genome.fa.s416.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold416
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1156864

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848103--848512	210	2.0	208	84	7	544	24	20	28	26	1.99
848316--848562	55	4.4	55	86	4	307	22	21	27	29	1.99
848051--848664	265	2.3	266	85	6	827	24	20	28	26	1.99
849629--849696	1	68.0	1	76	0	55	1	5	5	86	0.75
849629--849694	10	6.5	10	77	11	64	1	6	6	86	0.76
849630--849695	22	3.0	22	82	10	89	1	6	6	86	0.76
849635--849696	23	2.9	22	79	15	76	1	4	6	87	0.74
862148--862296	53	2.9	51	82	6	187	33	13	25	27	1.93
862251--862549	79	3.9	77	84	3	395	32	13	25	27	1.94
862251--862547	155	1.9	155	97	0	567	32	13	25	27	1.93
862484--862590	48	2.2	50	88	5	155	35	10	25	28	1.89
862459--862749	155	1.9	157	81	5	356	32	13	26	27	1.94
862637--862822	51	3.6	50	83	5	228	32	12	26	28	1.93
865243--865292	19	2.6	19	90	0	73	36	22	10	32	1.87
865242--865322	19	4.2	18	74	12	54	29	18	12	39	1.87
868229--868262	15	2.3	15	89	0	50	14	17	23	44	1.86
868457--868519	19	3.7	17	76	24	62	33	12	19	34	1.89
868476--868500	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
868455--868527	32	2.3	32	95	0	128	34	12	19	34	1.89
868544--868690	21	7.0	21	98	0	285	42	9	19	28	1.83
868677--868702	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
871061--871448	51	7.4	52	71	13	215	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871229--871449	51	4.3	50	80	7	219	30	26	11	32	1.91
871064--871559	262	1.9	263	92	1	834	28	27	12	31	1.93
877793--877831	21	1.9	20	84	5	51	17	2	23	56	1.53
880463--880527	20	3.6	20	73	26	81	27	15	15	41	1.87
880482--880541	13	5.1	13	69	22	60	30	15	15	40	1.87
880461--880541	33	2.5	33	95	0	153	30	14	14	39	1.87
880461--880560	33	3.0	33	89	2	121	32	14	16	38	1.88
880612--880638	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
881770--881824	23	2.5	23	88	8	80	80	1	7	10	0.99
881839--881876	15	2.4	16	86	4	51	84	0	13	2	0.73
882922--883149	44	5.2	44	65	13	110	25	17	13	43	1.86
882892--883162	88	3.1	88	73	3	242	24	17	14	43	1.86
884545--884711	90	1.9	90	88	5	257	29	24	16	29	1.97
884962--885381	35	12.1	35	76	7	306	23	19	12	43	1.85
885086--885162	33	2.3	33	90	0	118	23	14	18	44	1.86
885024--885381	136	2.6	139	79	7	372	23	19	13	44	1.85
885369--885572	44	4.6	44	71	10	128	21	25	13	39	1.90
885382--885663	132	2.1	132	80	1	305	22	23	13	40	1.89
885717--885830	44	2.6	44	81	5	133	25	22	12	39	1.89
885396--885990	297	2.0	297	100	0	1190	21	22	13	42	1.88
886282--886520	81	2.9	83	81	5	261	18	25	12	43	1.85
886225--886520	81	3.7	80	78	7	226	18	24	13	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888273--888334	14	4.4	14	75	16	56	74	0	24	1	0.91
888284--888334	21	2.3	23	87	12	81	74	0	23	1	0.92
892330--892416	20	4.7	19	77	21	96	42	14	16	26	1.87
892330--892399	33	2.1	33	97	0	131	41	14	17	27	1.87
892349--892379	13	2.4	13	94	0	53	41	16	12	29	1.85
892432--892461	13	2.3	13	94	0	51	40	3	16	40	1.65
892443--892499	20	2.8	20	94	0	96	45	10	14	29	1.78
893540--894813	123	10.5	122	79	8	1081	25	24	19	31	1.98
893540--894600	62	17.3	62	81	6	1040	25	24	19	31	1.98
894612--894813	62	3.3	61	79	4	244	26	24	17	30	1.97
894504--894704	107	1.9	108	90	3	325	25	22	19	31	1.98
894453--894769	169	1.9	169	84	2	431	25	24	19	30	1.98
896437--896544	42	2.6	42	92	0	180	41	2	46	9	1.50
901134--901304	61	2.8	60	78	7	166	25	24	18	32	1.97
902181--902228	17	2.7	18	80	3	62	72	2	2	22	1.05
902206--902251	23	1.9	25	91	8	78	78	6	0	15	0.95
904358--904418	26	2.3	26	91	0	95	44	19	18	18	1.87
905528--905639	32	3.6	32	84	8	158	20	17	31	30	1.96
905535--905660	63	2.0	62	86	7	175	20	16	32	30	1.95
905528--906319	28	27.8	32	80	11	217	23	17	28	30	1.97
905615--906360	28	26.5	28	81	4	727	24	16	28	30	1.96
905586--906359	193	3.9	196	81	8	806	24	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906376--906454	14	6.0	13	71	16	65	36	18	8	35	1.83
906942--906967	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
906924--906987	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
908747--908791	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
912692--912730	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
914352--914394	22	2.0	20	86	8	59	13	9	13	62	1.53
915285--915336	20	2.7	20	85	11	72	40	17	13	28	1.87
915370--915413	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
917179--917212	7	4.9	7	92	0	59	0	0	14	85	0.60
929766--929975	105	2.0	105	96	0	384	33	18	12	34	1.89
940747--940829	1	83.0	1	78	0	76	87	6	6	0	0.65
940745--940828	29	3.0	29	94	5	147	85	5	8	0	0.73
940747--940829	14	5.9	14	80	5	87	87	6	6	0	0.65
945303--945939	158	4.0	159	68	13	414	33	13	20	32	1.92
944149--956781	477	26.5	474	78	7	9168	36	14	18	31	1.91
946475--947772	632	2.1	632	83	2	1640	35	14	18	31	1.91
946941--951564	158	29.2	158	66	14	621	36	14	18	31	1.90
947111--956781	477	20.4	475	85	3	11518	36	14	18	31	1.90
956801--962061	475	10.8	473	73	11	3083	31	18	14	35	1.90
956801--958642	952	1.9	951	84	2	2427	31	17	14	35	1.91
958246--959033	411	1.9	409	81	5	937	32	17	15	35	1.91
958640--959628	473	2.1	472	81	4	1143	31	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959441--959807	185	2.0	183	84	2	475	32	17	13	36	1.88
959625--962061	474	5.2	474	87	1	3385	31	18	14	36	1.90
959626--962063	949	2.6	946	87	2	3517	31	18	14	36	1.90
962446--962471	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
963231--967350	476	8.7	476	84	2	4876	31	18	14	36	1.91
968153--968220	33	2.0	34	88	8	104	35	17	13	33	1.89
968250--968308	13	5.1	13	75	23	60	37	15	15	32	1.88
968898--968937	15	2.5	16	92	8	64	37	30	0	32	1.58
968846--968961	58	2.0	58	98	0	223	29	31	1	37	1.68
976393--976459	33	2.0	33	83	11	84	32	14	13	38	1.86
976490--976556	33	2.0	34	88	8	102	31	17	13	37	1.89
976393--976599	97	2.1	97	88	4	312	32	15	15	35	1.90
976910--981113	476	8.8	474	84	3	4895	30	18	14	36	1.91
978770--980845	158	13.1	157	66	12	537	30	17	14	36	1.90
984209--985815	158	10.2	157	66	14	419	31	18	14	35	1.91
983985--986540	475	5.4	476	85	3	3102	31	18	14	35	1.91
986537--986887	174	2.0	174	88	1	524	31	21	15	32	1.94
986900--988266	447	3.0	448	78	9	1396	30	18	14	35	1.91
988658--991495	476	6.1	473	79	7	2815	31	17	14	36	1.90
991764--993393	474	3.4	472	87	2	2191	30	17	15	36	1.91
993037--993712	317	2.1	315	86	2	935	30	18	15	34	1.93
993105--993591	158	3.1	157	68	12	366	31	19	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993180--993696	159	3.3	157	70	10	426	31	19	13	34	1.91
993237--994618	159	8.7	156	65	13	456	31	18	13	35	1.91
993359--994624	475	2.7	475	85	2	1693	31	18	14	35	1.91
994211--995040	416	2.0	418	84	2	1101	33	18	12	35	1.88
994633--1000434	476	12.2	475	84	2	6728	31	18	14	36	1.91
994633--1000434	951	6.1	952	83	2	6783	31	18	14	36	1.91
1001558--1001632	19	3.8	19	78	8	71	32	17	18	32	1.94
1002458--1126709	477	260.7	477	92	0	190401	31	18	13	36	1.91
1005463--1006106	159	4.1	158	65	12	359	30	18	14	35	1.92
1002458--1156864	954	162.0	954	92	1	231469	31	18	14	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8