genome.fa.s415.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold415
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1242643

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  2  of  8  ( 880 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196640--196969	150	2.2	150	85	1	437	26	19	17	36	1.94
201101--201133	16	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
204311--204335	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
204429--205078	298	2.2	293	88	2	987	47	7	8	36	1.62
205399--205449	22	2.3	22	82	0	66	25	17	17	39	1.92
207286--207310	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
207266--207329	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
207265--207348	19	4.7	19	80	18	108	33	11	17	36	1.87
207390--207518	52	2.5	52	90	0	213	34	17	17	29	1.94
212310--212391	25	3.5	25	79	15	104	60	0	0	39	0.96
212334--212389	14	4.1	14	80	15	73	60	0	0	39	0.97
212310--212400	44	2.1	44	81	4	103	62	2	0	35	1.07
214873--214901	12	2.4	12	100	0	58	31	13	0	55	1.39
218720--218819	51	1.9	53	83	6	132	30	22	3	45	1.67
222204--222242	6	6.2	6	82	11	51	23	0	0	76	0.78
222237--222267	15	2.1	14	94	5	53	48	0	3	48	1.17
222549--222609	15	4.0	15	72	10	52	32	1	0	65	1.02
222592--222702	36	3.2	35	79	15	115	45	0	0	53	1.06
222638--222691	17	3.2	17	71	10	56	46	0	0	53	1.00
222592--222702	35	3.2	34	81	13	120	45	0	0	53	1.06
222658--222718	27	2.3	26	83	10	72	47	1	0	50	1.10
223129--223212	25	3.3	24	73	14	71	61	1	1	35	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223177--223223	24	1.9	25	83	12	62	65	4	0	29	1.11
223231--223337	36	3.0	36	77	14	114	56	0	2	40	1.20
223259--223358	36	2.7	34	76	13	94	52	1	4	43	1.27
226007--226073	23	2.8	24	84	2	91	4	7	26	61	1.42
226310--226363	20	2.8	19	75	13	56	7	20	5	66	1.37
227220--227252	10	3.4	10	87	4	50	45	12	21	21	1.84
227207--227243	15	2.6	14	91	8	58	45	13	21	18	1.84
227509--227551	7	6.0	7	88	2	59	25	0	2	72	0.97
227898--227984	36	2.6	34	76	8	99	32	19	13	34	1.91
227894--227990	36	2.9	34	76	14	96	29	21	12	36	1.90
232070--232127	21	2.8	21	81	5	73	37	17	13	31	1.89
232163--232230	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
232184--232208	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
232165--232227	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
232252--232316	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
234826--234995	52	3.3	50	79	11	168	29	27	12	31	1.93
234977--235180	78	2.6	79	80	3	223	24	29	17	28	1.97
247565--247599	12	2.8	12	95	4	61	85	5	8	0	0.73
247578--247630	19	2.9	18	81	8	63	86	9	3	0	0.68
247564--247620	14	4.3	12	82	10	60	85	8	5	0	0.72
247564--247629	13	4.9	13	83	10	64	84	9	6	0	0.76
248610--249249	55	11.4	54	85	8	764	27	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250075--250142	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
250096--250120	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
250077--250139	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
250182--250207	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
250162--250228	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
252576--252907	52	6.3	52	71	12	209	30	25	11	31	1.92
253818--253848	13	2.4	13	88	0	53	45	6	0	48	1.28
253819--253852	13	2.5	13	90	4	50	44	2	0	52	1.16
258992--259023	14	2.1	16	88	11	50	50	25	6	18	1.70
267983--268076	20	4.7	20	85	5	120	28	17	12	41	1.86
268244--268283	17	2.4	17	95	0	71	30	30	10	30	1.90
277633--277698	20	3.4	18	81	12	62	33	15	13	37	1.86
277647--277697	20	2.7	19	85	8	68	29	17	13	39	1.88
278510--279334	49	16.9	49	81	7	842	34	17	24	24	1.96
278510--279334	101	8.4	101	85	7	1015	34	17	24	24	1.96
279004--279334	141	2.3	141	90	2	522	33	18	23	24	1.97
279202--279264	21	3.0	21	67	19	58	33	22	20	23	1.97
279340--279427	31	2.9	32	76	19	100	21	18	27	32	1.96
279340--279421	28	2.8	28	83	9	94	20	19	25	34	1.96
279399--279476	27	2.8	27	88	5	102	24	17	29	28	1.98
279351--279469	57	2.1	57	79	6	125	20	15	31	31	1.94
279520--279819	33	9.3	33	84	5	389	36	13	32	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279743--279797	27	2.0	27	82	0	65	29	12	34	23	1.92
279821--279940	48	2.7	44	80	11	161	30	20	25	24	1.99
279950--280052	31	3.4	32	75	22	116	20	19	29	31	1.97
279950--280032	28	2.8	29	85	10	107	19	19	27	33	1.96
279962--280073	28	3.9	29	81	13	103	22	16	30	31	1.95
279962--280073	57	2.0	57	82	10	140	22	16	30	31	1.95
280031--280627	61	9.6	60	75	17	393	34	13	32	19	1.90
280058--280660	34	19.0	33	78	13	504	35	13	33	18	1.89
280031--280627	95	6.3	95	83	8	654	34	13	32	19	1.90
280663--280856	33	6.0	33	84	11	253	35	14	27	22	1.93
280663--280856	94	2.0	97	85	10	265	35	14	27	22	1.93
282134--282232	12	8.0	12	70	19	53	4	5	14	76	1.10
297163--297243	9	9.0	9	76	14	69	82	12	4	0	0.81
297185--297245	1	61.0	1	73	0	50	86	8	4	0	0.69
297163--297243	10	8.0	10	77	12	76	82	12	4	0	0.81
297165--297219	18	2.9	18	89	5	83	83	14	1	0	0.73
297165--297230	19	3.4	18	87	10	78	83	13	3	0	0.76
297164--297245	30	2.7	30	85	7	96	84	10	4	0	0.77
299301--299499	79	2.5	78	79	4	202	32	15	25	27	1.96
299375--299579	107	1.9	108	81	3	252	30	15	27	27	1.96
299456--299530	28	2.7	28	83	8	82	24	17	33	25	1.96
299514--299908	52	7.6	51	71	10	269	31	11	27	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299716--299792	28	2.8	28	86	4	93	22	18	35	24	1.96
299404--299897	262	1.9	262	96	0	907	30	12	28	28	1.93
302278--302319	21	2.0	21	95	0	75	30	19	7	42	1.78
302344--302392	19	2.5	20	90	9	84	34	20	12	32	1.90
302829--303019	62	3.4	54	81	11	190	26	28	19	25	1.99
302723--303652	210	4.4	209	89	3	1324	25	27	20	27	1.99
303038--303232	54	3.4	55	81	9	207	25	27	21	25	1.99
303250--303437	57	3.4	55	81	3	200	28	25	20	25	1.99
303302--303591	151	1.9	150	85	9	399	25	27	21	25	1.99
303454--303726	61	4.6	61	90	4	375	23	25	21	30	1.99
303775--303854	42	1.9	42	89	5	126	18	25	15	41	1.89
304634--304708	20	3.8	19	84	7	96	28	14	13	44	1.83
312066--312120	25	2.2	24	83	3	65	23	0	5	70	1.07
312052--312140	34	2.7	32	78	11	90	23	1	4	70	1.12
312805--312841	18	2.1	18	89	0	56	24	13	13	48	1.78
312790--312855	32	2.1	32	85	5	89	27	10	16	45	1.80
312823--312886	15	4.4	15	76	5	60	28	6	18	46	1.73
315330--315526	67	2.9	67	73	11	168	30	22	11	34	1.90
315340--315690	134	2.6	134	74	5	334	29	22	11	36	1.90
316845--317113	15	18.6	15	67	12	98	28	11	19	40	1.87
316902--317040	29	4.8	29	76	8	104	27	10	19	42	1.84
317021--317053	14	2.4	14	85	5	50	21	6	18	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317027--317095	14	4.9	14	69	3	57	30	8	17	43	1.79
319343--319923	238	2.5	234	82	9	659	43	4	7	44	1.53
325251--325282	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
327063--327130	22	3.1	22	93	0	118	41	8	11	38	1.73
335727--335756	15	2.0	15	93	0	51	16	23	33	26	1.96
336020--336064	9	5.0	9	81	10	56	48	20	8	22	1.76
339332--339386	27	2.0	29	82	13	71	63	1	1	32	1.15
340609--340633	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
345219--345497	70	4.0	70	76	1	236	30	33	12	23	1.92
345557--345683	56	2.2	57	78	6	134	39	18	0	42	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8