genome.fa.s416.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold416
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1156864

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690246--690439	99	2.0	100	83	3	248	26	25	15	31	1.96
690493--690628	60	2.2	61	82	1	157	22	28	12	36	1.90
693886--693938	20	2.7	20	90	0	79	35	13	11	39	1.80
707711--707773	10	6.5	10	83	5	76	84	11	0	4	0.77
707705--707777	18	3.9	18	81	12	94	83	12	0	4	0.78
709013--709115	53	2.0	52	84	9	138	22	24	16	36	1.94
709210--709370	62	2.6	62	85	0	196	22	35	11	30	1.89
709357--709425	32	2.2	32	87	7	97	28	31	20	18	1.96
709485--709676	52	3.8	52	73	8	171	27	25	16	30	1.97
709479--709672	99	2.0	100	85	1	264	26	25	15	31	1.96
709726--709862	61	2.2	61	85	0	175	21	28	12	37	1.89
710518--710632	50	2.4	48	80	12	135	31	17	13	38	1.88
722904--722946	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
723725--723790	23	3.2	23	60	31	58	24	19	18	37	1.93
723703--723816	38	3.0	38	100	0	228	21	21	18	39	1.93
728993--729024	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
729713--729747	17	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
729775--729829	22	2.5	23	88	11	80	49	0	0	50	1.00
731222--731258	19	2.0	18	89	5	56	59	0	0	40	0.97
731539--731580	8	4.8	9	85	8	52	19	0	2	78	0.86
731714--731744	8	3.9	8	100	0	62	48	0	0	51	1.00
731734--731792	26	2.3	26	82	11	68	62	0	5	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733316--733374	22	2.8	21	82	7	75	32	15	15	37	1.88
736212--736236	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
736222--736276	20	2.7	21	77	11	60	34	16	16	32	1.91
736307--736359	20	2.7	20	91	5	81	39	16	16	26	1.91
741841--741903	33	1.9	33	83	6	83	33	14	14	38	1.86
741939--741990	19	2.7	19	84	3	59	38	19	13	28	1.89
744506--744553	24	2.0	24	100	0	96	20	12	29	37	1.90
747081--747326	97	2.5	96	84	5	341	33	12	27	27	1.92
754496--754624	52	2.5	52	97	0	240	28	18	17	34	1.94
754633--754657	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
754700--754845	19	8.5	19	69	26	112	34	17	12	35	1.88
754695--754762	32	2.1	32	91	0	109	36	17	11	33	1.86
754700--754814	52	2.2	51	93	1	194	35	18	12	33	1.88
754771--754827	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
754751--754845	32	2.9	33	95	3	174	32	17	12	36	1.88
755541--755815	98	2.9	95	86	3	358	30	18	26	24	1.98
755550--755837	92	3.0	97	83	7	367	30	18	26	25	1.98
755550--755829	49	5.8	49	80	6	313	30	18	26	25	1.98
755846--756152	28	10.6	28	77	12	244	17	15	35	31	1.92
755846--756155	58	5.3	55	83	9	334	17	15	35	31	1.91
755858--756120	89	3.0	87	86	6	341	17	16	34	30	1.92
755846--756152	147	2.1	144	92	4	510	17	15	35	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757589--757700	6	18.7	6	74	17	65	0	4	13	81	0.89
757600--757678	14	5.9	13	80	15	65	0	6	8	84	0.76
757598--757678	1	81.0	1	70	0	54	0	6	8	85	0.75
769829--769895	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
769849--769873	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
769938--769962	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
769971--770101	52	2.5	52	91	2	210	32	19	16	32	1.93
776091--776117	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
777712--777857	72	2.0	72	100	0	292	26	27	17	28	1.97
778676--778747	20	3.7	19	79	9	74	29	13	15	41	1.85
778780--778825	20	2.3	20	84	0	56	34	13	17	34	1.88
779880--779936	24	2.7	20	75	19	69	36	10	15	36	1.82
779890--779938	24	2.0	24	96	0	89	40	8	14	36	1.75
780388--780461	34	2.1	35	85	7	98	17	16	12	54	1.72
781331--781374	19	2.4	19	81	11	56	54	0	2	43	1.12
783439--783471	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
784477--784514	17	2.2	17	95	0	67	44	15	5	34	1.69
784803--784837	13	2.7	13	91	8	54	0	20	0	80	0.72
784935--784982	23	2.2	22	85	7	62	56	2	4	37	1.30
784921--784998	16	4.8	16	69	9	50	51	1	5	42	1.32
787596--787634	20	2.0	19	85	14	53	51	10	0	38	1.36
788076--788122	24	2.0	23	83	4	58	55	0	2	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791563--791632	29	2.4	29	88	4	97	25	24	18	31	1.98
791910--791956	24	1.9	25	83	12	62	68	0	2	29	1.02
795241--795287	21	2.2	21	100	0	94	40	27	8	23	1.83
800205--800258	20	2.7	20	94	5	92	37	16	12	33	1.87
800287--800339	19	2.7	21	88	8	76	41	16	15	26	1.88
800901--800965	19	3.6	19	73	26	70	44	15	10	29	1.80
800903--800965	34	1.9	33	93	6	110	46	15	9	28	1.78
805010--805040	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
807244--807289	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
809641--809705	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
809659--809684	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
809641--809705	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
810560--811309	154	4.9	152	78	6	643	40	18	13	27	1.89
810649--811303	308	2.1	307	80	5	721	40	18	13	27	1.88
814255--814310	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
814369--814394	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
814294--814502	86	2.4	86	96	2	377	37	16	16	29	1.91
814455--814480	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
816697--816741	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
818545--818575	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
820654--820692	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
820813--820858	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823165--823323	73	2.2	73	98	0	309	35	16	18	28	1.93
823311--823336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
825161--825202	17	2.5	17	100	0	84	40	4	23	30	1.75
829399--829440	15	2.6	16	81	11	50	54	4	9	30	1.53
832073--832104	16	2.0	16	93	0	55	56	0	9	34	1.32
833455--833493	20	1.9	21	89	5	62	38	7	17	35	1.79
833646--833693	20	2.3	20	79	10	53	35	20	2	41	1.64
835903--835929	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
835915--835969	19	2.8	19	72	10	58	29	12	14	43	1.82
837316--837359	23	2.0	22	81	4	52	56	9	6	27	1.55
843063--843649	79	7.3	79	74	11	503	32	13	25	27	1.94
843154--843267	51	2.2	51	90	0	174	34	15	21	28	1.94
843250--843649	76	5.2	76	84	4	532	32	14	26	27	1.95
843250--843649	155	2.6	155	93	0	665	32	14	26	27	1.95
843666--843846	51	3.5	50	82	6	211	33	12	24	29	1.92
845264--845326	27	2.4	27	89	5	103	58	25	6	9	1.53
846231--846256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
846287--846348	19	3.2	19	71	13	54	30	14	12	41	1.83
846378--846433	21	2.7	21	97	0	103	35	16	10	37	1.83
847084--847270	43	4.3	42	75	12	164	43	14	25	16	1.85
847084--847304	42	5.2	40	77	11	163	42	14	25	17	1.87
847350--847642	55	5.3	54	84	5	347	21	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847280--847647	165	2.2	166	82	9	442	24	20	27	27	1.99
847342--847650	110	2.8	110	85	1	406	22	20	28	27	1.99
847661--847967	55	5.3	59	81	11	313	23	21	28	26	1.99
847402--847887	265	1.9	259	86	6	694	23	21	29	26	1.99
847460--847853	210	1.9	204	86	6	551	22	21	28	26	1.99
847661--847967	116	2.7	109	81	9	321	23	21	28	26	1.99
847346--848562	326	3.8	321	87	4	1570	24	20	28	26	1.99
847834--848455	155	3.9	155	84	7	850	25	20	29	25	1.99
847990--848293	55	5.3	55	79	9	306	23	21	28	26	1.99
848044--848293	116	2.2	109	84	8	315	23	21	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8