genome.fa.s38.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold38
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2073527

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161245--161613	33	11.5	32	85	4	426	18	18	34	28	1.95
161254--161613	97	3.7	96	82	4	438	18	18	34	28	1.95
161612--162106	33	14.9	34	79	9	490	33	13	32	20	1.91
161612--162106	100	5.0	99	82	8	479	33	13	32	20	1.91
161616--162106	133	3.7	130	81	8	526	33	13	32	20	1.91
161612--162105	168	3.0	163	83	5	593	34	13	32	19	1.91
162014--162143	30	4.2	30	80	9	111	34	14	30	20	1.93
162241--162278	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
169141--169243	50	2.1	50	100	0	206	41	21	12	24	1.87
170280--170406	52	2.4	52	93	0	218	28	18	18	35	1.94
170541--170582	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
175505--175824	29	10.7	29	77	9	238	28	28	16	26	1.97
175499--175669	86	2.0	86	87	2	245	28	30	16	23	1.97
175505--175834	56	5.6	57	72	12	175	29	28	15	26	1.96
175654--175745	35	2.7	34	81	1	112	19	29	13	38	1.89
175719--175870	28	5.3	28	85	7	175	36	28	15	19	1.92
175719--175870	56	2.7	58	85	7	195	36	28	15	19	1.92
175890--176229	48	7.0	49	82	5	393	24	25	17	32	1.97
175890--176171	149	1.9	148	91	0	456	24	24	17	32	1.97
181361--181447	42	2.1	41	86	2	120	6	44	2	45	1.43
184171--184217	21	2.3	20	82	13	60	21	17	19	42	1.89
198594--198913	29	10.7	29	74	11	211	29	27	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198588--198747	85	1.9	86	89	1	250	30	30	16	23	1.96
198594--198747	56	2.7	57	80	4	166	30	29	16	23	1.96
198808--198959	28	5.3	28	85	7	175	36	28	15	19	1.92
198808--198959	56	2.7	58	85	7	195	36	28	15	19	1.92
198979--199318	48	7.0	49	81	5	384	25	26	17	30	1.97
198979--199261	149	1.9	148	89	2	442	25	25	17	31	1.97
200712--200758	21	2.3	20	82	13	60	21	17	19	42	1.89
202909--203011	20	5.5	20	71	19	71	27	18	13	40	1.88
202922--202999	33	2.4	33	89	2	113	26	19	14	39	1.89
205310--205524	50	4.3	50	88	2	279	30	26	11	31	1.91
205310--205524	101	2.1	102	85	3	283	30	26	11	31	1.91
205460--205869	79	5.2	78	89	2	541	25	26	15	32	1.95
208171--208231	19	3.1	20	79	9	72	36	11	14	37	1.83
208250--208312	21	3.0	21	92	0	108	42	9	19	28	1.82
210676--211016	52	6.5	50	71	12	238	27	28	13	30	1.94
210953--211121	79	2.1	80	84	3	216	26	27	14	31	1.95
210953--211143	79	2.4	79	81	2	204	27	28	13	31	1.94
217286--218062	61	13.5	60	78	12	746	25	27	21	25	1.99
217286--218426	284	4.1	281	83	9	1321	25	27	21	25	1.99
218073--218434	55	6.6	54	83	8	442	27	26	20	25	1.99
218411--218590	42	4.2	43	81	10	199	20	26	12	40	1.88
219341--219395	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219363--219432	30	2.3	31	90	5	106	38	12	15	32	1.86
221856--222201	52	6.6	51	70	10	227	28	28	11	30	1.92
222031--222200	51	3.3	51	85	3	200	30	27	11	30	1.92
222132--222307	79	2.2	79	84	6	239	26	28	14	30	1.95
223722--223788	28	2.4	27	85	9	82	26	14	32	25	1.95
223812--224058	52	4.7	51	78	9	246	34	10	23	30	1.89
223778--224063	158	1.8	156	87	3	421	33	10	25	31	1.89
223812--224066	106	2.4	104	79	8	286	34	10	24	29	1.89
226424--226449	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
226489--226556	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
226511--226535	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
226492--226554	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
228496--229295	55	13.9	55	83	8	863	26	28	20	24	1.99
228777--228921	29	5.2	29	61	18	83	26	28	20	24	1.99
228464--229576	232	4.9	230	82	7	1234	25	27	20	26	1.99
228496--229305	287	2.8	285	86	6	1087	26	28	20	25	1.99
229335--229576	61	4.0	61	79	8	244	24	26	21	27	1.99
229340--229565	122	1.9	122	87	2	339	25	26	21	26	1.99
228872--229510	231	2.9	215	81	7	581	25	27	20	26	1.99
229668--229773	40	2.6	39	74	12	106	19	26	14	39	1.90
230404--230473	33	2.1	33	89	0	104	27	22	12	37	1.91
232790--232869	42	1.9	42	82	5	99	27	27	3	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232832--232942	51	2.2	51	88	6	163	30	28	9	30	1.89
232879--233209	79	4.2	79	86	1	423	26	25	15	32	1.96
236337--236392	20	2.8	20	86	5	78	28	17	12	41	1.86
238869--238942	28	2.6	28	85	4	87	22	32	20	24	1.98
238790--238994	109	1.9	109	81	6	254	27	28	14	29	1.95
245294--246066	49	15.9	49	77	10	723	32	17	25	23	1.97
245654--246066	43	9.1	43	77	11	394	31	17	25	24	1.97
245609--246066	92	5.0	92	92	1	702	31	17	25	24	1.97
246134--246190	27	2.1	28	86	3	80	33	14	29	22	1.93
246097--246219	63	2.0	63	82	3	151	30	13	31	23	1.94
246166--246378	31	6.9	31	84	6	195	30	15	29	24	1.96
246200--246373	31	5.7	30	84	8	199	27	16	29	25	1.97
247388--247422	15	2.2	16	90	5	54	2	8	5	82	0.91
254447--254575	52	2.5	52	97	0	240	27	17	18	35	1.94
254653--254736	13	5.5	13	68	28	51	36	17	11	33	1.87
254661--254723	19	3.7	18	72	24	64	38	17	11	33	1.85
254653--254738	32	2.7	32	92	0	154	38	17	11	32	1.86
261528--261565	10	3.7	10	89	3	58	89	2	2	5	0.64
262554--262751	61	3.3	61	79	9	237	28	25	19	26	1.99
262799--263075	55	4.9	55	84	6	306	28	27	19	24	1.99
262581--263350	321	2.3	323	84	4	961	26	27	19	27	1.99
263114--263353	61	3.9	62	82	9	305	24	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263329--263493	42	3.8	42	78	8	188	20	24	14	40	1.90
264208--264305	20	4.9	20	85	5	126	27	13	14	44	1.82
264208--264305	40	2.5	40	86	0	142	27	13	14	44	1.82
264287--264311	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
266707--266953	109	2.3	108	82	2	307	25	26	15	31	1.96
266824--266900	28	2.7	29	86	6	95	23	32	19	24	1.97
266959--266993	15	2.3	15	100	0	70	31	17	11	40	1.85
270433--270512	4	20.8	4	78	16	62	26	1	0	72	0.92
270430--270508	15	5.2	15	75	13	63	25	1	0	73	0.91
270505--270551	23	2.0	23	95	0	85	42	0	4	53	1.20
271030--271302	43	6.4	43	71	1	113	36	17	28	17	1.93
271074--271362	85	3.4	84	83	2	346	35	16	30	17	1.93
271074--271348	42	6.5	42	71	11	159	35	17	29	17	1.94
284913--284957	22	2.0	22	95	0	81	51	4	0	44	1.21
284948--285013	4	16.2	4	79	14	64	71	1	1	25	1.04
285056--285122	18	3.4	18	75	18	71	23	22	10	43	1.84
285051--285117	14	4.9	14	72	17	59	25	22	8	43	1.82
285051--285147	41	2.3	42	87	3	133	24	22	10	42	1.85
285106--285222	29	4.3	29	64	25	83	24	23	11	40	1.88
285765--285949	62	2.9	62	82	8	198	66	15	15	2	1.35
286983--287008	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
292226--292613	79	4.9	78	76	10	315	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292402--293431	512	2.0	513	91	1	1674	32	15	24	27	1.95
295449--295536	20	4.8	20	74	18	91	46	11	12	29	1.76
295469--295533	33	2.0	33	90	0	103	44	9	13	32	1.76
299612--299636	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
299621--299676	19	2.9	19	89	2	85	30	16	17	35	1.92
299721--299753	13	2.5	13	90	0	57	30	12	15	42	1.83
301334--301368	18	1.9	18	88	0	52	40	5	31	22	1.78
307777--307885	43	2.6	43	98	1	211	33	5	25	35	1.79
307788--307858	22	3.3	22	65	11	65	30	7	19	42	1.78
308166--308214	20	2.4	21	86	10	66	46	6	16	30	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15