genome.fa.s416.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold416
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1156864

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
570149--570198	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
570845--571114	42	6.2	43	71	14	153	40	12	27	19	1.88
570877--571116	89	2.7	88	84	6	315	38	13	27	20	1.90
570878--571113	42	5.4	42	74	14	167	38	12	27	20	1.89
571098--571264	62	2.9	59	77	13	186	25	19	26	28	1.99
571152--571284	54	2.4	55	88	1	196	22	19	29	28	1.98
571048--571494	210	2.1	212	86	6	604	27	18	28	26	1.98
571305--571610	55	5.4	54	81	10	326	23	20	28	27	1.99
571305--571610	116	2.7	110	82	10	366	23	20	28	27	1.99
572704--572744	18	2.4	17	84	15	57	0	2	14	82	0.76
572704--572744	16	2.6	16	84	7	57	0	2	14	82	0.76
585127--585294	52	3.3	51	79	7	189	32	9	26	31	1.88
585330--585401	27	2.6	28	84	2	92	19	20	36	23	1.95
585280--585476	102	1.9	105	83	4	256	29	16	28	25	1.97
585464--585584	51	2.4	51	82	8	147	30	12	27	29	1.93
585405--585813	181	2.2	183	80	5	456	33	12	25	28	1.92
585501--585629	51	2.5	51	83	5	154	34	11	27	27	1.91
585645--585817	51	3.4	50	81	9	188	34	11	22	31	1.90
588196--588237	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
588262--588311	19	2.6	19	90	0	82	38	16	12	34	1.85
591057--591209	52	2.9	52	85	0	189	32	13	24	30	1.93
592034--592112	33	2.4	32	83	12	99	81	13	5	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
592063--592118	13	3.9	15	84	15	75	82	16	1	0	0.76
592035--592118	10	8.2	10	75	13	73	82	13	4	0	0.83
593550--593637	29	3.1	29	81	3	124	29	29	17	23	1.97
593612--593803	34	5.8	33	77	6	181	19	33	12	34	1.90
593611--593800	66	2.8	68	82	5	217	20	33	12	33	1.90
593623--593803	100	1.8	98	80	5	220	18	33	12	36	1.88
593851--594243	88	4.3	88	80	8	419	27	26	18	27	1.98
593893--594297	49	8.6	49	71	12	294	27	25	16	29	1.97
593985--594296	101	3.3	98	75	13	254	26	24	16	31	1.96
593930--594299	189	2.0	189	85	1	510	27	25	17	30	1.97
593904--594353	188	2.4	189	81	2	462	27	26	16	30	1.97
595589--595613	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
595969--596023	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
600886--601091	79	2.6	78	86	4	279	30	15	28	26	1.96
601045--601118	27	2.7	26	89	6	103	22	21	33	21	1.97
600965--601192	103	2.2	104	83	7	282	29	16	27	26	1.97
600883--601243	182	2.0	184	81	6	437	30	14	27	26	1.96
601179--601347	51	3.3	51	80	4	180	31	13	27	28	1.93
603686--603711	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
603698--603739	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
603764--603813	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
604459--604728	42	6.2	42	74	15	194	40	12	27	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604493--604730	89	2.7	88	85	6	338	39	13	26	20	1.90
604493--604727	46	5.4	42	74	14	165	39	13	27	20	1.89
604766--604898	54	2.4	55	89	1	205	21	19	30	28	1.98
604662--605108	210	2.1	212	86	5	611	27	18	28	25	1.98
604919--605224	55	5.4	54	82	10	326	23	20	28	26	1.99
604919--605224	116	2.7	109	82	9	346	23	20	28	26	1.99
606308--606350	13	3.5	12	84	12	52	2	2	11	83	0.83
606317--606353	16	2.4	15	86	4	56	0	2	13	83	0.74
618736--618903	52	3.3	51	79	7	189	32	9	26	31	1.88
618939--619017	27	2.9	28	86	3	106	20	20	36	22	1.95
618889--619086	103	1.9	105	85	3	274	28	16	29	25	1.97
619074--619194	51	2.4	51	88	2	172	30	12	27	29	1.93
619111--619239	51	2.5	51	87	5	172	34	11	27	27	1.91
618998--619404	181	2.3	183	82	6	474	33	12	25	28	1.91
619125--619371	130	1.9	131	80	9	290	33	12	25	29	1.92
619255--619423	51	3.3	52	82	6	175	36	11	20	31	1.89
621807--621848	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
621873--621922	19	2.6	19	90	0	82	38	16	12	34	1.85
624668--624807	52	2.7	52	88	0	199	32	13	24	30	1.93
625644--625727	33	2.7	29	78	21	89	79	14	5	0	0.90
625645--625727	27	3.0	28	74	13	75	80	14	4	0	0.86
625672--625727	13	3.9	15	84	15	75	82	16	1	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625648--625727	10	7.5	10	77	16	72	81	13	5	0	0.85
627160--627247	29	3.1	29	81	3	124	29	29	17	23	1.97
627222--627413	34	5.8	33	77	6	181	19	33	12	34	1.90
627221--627410	66	2.8	68	82	5	217	20	33	12	33	1.90
627233--627413	100	1.8	98	80	5	220	18	33	12	36	1.88
627461--627853	88	4.3	88	80	9	403	27	26	18	27	1.98
627503--627907	49	8.6	49	70	13	287	27	25	16	29	1.97
627595--627774	101	1.8	98	86	3	261	25	24	18	31	1.97
627540--627909	188	2.0	189	85	2	503	27	25	17	30	1.97
627568--627963	188	2.1	189	81	3	449	27	25	16	30	1.97
629200--629227	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
629583--629637	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
643550--643656	1	107.0	1	66	0	52	83	13	2	0	0.81
643552--643656	10	10.6	9	79	16	95	82	13	2	0	0.82
643560--643655	33	2.9	33	82	11	117	82	14	2	1	0.82
643578--643655	5	16.6	5	81	17	80	83	15	1	0	0.72
643550--643655	37	2.7	38	81	12	119	83	13	2	0	0.82
645074--645160	29	3.1	29	80	8	108	29	28	16	25	1.96
645136--645326	34	5.8	33	82	5	217	19	34	12	34	1.89
645135--645326	66	2.9	67	86	6	257	20	33	11	33	1.89
645140--645326	100	1.9	98	83	6	243	19	34	11	34	1.88
645393--645538	39	3.5	39	70	17	130	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645331--645676	88	4.0	88	85	5	407	26	26	18	28	1.98
645595--645730	49	2.8	48	83	3	164	25	22	17	35	1.95
647761--647823	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
647780--647804	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
647759--647831	32	2.3	32	95	4	130	34	12	17	35	1.88
647876--647901	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
650330--650447	51	2.3	51	82	1	137	32	24	8	34	1.86
650358--650467	51	2.2	51	85	3	141	31	27	9	31	1.88
650403--650550	79	1.9	79	87	5	219	28	27	14	29	1.96
650482--650651	51	3.3	50	82	4	205	31	27	11	30	1.91
650358--650593	130	1.8	130	84	3	323	30	26	11	32	1.91
650276--650656	181	2.1	182	84	3	493	30	25	12	31	1.92
650633--650708	27	2.8	27	86	6	91	26	34	18	21	1.96
650741--650820	28	2.9	28	92	0	133	21	30	20	28	1.98
650623--650831	107	2.0	106	84	4	278	26	28	15	29	1.96
655380--655432	20	2.7	20	90	0	79	35	13	11	39	1.80
669211--669293	12	6.8	11	74	24	53	81	13	0	4	0.83
669212--669281	19	3.7	19	84	5	88	82	11	0	5	0.82
669217--669281	29	2.3	28	89	2	103	83	10	0	6	0.82
669217--669279	10	6.5	10	84	12	78	84	9	0	6	0.79
669212--669292	20	3.9	19	77	16	74	82	12	0	4	0.81
670526--670628	53	2.0	52	84	9	138	22	24	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670723--670883	62	2.6	62	85	0	196	22	34	11	31	1.90
670870--670938	32	2.2	32	87	7	97	28	31	20	18	1.96
670992--671185	99	2.0	100	85	1	264	26	24	15	32	1.96
671239--671375	61	2.2	61	85	0	175	21	28	12	37	1.89
674639--674691	20	2.7	20	90	0	79	35	13	11	39	1.80
688477--688539	10	6.5	10	83	5	76	84	11	0	4	0.77
688471--688543	18	3.9	18	81	12	94	83	12	0	4	0.78
689780--689882	53	2.0	52	84	9	138	22	24	16	36	1.94
689977--690137	62	2.6	62	85	0	196	22	35	11	30	1.89
690124--690192	32	2.2	32	87	7	97	28	31	20	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8