375	19	2.3	19	88	7	63	47	2	0	50	1.13
923690--923769	18	4.6	16	79	14	61	57	0	2	40	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15