genome.fa.s383.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold383
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1247277

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741527--742484	43	22.4	43	74	9	622	37	17	28	16	1.92
741481--742455	85	11.4	86	75	6	404	37	18	28	16	1.92
741527--742484	128	7.5	127	74	10	630	37	17	28	16	1.92
741527--742358	301	2.8	301	76	10	792	37	18	28	15	1.92
742059--742470	214	1.9	214	80	4	483	38	16	28	15	1.90
741526--742484	171	5.6	170	75	7	667	37	17	28	16	1.92
742552--742736	42	4.4	42	78	7	164	35	21	27	15	1.94
742885--743035	44	3.4	44	78	10	182	43	16	19	20	1.88
743031--743134	48	2.2	48	78	1	111	40	18	22	19	1.92
743047--743152	48	2.2	48	82	0	131	36	16	26	19	1.94
743178--743246	35	2.0	35	88	0	102	39	13	26	21	1.90
744767--744820	20	2.7	20	88	0	72	37	14	11	37	1.82
744872--744896	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
744885--744968	20	4.6	19	68	22	63	38	15	17	28	1.91
744869--744988	53	2.3	53	98	0	231	35	15	19	30	1.93
744924--744949	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
745074--745128	22	2.5	22	96	0	101	38	21	12	27	1.90
745595--745651	24	2.4	25	94	5	100	29	33	0	36	1.58
753837--753887	19	2.6	20	81	9	61	43	15	13	27	1.85
753875--753913	20	1.9	21	89	5	62	35	15	12	35	1.86
758847--759637	157	5.1	158	81	5	770	37	22	17	21	1.94
760793--760819	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760804--760859	19	2.9	19	83	2	76	32	17	12	37	1.88
762560--762710	58	2.6	57	80	3	160	5	17	19	56	1.61
762572--762725	57	2.7	56	80	5	173	5	18	18	57	1.58
765690--765731	19	2.2	19	83	8	50	47	11	7	33	1.68
766657--766730	21	3.6	20	85	3	76	39	12	17	31	1.86
772080--772165	19	4.7	19	72	19	67	37	12	15	34	1.85
772122--772146	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
772101--772178	32	2.4	32	93	0	129	35	14	15	34	1.87
772195--772249	20	2.8	20	91	0	92	38	16	9	36	1.80
776040--776113	20	3.7	19	85	7	103	39	13	16	31	1.87
776977--777214	28	8.2	28	85	6	253	24	17	29	28	1.97
778464--778509	24	1.9	24	86	0	65	2	4	10	82	0.89
778463--778534	29	2.3	31	81	11	85	1	4	11	83	0.85
778453--778533	43	2.0	43	88	11	125	2	3	11	82	0.89
795470--795898	75	5.6	76	77	6	366	38	12	20	29	1.88
795448--795897	154	2.9	151	81	6	519	37	11	21	29	1.89
795450--795897	153	2.9	154	81	4	503	37	11	20	29	1.89
795759--796028	127	2.1	130	84	3	341	37	11	20	30	1.87
795831--795947	51	2.4	48	79	4	126	42	10	19	27	1.83
798436--798491	20	2.7	20	88	5	76	42	12	16	28	1.84
799288--799329	11	3.8	11	78	12	50	61	0	2	35	1.09
799328--799420	31	2.8	32	79	14	93	41	2	0	55	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801517--801561	24	1.9	23	86	4	63	66	0	0	33	0.92
801544--801597	14	3.7	16	79	16	55	53	0	0	46	1.00
802572--802650	16	4.9	16	79	6	61	53	6	6	34	1.52
804933--804990	18	3.0	18	73	22	55	72	3	0	24	1.00
805687--805725	18	2.2	18	100	0	78	38	5	5	51	1.46
805746--806320	145	3.8	148	79	14	612	32	3	12	52	1.56
808355--808399	22	2.0	22	87	8	65	80	4	8	6	1.03
809678--809721	24	2.0	21	86	13	61	47	4	45	2	1.35
810066--810133	34	2.0	33	91	2	109	19	35	5	39	1.76
810168--810293	46	2.7	46	96	0	225	29	26	3	39	1.74
811865--811905	18	2.3	18	95	4	75	34	34	12	19	1.89
813222--813285	26	2.3	27	82	15	78	51	1	1	45	1.20
813222--813308	27	3.1	27	76	17	79	52	2	1	43	1.21
813239--813297	28	2.0	30	84	12	79	55	0	1	42	1.09
813705--813733	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
818853--818877	11	2.3	11	100	0	50	24	8	32	36	1.84
823778--823984	98	2.1	99	89	5	317	28	8	15	47	1.75
824262--824316	23	2.3	25	78	12	62	18	10	1	69	1.27
826309--826415	54	2.0	54	92	3	180	17	15	5	60	1.53
830099--830124	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
830797--830840	21	2.0	21	82	4	52	29	31	2	36	1.70
832686--832736	13	3.9	13	92	0	84	41	15	11	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838919--838944	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
839050--839100	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
841048--842138	156	6.9	156	81	6	1044	39	20	17	23	1.92
841131--842081	311	3.0	313	82	6	1154	38	20	17	23	1.93
843583--843607	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
844373--844410	19	2.0	19	89	0	58	0	15	0	84	0.63
848376--848502	41	3.1	41	68	18	100	19	22	14	44	1.86
848385--848576	83	2.3	82	78	8	203	19	21	14	44	1.86
849847--850177	166	2.0	165	83	5	418	29	9	11	50	1.69
849854--850237	166	2.3	164	79	6	373	30	9	10	49	1.69
850403--850432	14	2.1	15	93	6	53	33	3	0	63	1.11
850720--850760	12	3.7	12	81	15	52	78	0	21	0	0.76
852402--852744	151	2.3	150	84	5	433	23	17	19	39	1.92
853923--853982	32	1.9	30	86	6	84	3	18	0	78	0.89
854575--854989	130	3.2	128	76	6	397	41	14	21	21	1.89
854575--855066	64	7.6	65	72	4	222	41	15	22	21	1.90
856622--856785	78	2.1	78	80	3	186	35	12	23	27	1.91
856719--856835	51	2.3	50	82	5	137	32	10	27	29	1.90
856642--856915	129	2.1	130	85	3	365	35	11	25	28	1.90
856769--856942	79	2.2	79	85	6	228	32	13	26	27	1.94
856770--856969	79	2.5	80	82	9	216	33	12	25	29	1.92
859324--859378	20	2.7	21	88	2	76	47	12	14	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859798--859868	20	3.5	20	90	3	108	46	15	9	28	1.77
868613--868659	20	2.3	20	85	7	60	42	17	12	27	1.85
870424--870584	76	2.1	76	85	4	209	50	13	11	24	1.74
875835--876054	28	7.8	28	83	5	264	22	15	28	33	1.95
876082--876337	55	4.7	54	83	4	246	31	14	30	23	1.95
876111--876338	82	2.8	82	86	2	305	32	13	30	24	1.93
876049--876330	27	10.4	27	86	2	332	30	14	30	24	1.95
876049--876331	109	2.6	109	82	5	356	30	14	30	24	1.95
882967--883006	20	2.0	20	95	4	73	27	20	15	37	1.92
886519--886558	20	2.0	21	90	5	64	42	12	12	32	1.80
889165--889217	19	2.7	19	83	13	72	45	9	7	37	1.65
894499--894539	21	2.0	21	85	9	57	4	17	7	70	1.28
894817--895035	112	2.0	111	89	2	341	38	14	8	38	1.77
898687--898711	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
898699--898751	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
898785--898835	20	2.6	19	84	3	57	41	19	9	29	1.84
907454--907478	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
907466--907516	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
907552--907603	20	2.7	20	87	3	70	38	19	11	30	1.87
915335--915636	79	3.8	76	73	11	218	35	11	24	28	1.90
915311--915607	80	3.7	79	75	5	233	34	11	25	28	1.91
915305--915791	159	3.1	159	72	14	343	34	12	24	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915652--915859	78	2.6	79	80	7	235	37	10	23	28	1.88
918215--918344	52	2.5	52	87	0	179	45	16	11	26	1.81
918402--918444	20	2.2	20	95	0	77	32	20	9	37	1.85
922075--922171	32	3.2	32	64	14	78	37	6	4	52	1.46
923639--923671	11	3.0	11	83	16	50	30	0	0	69	0.88
923797--923904	27	4.1	27	74	17	102	33	0	0	66	0.92
923812--923861	19	2.8	18	77	14	59	34	0	0	66	0.92
927534--927559	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
927621--927663	22	2.0	21	86	4	59	41	0	2	55	1.12
928134--928182	22	2.1	24	85	7	66	40	2	2	55	1.23

Tables:   1   2   3   4   5