genome.fa.s415.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold415
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1242643

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10685--10871	79	2.4	79	83	1	223	29	16	30	22	1.96
10823--10899	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
10924--11059	52	2.6	53	87	3	186	33	12	25	27	1.92
10985--11105	51	2.3	52	83	6	140	28	14	28	28	1.95
11089--11163	27	2.7	27	87	6	98	21	18	34	25	1.96
11147--11269	51	2.4	51	87	5	176	33	11	22	32	1.90
10885--11268	52	7.3	52	71	14	182	32	11	25	29	1.92
13632--13657	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13611--13677	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
13697--13764	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
13719--13743	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13700--13762	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
13800--13878	21	3.8	20	81	8	95	34	15	13	36	1.87
19680--19724	16	2.6	17	82	6	56	2	17	0	80	0.82
20363--20524	76	2.1	75	83	14	199	38	4	1	54	1.30
21015--21056	20	2.1	20	86	0	57	42	9	14	33	1.78
26289--26663	191	2.0	191	86	2	529	36	22	19	21	1.95
27320--27344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27445--27470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27425--27492	33	2.1	32	88	2	100	33	19	13	33	1.90
29074--29098	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
30814--30877	31	2.1	31	100	0	128	23	6	25	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33425--33450	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
33654--33689	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
34124--34175	21	2.5	20	84	9	59	19	48	26	5	1.71
35524--35568	22	2.0	22	83	8	56	35	4	28	31	1.77
36124--36148	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
39832--39856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
39938--39989	20	2.7	20	87	3	70	36	21	11	30	1.89
43904--43963	13	4.3	13	74	17	50	23	0	3	73	0.98
43907--43950	18	2.4	18	92	0	70	25	0	4	70	1.06
43904--43964	31	2.0	31	90	0	95	24	0	3	72	1.00
43912--43978	31	2.2	31	83	0	80	28	0	4	67	1.10
45992--46031	2	19.5	2	94	5	71	50	0	2	47	1.14
48824--48996	84	2.1	84	87	2	249	47	13	9	28	1.74
49188--49227	8	5.1	8	81	6	55	75	0	0	25	0.81
49187--49227	15	2.6	16	88	3	66	75	0	0	24	0.80
51963--52026	24	2.6	25	76	13	69	46	4	4	43	1.45
52892--52930	18	2.1	18	90	4	60	58	0	0	41	0.98
54223--54310	36	2.7	32	75	14	97	30	15	13	39	1.87
54845--54889	19	2.3	20	80	3	56	44	13	11	31	1.78
56293--56346	13	4.2	12	80	19	65	53	1	0	44	1.11
56787--56819	6	5.5	6	100	0	66	33	36	15	15	1.88
57824--57861	18	2.1	19	95	5	69	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57834--57871	19	2.1	19	85	5	51	47	0	5	47	1.24
57882--57927	18	2.6	17	79	3	56	58	2	2	36	1.22
59168--59198	14	2.2	14	94	0	53	74	6	9	9	1.23
63320--63371	19	2.6	21	77	17	58	36	1	0	61	1.07
66152--66334	78	2.4	77	83	5	208	32	19	15	32	1.93
66762--66805	21	2.1	21	100	0	88	36	18	13	31	1.90
68139--68231	20	4.6	20	86	2	141	34	13	19	32	1.91
68177--68252	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
68157--68252	41	2.3	41	96	0	174	38	12	17	31	1.87
68291--68316	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72378--72408	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
74424--74503	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
74489--74527	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
76952--77049	20	4.8	21	69	19	82	40	13	16	29	1.86
76993--77068	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
76975--77068	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
77107--77132	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
89791--89849	15	4.2	14	79	16	59	55	1	0	42	1.09
89820--89853	15	2.3	15	89	0	50	61	0	0	38	0.96
89867--89923	28	2.0	30	83	13	75	42	1	0	56	1.10
91244--91275	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
91605--91674	17	4.1	17	75	22	67	58	1	1	38	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91627--91674	17	2.8	18	87	6	73	60	0	0	39	0.97
91725--91774	21	2.5	19	81	18	57	40	2	0	58	1.10
91880--91928	16	3.1	16	84	0	62	32	2	8	57	1.40
91899--91945	10	5.1	10	78	19	57	40	0	0	59	0.97
91910--91951	6	7.7	6	80	20	56	42	0	0	57	0.99
91899--91977	26	2.9	26	86	7	104	40	0	0	59	0.97
91915--91945	10	3.1	10	100	0	62	41	0	0	58	0.98
91887--91935	16	3.1	16	87	0	71	38	0	4	57	1.18
91973--92001	14	2.0	15	93	6	51	65	0	0	34	0.93
91964--92041	40	1.9	41	92	2	131	58	1	0	39	1.06
92010--92049	15	2.7	15	88	0	53	57	5	0	37	1.21
92729--92915	98	1.9	100	85	4	263	48	6	6	37	1.57
96161--96237	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
96273--96327	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
96367--96392	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96347--96413	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
98727--99027	51	5.7	51	68	19	172	30	25	12	31	1.92
98837--98909	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
98727--99135	211	1.9	211	84	4	538	31	27	11	29	1.92
105194--106294	59	19.1	58	88	6	1256	26	29	20	23	1.98
105200--106315	55	19.3	54	87	7	1070	26	29	20	23	1.98
107066--107142	21	3.7	21	85	3	102	37	12	14	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107178--107232	19	2.9	19	94	0	92	36	10	12	40	1.79
107272--107297	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
109797--109932	51	2.6	52	82	5	168	30	25	12	32	1.92
109632--110040	211	1.9	211	83	6	524	31	26	11	30	1.92
112602--112635	16	2.1	16	88	0	50	2	8	32	55	1.45
114803--114992	93	2.1	92	90	3	301	36	18	4	40	1.70
122644--122714	20	3.5	20	82	0	79	32	9	14	43	1.78
131125--131494	27	13.5	27	80	7	372	22	28	14	34	1.94
131125--131494	55	6.7	54	80	7	372	22	28	14	34	1.94
131125--131498	110	3.4	110	82	6	463	22	28	14	34	1.94
131504--132123	57	10.6	63	82	7	283	30	30	18	21	1.97
131533--132589	28	36.6	28	83	4	1056	29	30	18	22	1.97
131585--132589	85	11.6	85	84	6	1050	29	30	17	22	1.97
131533--132595	141	7.4	141	84	4	1153	29	30	17	22	1.97
137386--137478	20	4.5	20	77	15	75	34	12	18	34	1.89
137386--137461	20	3.6	21	81	13	86	36	13	17	32	1.88
138065--138107	19	2.3	19	95	0	77	32	23	23	20	1.98
139958--140166	77	2.7	78	83	5	246	35	22	13	29	1.92
152911--153007	51	1.9	51	93	4	169	34	14	20	30	1.93
153313--153357	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
161507--161537	15	2.1	15	100	0	62	32	6	35	25	1.82
162178--162204	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166888--166947	31	1.9	31	89	0	93	51	13	6	28	1.66
172119--172155	15	2.5	16	83	16	53	0	32	5	62	1.18
186284--186326	21	2.2	20	87	8	61	48	0	4	46	1.22
190922--190960	6	6.3	6	85	14	53	30	0	2	66	1.05
190922--190962	18	2.2	20	91	8	68	31	0	2	65	1.05
190922--190960	13	3.2	13	89	7	55	30	0	2	66	1.05
194116--194183	34	2.0	34	100	0	136	50	2	11	35	1.54
194117--194175	18	3.4	18	73	17	70	55	3	8	32	1.46
194485--194873	164	2.4	164	86	5	502	33	11	7	47	1.68
195210--195243	12	2.8	12	90	4	50	85	8	2	2	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8