genome.fa.s416.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold416
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1156864

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125--208	1	84.0	1	78	0	87	0	1	9	89	0.55
125--210	9	9.1	9	80	14	102	0	1	10	88	0.57
125--208	17	5.1	16	84	13	116	0	1	9	89	0.55
125--210	30	3.0	29	88	5	120	0	1	10	88	0.57
14031--14179	52	2.9	51	86	4	217	31	16	18	33	1.93
14168--14192	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14447--14691	49	5.0	52	79	13	182	33	15	24	26	1.95
14514--14699	48	4.1	43	80	11	210	31	16	24	27	1.96
14461--14699	92	2.5	94	86	6	311	32	16	24	27	1.96
14707--14817	28	3.9	28	76	11	109	18	18	27	36	1.93
16449--16490	22	2.0	21	85	4	57	50	0	0	50	1.00
16623--16663	20	2.0	20	85	4	55	58	0	2	39	1.11
16634--16678	23	1.9	24	86	4	65	55	0	2	42	1.12
16629--16682	23	2.3	23	77	3	63	61	0	1	37	1.07
16681--16723	10	4.4	10	82	2	52	53	2	0	44	1.13
16673--16721	24	2.0	24	84	0	62	57	2	0	40	1.10
16703--16755	21	2.5	22	78	9	56	50	3	0	45	1.19
17323--17392	33	2.2	32	79	7	79	64	1	2	31	1.17
18310--18369	19	3.5	18	74	25	67	31	11	18	38	1.87
18296--18379	32	2.6	32	94	0	141	32	14	15	38	1.87
18329--18353	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18425--18449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18458--18586	52	2.5	52	87	0	204	34	17	18	29	1.94
22105--22156	20	2.6	20	78	0	59	40	11	11	36	1.78
32467--32502	16	2.1	17	90	10	56	80	5	2	11	0.98
44304--44368	21	3.2	20	67	16	51	7	50	3	38	1.47
49789--49826	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
50229--50278	26	1.9	26	91	0	82	50	24	8	18	1.73
51503--51548	22	2.1	21	88	4	65	52	0	4	43	1.21
51787--51851	33	2.0	33	90	3	105	44	9	0	46	1.35
55020--55080	30	2.0	30	93	0	104	54	11	19	14	1.71
56141--56193	20	2.7	20	82	5	63	37	13	16	32	1.88
60106--60131	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
62510--62580	20	3.6	19	79	9	72	32	19	14	33	1.92
62526--62579	19	2.8	20	85	2	83	29	20	14	35	1.93
62608--62660	20	2.7	20	85	5	63	33	11	22	32	1.90
66112--66158	24	2.0	24	100	0	94	27	8	25	38	1.85
66923--66960	15	2.5	15	95	4	67	36	10	7	44	1.68
71318--71370	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
71412--71538	19	7.6	19	71	28	128	40	15	15	28	1.88
71430--71551	13	8.0	13	71	28	82	40	15	15	28	1.88
71412--71569	32	4.9	32	96	3	282	39	15	15	29	1.89
80161--80185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
80173--80225	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82897--83188	147	2.0	149	85	1	399	39	18	17	24	1.92
84505--84850	180	1.9	182	85	4	486	42	11	11	34	1.77
85722--85784	23	2.8	22	81	11	74	4	7	28	58	1.47
85780--85849	33	2.1	31	82	15	79	0	17	31	51	1.45
85797--85873	33	2.3	33	82	6	84	2	18	27	51	1.59
86593--86662	14	4.9	14	74	10	61	44	10	20	25	1.82
86571--86619	23	2.1	23	84	0	62	40	10	24	24	1.86
87649--87681	8	4.4	8	92	7	52	24	0	0	75	0.80
88538--88582	24	2.0	24	86	8	67	4	15	2	77	1.02
88545--88584	12	3.5	11	83	10	53	5	15	0	80	0.88
88712--88815	52	2.0	52	94	1	183	22	23	19	35	1.96
88721--88827	52	2.1	51	84	3	135	24	25	17	32	1.97
89124--89690	153	3.5	155	82	9	585	51	7	11	30	1.64
89627--89662	18	1.9	19	88	5	56	47	5	11	36	1.63
93888--94015	32	4.1	32	87	4	174	21	16	29	32	1.95
93978--94325	170	2.1	170	83	4	436	22	16	30	30	1.96
93976--94325	28	12.4	28	82	4	366	22	16	30	30	1.96
93912--94325	56	7.2	57	81	7	394	22	16	30	30	1.96
107323--107437	57	2.0	59	91	3	189	39	9	15	35	1.80
113799--113839	19	2.2	19	90	0	64	26	0	9	63	1.25
117572--117818	49	5.0	49	83	4	275	32	19	22	25	1.97
118017--118091	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118017--118094	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
118108--118138	16	1.9	16	100	0	62	35	19	12	32	1.90
131207--131263	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
131319--131386	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
131340--131364	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
131321--131383	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
131426--131451	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
131406--131472	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
133904--133972	27	2.5	27	88	6	95	26	30	20	23	1.98
133959--134128	52	3.3	53	80	11	181	29	24	12	33	1.92
134112--134188	28	2.8	28	86	7	95	24	33	18	23	1.96
133789--134195	212	1.9	212	86	3	577	28	26	13	31	1.93
134066--134267	107	1.9	107	82	5	255	27	28	14	30	1.95
136380--136427	11	4.7	10	78	14	53	85	8	4	2	0.80
137647--138465	29	28.5	29	87	3	1063	28	30	16	23	1.97
137647--138465	57	14.2	57	87	2	1099	28	30	16	23	1.97
139042--139135	20	4.7	20	78	5	100	35	11	12	40	1.80
139042--139135	40	2.3	40	85	3	127	35	11	12	40	1.80
145543--145728	43	4.1	43	78	13	194	30	16	25	27	1.97
145489--145728	95	2.5	94	84	9	290	32	16	25	26	1.96
145772--145876	30	3.6	30	94	2	178	20	18	28	32	1.96
145797--145991	30	6.2	30	80	9	124	30	16	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145850--145940	35	2.6	34	86	5	112	38	13	28	19	1.89
145919--145990	29	2.4	30	86	4	101	29	19	31	19	1.96
146281--146305	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146261--146327	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
146368--146392	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
146381--146529	52	2.9	51	91	4	244	32	19	17	30	1.95
150142--150168	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
159862--159961	1	100.0	1	77	0	74	86	8	4	2	0.78
159861--159961	24	4.4	22	76	17	98	85	8	3	1	0.80
159862--159961	33	3.1	32	81	12	107	86	8	4	2	0.78
161398--161903	30	17.1	29	78	8	364	28	29	16	25	1.97
161461--161513	27	2.0	27	88	0	79	32	35	16	15	1.90
161552--161643	35	2.7	36	78	8	102	19	30	11	38	1.88
161618--161901	85	3.3	87	83	6	348	31	30	17	20	1.96
161398--161896	115	4.2	115	79	9	538	29	29	16	24	1.97
161907--161996	43	2.1	43	89	0	135	26	24	17	31	1.97
161950--162087	52	2.6	52	81	3	150	24	24	16	34	1.96
162715--162760	10	4.7	10	94	5	85	19	17	10	52	1.74
162716--162756	19	2.2	19	100	0	82	19	19	9	51	1.74
165716--165812	28	3.4	29	88	7	128	19	15	28	36	1.93
167250--167361	1	112.0	1	76	0	107	0	0	11	88	0.52
167252--167359	19	5.7	19	83	13	118	0	0	12	87	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167250--167359	33	3.3	32	84	10	150	0	0	11	88	0.52
167250--167362	41	2.7	43	90	9	187	0	0	12	87	0.54
182483--182611	52	2.5	52	90	0	204	29	15	18	36	1.92
182483--182631	52	2.9	51	84	4	199	31	15	18	34	1.92
182708--182732	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
182686--182752	33	2.0	33	85	0	89	40	13	11	34	1.81
183670--183855	48	4.1	43	79	13	203	30	17	25	26	1.97
183616--183847	95	2.4	93	85	8	297	31	16	25	26	1.97
183616--183855	97	2.5	95	85	8	308	32	16	25	26	1.96
183899--184221	30	10.7	30	80	8	232	25	16	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8