genome.fa.s383.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold383
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1247277

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260--2322	33	1.9	33	87	6	92	39	15	9	34	1.80
2619--2657	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
5224--5250	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
5335--5365	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
7442--7515	19	3.8	19	87	5	96	37	12	16	33	1.85
7481--7545	32	2.0	32	90	3	103	43	15	12	29	1.83
8445--8501	20	2.8	20	75	0	60	31	10	14	43	1.79
8414--8548	70	1.9	70	89	3	209	28	15	13	42	1.85
18996--19021	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
21099--21141	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
21581--21619	13	3.0	13	96	0	69	30	20	15	33	1.94
23690--23728	15	2.6	15	88	8	53	12	17	15	53	1.72
27757--27782	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27737--27800	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
30413--31242	414	2.0	414	100	0	1660	30	18	23	27	1.98
33294--33375	14	6.3	12	74	18	67	36	12	17	34	1.87
33310--33382	26	2.8	27	78	12	80	34	13	16	35	1.88
33392--34075	28	23.5	28	80	9	585	30	31	16	20	1.95
33392--34075	58	11.8	56	81	7	674	30	31	16	20	1.95
33984--34129	32	4.7	32	81	9	119	27	30	17	24	1.97
34756--34832	21	3.7	21	87	3	102	33	12	16	36	1.88
34868--34935	19	3.9	19	74	21	76	33	11	16	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34870--34932	32	2.0	32	93	0	108	33	12	17	36	1.88
34975--35000	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34955--35021	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
37456--37480	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
37542--37567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
37522--37588	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
39882--40004	51	2.3	53	84	6	162	31	23	11	33	1.90
39886--40139	133	1.9	131	84	4	341	29	25	12	32	1.93
40019--40241	52	4.3	52	79	8	220	30	24	11	33	1.91
52637--52690	1	54.0	1	77	0	54	88	7	3	0	0.61
52637--52683	9	5.4	9	85	7	62	89	8	2	0	0.57
52636--52690	22	2.5	22	85	2	76	87	9	3	0	0.66
52637--52683	17	2.8	16	87	12	67	89	8	2	0	0.57
53659--53752	47	2.0	47	93	4	163	31	28	21	18	1.96
53706--54953	60	21.3	59	86	6	1548	25	28	20	24	1.99
53677--54953	115	10.9	115	86	7	1500	25	28	20	24	1.99
53722--54953	238	5.2	237	87	6	1509	25	28	20	24	1.99
55551--55618	19	3.9	18	74	21	74	35	11	13	39	1.81
55553--55615	32	2.0	32	93	0	108	34	12	14	38	1.84
55658--55683	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
55638--55704	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
58177--58399	52	4.3	52	78	8	211	30	24	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58095--58245	79	1.9	81	87	4	225	28	26	14	30	1.95
58179--58399	105	2.1	103	83	3	264	31	24	9	34	1.88
60159--60265	20	4.8	20	70	20	70	28	14	13	43	1.83
64718--64748	15	2.1	15	100	0	62	29	19	12	38	1.89
80791--80815	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
80858--80895	18	2.1	18	100	0	76	42	5	23	28	1.76
81459--81576	20	5.8	20	80	7	139	32	17	10	39	1.83
81451--81575	41	3.0	41	90	0	205	32	19	10	38	1.85
85538--85589	20	2.7	20	87	3	70	26	15	19	38	1.91
86339--86374	17	2.1	17	94	0	63	30	16	5	47	1.70
88413--88438	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
94281--94333	20	2.7	21	85	11	76	32	13	18	35	1.90
94403--94427	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104387--104438	19	2.7	20	96	3	97	32	11	19	36	1.87
112718--112748	8	3.8	8	91	8	53	48	25	0	25	1.52
112853--113189	31	10.9	31	80	10	363	24	29	15	29	1.96
112848--113188	154	2.2	156	84	8	450	24	29	15	30	1.96
113161--113285	35	3.6	35	88	2	173	22	28	13	35	1.92
113289--113455	33	5.1	33	91	0	271	31	31	16	20	1.95
113468--114112	49	13.6	49	82	7	757	25	25	17	31	1.97
113565--113632	21	3.2	20	68	25	50	29	27	14	27	1.95
113501--114113	92	6.5	92	88	5	747	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113779--114189	49	8.1	54	82	7	268	25	26	15	32	1.95
113974--114189	55	4.1	55	81	8	236	26	27	13	32	1.94
114185--114284	47	2.1	47	87	3	139	22	26	17	35	1.95
115013--115078	32	2.0	33	91	2	107	36	12	15	36	1.84
115119--115143	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119470--119567	27	3.7	26	84	13	103	81	11	5	2	0.93
119469--119568	38	2.7	34	76	22	103	81	11	5	3	0.96
119470--119567	8	11.9	8	72	16	51	81	11	5	2	0.93
119508--119566	15	4.0	15	80	12	59	83	13	3	0	0.78
119524--119552	11	2.6	11	100	0	58	82	17	0	0	0.66
120815--121207	28	13.9	28	82	6	427	28	30	18	22	1.97
120815--121207	85	4.6	83	83	6	418	28	30	18	22	1.97
120816--121224	57	7.2	57	83	3	468	28	31	17	22	1.97
122157--122252	20	4.8	20	78	7	104	32	16	13	37	1.88
122149--122254	41	2.6	42	85	8	139	31	17	13	37	1.88
128111--128183	20	3.7	19	85	7	76	28	15	16	39	1.89
564150--564176	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
573873--573978	1	106.0	1	77	0	77	85	8	3	1	0.78
573872--573975	30	3.4	29	79	10	111	84	9	3	1	0.82
573873--573978	39	2.7	38	80	12	108	85	8	3	1	0.78
573872--573978	27	4.0	25	81	15	99	85	9	3	1	0.80
575449--575982	33	15.9	35	83	9	494	20	32	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
575431--575969	34	16.1	33	81	11	403	20	32	12	34	1.90
575693--575779	27	3.0	27	80	10	75	19	34	16	29	1.93
575984--576069	33	2.6	34	88	5	131	32	34	15	17	1.91
575457--576002	301	1.8	296	85	8	741	20	33	12	34	1.89
575993--576099	33	3.3	32	79	11	112	34	30	16	17	1.93
576106--576191	27	2.9	31	81	13	92	31	33	17	17	1.93
576188--576392	49	4.0	50	78	9	189	24	24	16	34	1.96
576199--576392	52	3.7	52	81	8	200	24	23	17	34	1.96
579563--579625	33	1.9	32	87	9	92	39	14	12	33	1.84
581889--581936	23	2.0	24	84	11	64	62	18	4	14	1.47
582764--582819	21	2.7	21	81	15	71	17	26	1	53	1.54
585518--585542	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
585498--585564	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
585605--585629	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
585638--585761	52	2.4	52	93	1	205	34	18	18	28	1.95
588820--589340	61	8.9	59	83	7	506	25	27	20	26	1.99
589988--590073	19	4.8	18	73	21	74	34	12	16	36	1.87
590011--590086	32	2.4	32	93	0	125	32	13	17	36	1.88
592556--592813	79	3.3	79	84	5	335	27	26	13	31	1.94
592511--592813	158	1.9	155	82	5	378	27	26	13	32	1.94
592744--592864	51	2.4	51	90	4	181	28	30	13	27	1.94
592718--593050	158	2.1	158	83	3	411	26	28	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
592847--592920	28	2.6	28	87	10	107	22	33	20	22	1.97
592903--593021	51	2.3	51	85	0	166	27	26	14	31	1.95
593362--593434	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
593380--593455	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
593362--593455	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
593494--593519	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
595733--595777	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
597581--597611	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
599624--599702	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
599689--599727	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5