genome.fa.s416.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold416
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1156864

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183977--184058	34	2.4	36	85	8	116	41	14	25	18	1.88
183977--184067	35	2.6	34	86	5	112	38	13	28	19	1.89
185658--185781	1	124.0	1	73	0	104	0	0	12	87	0.55
185661--185779	6	19.8	6	80	13	138	0	0	13	86	0.57
185658--185781	11	11.5	11	85	7	141	0	0	12	87	0.55
185658--185781	49	2.5	49	89	10	191	0	0	12	87	0.55
185659--185782	59	2.1	56	92	5	203	0	0	13	86	0.58
199614--199742	52	2.5	52	92	0	213	29	16	18	35	1.93
199614--199762	52	2.9	51	85	4	208	31	16	18	34	1.93
199839--199863	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
199817--199883	33	2.0	33	85	0	89	40	13	11	34	1.81
205383--205679	157	1.9	158	82	4	377	34	13	23	28	1.93
205383--205679	79	3.8	78	80	7	298	34	13	23	28	1.93
206644--206725	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
206708--206878	51	3.3	51	77	4	189	33	12	25	28	1.92
206861--206936	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
209535--210278	55	13.4	54	86	6	976	23	20	28	27	1.99
209724--209809	29	3.1	29	65	21	83	18	19	32	29	1.96
209857--210000	27	5.3	27	62	16	73	22	18	30	28	1.97
211245--211300	12	4.8	11	75	18	51	0	8	7	83	0.80
211245--211303	15	4.0	14	76	10	55	0	8	8	83	0.83
211229--211302	16	4.9	14	76	12	58	0	12	6	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211277--211301	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
223768--223938	51	3.3	51	79	7	191	33	12	25	28	1.92
223921--223996	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
226230--226306	28	2.8	28	75	0	82	28	23	28	19	1.98
226338--226404	28	2.4	28	78	9	75	32	20	28	17	1.96
226215--226710	108	4.6	108	93	0	785	35	17	22	24	1.95
229084--229153	33	2.1	33	89	0	104	40	15	15	28	1.88
229116--229170	20	2.8	18	83	10	56	45	18	10	25	1.82
229978--230098	45	2.8	42	77	15	129	39	13	28	19	1.89
230088--230479	61	6.6	61	86	6	438	30	20	25	23	1.98
230338--230477	28	5.0	28	64	6	86	27	21	24	26	1.99
230521--230969	55	7.9	55	84	8	560	24	20	27	27	1.99
230503--230969	118	4.1	113	82	10	553	23	20	27	27	1.99
230503--230969	173	2.7	173	93	1	798	23	20	27	27	1.99
230894--231088	94	2.0	96	83	7	243	27	17	29	25	1.97
232041--232096	21	2.6	21	76	17	53	0	10	7	82	0.85
232050--232125	24	3.2	24	80	14	68	3	5	7	82	0.92
232048--232132	17	4.9	17	76	13	66	3	4	8	83	0.89
232047--232133	9	9.8	9	74	16	65	3	4	8	83	0.88
244025--244321	79	3.8	79	79	6	289	33	12	24	29	1.92
244263--244374	51	2.2	51	87	3	163	31	11	24	33	1.91
244342--244837	108	4.6	108	88	1	742	34	15	23	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244579--244633	28	2.0	28	89	7	85	34	20	25	20	1.96
244581--244641	28	2.2	28	85	5	79	36	18	24	21	1.95
244681--244749	28	2.5	28	75	0	75	27	17	33	21	1.96
248313--248368	28	2.0	28	92	0	94	26	23	16	33	1.95
248391--248415	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
248460--248522	33	1.9	33	86	0	90	42	15	9	31	1.79
248994--249372	169	2.2	172	82	5	428	38	14	24	22	1.91
249259--251805	49	53.2	52	79	13	1879	32	17	24	24	1.97
249348--249415	22	3.1	22	64	19	61	30	16	25	27	1.96
249282--251802	144	17.6	141	92	4	2945	32	17	24	24	1.97
251810--252005	33	6.0	33	93	1	333	21	18	31	28	1.97
251810--252005	65	3.0	65	95	0	338	21	18	31	28	1.97
251810--252005	98	2.0	98	93	2	340	21	18	31	28	1.97
252088--252481	27	13.3	27	71	21	165	29	13	34	22	1.93
252007--252371	27	11.8	33	73	17	218	32	13	32	21	1.92
252101--252313	60	3.6	61	89	3	317	31	13	34	21	1.91
252041--252464	152	2.8	150	80	11	436	30	13	33	22	1.93
252250--252371	64	1.9	64	84	1	163	31	14	32	21	1.93
252257--252547	30	9.7	29	73	15	121	27	15	32	23	1.95
252129--252485	87	3.9	91	76	13	280	29	14	34	21	1.93
252352--252513	57	2.8	57	91	3	247	24	17	33	24	1.96
253495--253558	25	2.7	23	76	11	67	0	10	9	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260736--260807	28	2.4	28	84	9	81	29	22	15	33	1.94
260816--260840	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
260881--260947	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
260903--260927	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261294--261379	37	2.3	37	97	0	163	15	24	22	38	1.92
261666--262450	144	5.5	137	94	3	1058	32	17	25	24	1.97
261820--261888	22	3.2	22	64	32	58	30	18	21	28	1.97
261811--261878	21	3.2	21	65	19	59	30	17	25	26	1.97
261832--261900	22	3.2	21	65	19	52	33	17	23	26	1.96
261615--262386	239	3.2	239	89	6	1140	32	17	25	24	1.97
261597--262450	288	3.0	287	90	6	1249	32	17	25	24	1.97
264524--264610	20	4.7	20	74	21	91	41	14	16	27	1.87
264524--264593	33	2.1	33	94	0	122	40	14	17	28	1.88
264626--264655	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
267324--267395	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
267384--267553	52	3.3	52	77	9	177	32	12	25	29	1.93
267540--267610	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
267271--267662	107	3.7	104	71	13	303	30	14	27	27	1.95
267317--267722	212	1.9	212	87	4	604	31	13	26	28	1.94
269939--269964	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
269918--269984	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
270004--270071	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270026--270050	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270007--270069	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
270580--270676	48	2.0	48	91	0	158	27	29	11	30	1.91
272217--272241	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
273263--273288	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
274006--274044	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
275851--275876	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
277948--277978	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
279782--279826	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
282858--282888	15	2.1	15	93	0	53	45	12	3	38	1.59
284342--284381	21	1.9	21	90	10	64	57	0	0	42	0.98
284858--284893	19	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
284858--284895	18	2.1	18	85	9	51	65	0	0	34	0.93
285578--285634	27	2.1	27	100	0	114	26	14	0	59	1.35
286079--286157	26	3.0	25	80	15	79	63	0	0	36	0.95
286083--286117	15	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
286107--286176	8	8.4	8	72	19	54	58	0	0	41	0.98
286107--286192	18	4.4	17	71	24	55	58	0	0	41	0.98
286129--286191	18	3.6	19	70	27	59	55	0	0	44	0.99
286122--286206	32	2.6	34	83	10	115	57	0	1	41	1.06
286155--286221	25	2.6	25	83	11	73	58	1	2	37	1.23
286107--286197	10	9.1	10	70	15	64	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288138--288206	36	1.9	36	93	0	120	52	5	1	40	1.34
290342--290392	21	2.4	21	78	12	59	49	1	0	49	1.12
292942--292966	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
292922--292985	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
292921--293004	19	4.7	19	80	18	108	33	11	17	36	1.87
293046--293191	52	2.8	50	83	6	193	34	17	17	30	1.93
301430--301455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
301515--301587	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
301494--301587	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
301494--301569	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8