genome.fa.s415.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold415
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1242643

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714356--714400	17	2.8	16	80	12	56	62	0	0	37	0.96
719820--719884	26	2.6	25	80	2	67	50	0	3	46	1.17
719845--719885	20	2.0	20	85	0	55	53	0	4	41	1.22
731507--731553	20	2.2	21	81	7	60	57	0	4	38	1.18
731546--731588	11	4.0	11	80	14	54	69	0	0	30	0.88
731519--731582	17	3.9	17	73	22	55	64	0	3	32	1.10
731572--731839	32	7.8	33	71	17	120	57	1	0	41	1.09
731658--731712	19	2.8	19	75	21	51	65	1	0	32	1.03
731663--731700	13	2.8	14	84	8	51	68	2	0	28	1.03
731660--731747	28	3.2	26	81	12	79	64	2	0	32	1.06
731683--731765	36	2.2	36	81	10	87	62	2	0	34	1.08
731735--731826	31	3.0	31	76	12	100	55	2	0	42	1.12
731756--731806	17	3.1	17	75	18	63	49	0	0	50	1.00
731791--731848	20	3.1	19	73	19	59	63	0	0	36	0.94
736647--736709	32	2.0	32	93	0	108	41	11	17	30	1.84
737368--737418	25	2.0	25	92	0	84	25	5	9	58	1.52
737913--737958	6	7.5	6	83	11	58	78	2	0	19	0.86
738494--738525	16	1.9	17	93	6	57	71	0	0	28	0.86
738544--738649	32	3.1	33	76	12	90	55	2	0	41	1.14
738469--738632	46	3.7	44	71	18	112	59	1	0	38	1.13
740054--740084	6	5.2	6	100	0	62	16	51	0	32	1.44
741642--741694	25	2.2	23	83	9	70	22	1	1	73	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741910--741940	5	6.2	5	96	0	53	77	0	0	22	0.77
742454--742484	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
744711--744829	63	1.9	63	84	5	159	33	11	15	38	1.84
746929--746968	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
749107--749156	21	2.4	20	84	15	66	46	0	0	54	1.00
749215--749266	27	2.0	26	84	3	68	42	0	1	55	1.10
750446--750480	17	2.1	17	100	0	70	48	0	5	45	1.26
755146--755192	15	3.0	15	77	22	60	53	0	0	46	1.00
755146--755201	17	3.4	18	81	18	61	55	0	0	44	0.99
755172--755254	18	4.3	21	72	23	76	57	0	0	42	0.98
755186--755262	8	8.8	8	73	24	50	58	0	0	41	0.98
755187--755253	11	6.5	11	74	20	56	59	0	0	40	0.97
755187--755258	19	3.8	19	75	20	71	59	0	0	40	0.97
755187--755262	29	2.8	27	78	20	86	59	0	0	40	0.98
755410--755451	21	2.0	21	81	9	50	40	0	4	54	1.21
755578--755661	30	2.8	30	82	8	102	45	0	2	52	1.13
756091--756230	69	2.0	69	93	2	237	48	3	4	43	1.39
756313--756348	16	2.3	16	95	4	65	33	11	0	55	1.35
757110--757179	24	3.0	22	82	14	70	54	0	0	45	0.99
757111--757187	24	3.4	22	81	15	61	58	0	0	41	0.98
757161--757201	20	2.0	20	85	4	55	63	0	0	36	0.95
757611--757901	158	1.8	155	86	5	422	30	8	12	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757611--758050	150	2.8	155	80	9	466	28	9	14	47	1.74
762872--762896	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
763577--763633	21	2.7	21	94	0	96	33	8	19	38	1.82
763689--763756	19	3.9	19	74	21	76	35	10	14	39	1.80
763691--763753	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
763796--763821	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
763776--763842	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
766293--766367	27	2.7	27	88	10	100	22	34	21	21	1.97
766184--766572	52	7.4	50	69	14	205	29	26	12	31	1.93
766560--766630	28	2.5	28	86	0	88	22	33	18	25	1.96
766182--766682	263	1.9	263	89	3	776	28	26	13	31	1.94
766585--766788	78	2.6	78	83	2	239	24	29	17	28	1.97
767787--767814	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
768042--768113	32	2.2	34	90	5	112	56	0	1	41	1.07
768050--768120	20	3.9	19	74	25	64	56	0	1	42	1.08
768064--768149	31	2.8	31	81	10	79	59	1	1	38	1.13
769125--769149	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
771253--771281	6	4.8	6	100	0	58	17	13	51	17	1.76
773266--773299	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
773624--773667	18	2.5	17	82	10	52	77	0	11	11	1.00
776320--776349	4	7.5	4	92	0	51	46	26	0	26	1.53
776351--776391	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777234--777317	41	2.0	41	97	0	159	38	7	10	44	1.67
779143--779208	32	2.0	33	88	2	98	51	1	7	39	1.40
779825--779904	20	4.0	20	83	1	97	31	16	12	40	1.85
783746--783771	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
787606--787683	20	3.8	20	78	6	84	37	11	16	34	1.85
794629--794676	20	2.5	19	87	12	71	35	14	18	31	1.91
794720--794750	13	2.4	13	94	0	53	32	19	12	35	1.90
794704--794772	33	2.1	32	86	10	95	31	14	18	34	1.91
796356--796391	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
801133--801177	20	2.2	20	84	8	54	20	37	26	15	1.92
803229--803266	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
803309--803361	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
803293--803361	33	2.1	33	89	5	104	31	13	17	37	1.88
805924--805951	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
807185--807222	17	2.2	17	86	9	51	7	15	0	76	1.01
814288--814344	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
816310--816347	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
817651--817729	40	2.0	40	87	0	113	54	7	8	29	1.59
823094--823120	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
825162--825212	13	4.2	13	75	12	54	41	0	0	58	0.98
825403--825465	19	3.4	19	72	14	60	49	0	0	50	1.00
825412--825445	17	1.9	17	88	5	50	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829310--829357	21	2.3	22	78	10	55	60	0	2	37	1.09
830598--830684	23	3.6	24	77	9	70	60	1	0	37	1.04
830600--830649	15	3.2	16	83	5	59	58	0	0	42	0.98
830613--830652	16	2.5	17	80	15	50	52	0	0	47	1.00
830654--830686	9	3.8	9	84	8	50	72	0	0	27	0.85
830752--830837	27	3.2	27	78	14	79	69	1	3	25	1.11
834746--834822	20	3.8	20	79	6	84	44	12	11	31	1.79
835391--835968	32	18.9	32	85	4	539	21	18	30	30	1.97
835976--836466	82	5.9	83	84	4	602	33	15	28	23	1.94
835976--836466	165	3.0	165	86	3	659	33	15	28	23	1.94
835976--836450	55	8.6	54	80	6	503	32	14	28	23	1.94
843863--843909	22	2.1	23	84	4	60	42	10	21	25	1.85
844619--844857	119	2.0	119	100	0	478	26	9	21	42	1.83
844977--845050	20	3.7	20	80	7	87	43	12	13	31	1.81
845528--845578	20	2.5	20	73	17	52	62	0	3	33	1.13
846299--846349	26	2.0	26	100	0	102	31	15	19	33	1.93
846501--846543	7	6.3	7	84	10	54	69	4	0	25	1.07
846496--846550	12	4.3	13	78	17	62	70	3	0	25	1.03
846501--846559	27	2.1	27	87	9	84	69	5	0	25	1.09
846494--846549	6	9.0	6	75	21	53	67	3	0	28	1.07
846937--847004	27	2.5	27	75	13	77	45	0	1	52	1.09
847614--848235	156	4.0	152	78	6	493	41	16	15	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847623--848220	308	1.9	310	79	4	670	40	15	15	27	1.88
848334--848531	29	7.0	28	72	6	112	31	21	7	40	1.80
850662--850712	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
850659--850714	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
858478--859296	27	30.0	27	92	1	1269	22	33	14	29	1.93
858478--859293	218	3.7	219	92	1	1295	23	33	14	29	1.94
859279--859560	32	8.8	32	90	0	431	32	33	17	17	1.93
860790--860845	17	3.3	17	71	0	58	80	0	16	3	0.85
860789--860847	11	5.3	11	72	11	57	81	0	15	3	0.82
861368--861421	28	1.9	29	81	7	67	46	1	5	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8