genome.fa.s417.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold417
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  511691

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198921--198985	5	14.0	5	73	20	61	40	0	3	56	1.15
198921--198986	9	7.2	9	75	14	64	39	0	3	57	1.14
198941--198985	18	2.5	18	92	0	72	37	0	2	60	1.09
199008--199069	20	2.9	21	79	16	65	59	0	1	38	1.07
199067--199124	13	4.3	14	75	18	52	44	0	1	53	1.10
199416--199453	17	2.4	17	86	8	53	44	0	0	55	0.99
199451--199488	17	2.2	18	90	4	60	42	5	5	47	1.48
199799--199856	24	2.5	22	83	11	62	46	0	0	53	1.00
200407--200434	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
200456--200512	13	4.5	13	71	20	50	64	0	0	35	0.93
200458--200502	24	2.0	24	86	8	67	66	0	0	33	0.92
200463--200493	9	3.3	9	95	4	53	67	0	0	32	0.91
200453--200514	19	3.3	19	77	22	60	62	0	0	37	0.95
200756--200846	9	9.3	10	66	25	52	53	0	1	45	1.07
200752--200846	18	4.9	19	71	26	76	54	0	1	44	1.07
200750--200846	32	3.2	31	72	23	91	55	0	1	43	1.06
201030--201074	16	2.6	17	82	10	56	42	0	2	55	1.12
202217--202260	21	2.1	21	83	8	54	50	6	15	27	1.70
205458--205503	6	7.7	6	90	0	56	39	2	10	47	1.51
206028--206087	26	2.3	27	80	5	70	56	3	6	33	1.42
210468--210560	36	2.6	35	81	6	105	43	1	3	52	1.24
210532--210570	19	2.0	18	85	14	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210532--210570	20	2.0	20	85	10	53	51	0	0	48	1.00
210537--210579	21	2.0	21	82	8	52	53	0	0	46	1.00
210571--210601	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
211738--211805	16	4.2	17	72	23	58	54	0	0	45	0.99
211696--211790	32	3.1	29	79	11	102	55	1	1	42	1.13
212001--212040	18	2.2	19	90	4	64	62	0	0	37	0.95
212003--212040	12	2.9	13	84	11	51	63	0	0	36	0.95
212093--212156	9	6.8	9	75	10	56	35	1	1	60	1.15
212084--212148	18	3.7	19	78	11	68	38	0	1	60	1.07
212477--212524	22	2.2	22	89	10	73	52	0	0	47	1.00
212460--212529	27	2.8	25	71	24	67	50	0	0	50	1.00
212557--212609	25	2.1	25	82	10	63	54	0	0	45	0.99
213151--213192	11	3.9	11	84	6	59	33	0	0	66	0.92
213150--213213	27	2.4	28	80	15	80	34	0	0	65	0.93
213225--213278	17	3.2	17	76	7	58	48	0	0	51	1.00
213550--213586	14	2.7	14	91	4	58	43	0	0	56	0.99
213535--213617	32	2.7	31	81	3	87	37	0	0	62	0.95
213518--213629	20	5.6	21	70	20	71	36	0	0	63	0.95
213575--213632	18	2.9	21	73	24	61	32	0	0	67	0.91
213570--213644	20	3.8	20	72	20	59	37	0	0	62	0.95
214134--214169	13	2.7	13	91	4	54	44	0	0	55	0.99
216787--216862	31	2.5	32	81	12	88	32	2	2	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224547--224585	20	2.0	19	95	5	69	28	0	0	71	0.86
224547--224583	11	3.6	11	82	17	53	29	0	0	70	0.88
224545--224598	25	2.0	28	86	10	78	29	0	0	70	0.88
224552--224598	14	3.3	14	80	11	51	27	0	0	72	0.85
224547--224598	20	2.9	17	86	11	61	28	0	0	71	0.87
233413--233446	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
234540--234669	34	3.8	34	86	0	179	22	4	27	45	1.72
234540--234669	68	1.9	68	88	3	199	22	4	27	45	1.72
234978--235014	19	1.9	19	94	0	65	35	24	8	32	1.85
239048--239173	34	3.7	34	84	0	171	24	5	24	45	1.74
241527--241610	37	2.3	37	85	0	114	26	19	23	30	1.98
242029--242080	26	2.0	26	100	0	104	42	11	3	42	1.59
242032--242092	26	2.3	26	85	2	68	44	9	8	37	1.68
242302--242346	22	2.1	22	87	4	65	28	15	6	48	1.70
244615--244645	11	2.8	11	95	0	53	54	0	0	45	0.99
244620--244663	20	2.3	18	80	7	52	61	0	0	38	0.96
246664--246720	25	2.3	25	82	8	64	40	36	1	21	1.63
246712--246774	22	2.9	22	78	0	63	38	31	4	25	1.77
252742--252777	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
253263--253313	14	3.6	14	76	5	50	43	1	5	49	1.38
253317--253358	18	2.3	19	80	12	52	33	7	2	57	1.39
254155--254180	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254941--255072	61	2.1	62	83	6	162	42	7	9	40	1.65
254940--255072	30	4.3	30	83	7	151	42	7	9	40	1.65
255602--255627	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
255737--255771	17	1.9	19	88	11	56	57	2	0	40	1.14
256615--256647	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
257078--257103	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
258055--258103	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
258951--259086	30	4.4	30	79	4	119	42	5	8	43	1.58
259001--259092	32	2.9	32	86	1	123	42	5	7	44	1.56
260111--260141	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
260262--260305	13	3.6	12	79	14	54	52	2	0	45	1.13
260262--260305	4	10.8	4	81	13	54	52	2	0	45	1.13
260575--260612	18	2.2	18	85	4	51	31	0	0	68	0.90
260649--260685	17	2.1	18	90	5	58	62	0	0	37	0.96
260649--260685	6	6.3	6	87	6	58	62	0	0	37	0.96
260609--260686	23	3.3	23	75	20	72	57	0	0	42	0.98
260861--260892	13	2.6	13	90	9	50	53	0	0	46	1.00
260878--260924	17	2.8	16	82	17	60	55	0	4	40	1.19
260887--260922	17	2.1	17	94	5	63	58	0	5	36	1.22
263548--263582	16	2.2	16	94	0	61	65	2	0	31	1.07
264435--264484	20	2.6	20	76	17	52	62	2	0	36	1.07
264564--264603	20	2.0	21	85	5	55	27	10	10	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264551--264603	21	2.5	22	76	14	58	32	7	7	52	1.58
264743--264783	21	2.1	19	86	9	55	34	0	0	65	0.93
266381--266508	29	4.4	30	71	21	92	53	1	0	44	1.09
266453--266488	15	2.4	15	90	0	54	50	2	0	47	1.15
266932--266956	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
267168--267201	9	3.7	9	88	7	50	73	0	0	26	0.83
267984--268460	118	4.1	117	93	1	812	25	16	12	45	1.82
270378--270433	27	2.1	27	100	0	112	17	21	17	42	1.89
270392--270665	137	2.0	137	99	0	539	22	17	21	38	1.93
273692--273768	30	2.6	30	85	4	95	41	6	18	33	1.76
276988--277041	27	2.0	27	85	0	72	29	7	22	40	1.81
278050--278096	12	4.0	12	75	13	53	55	0	0	44	0.99
278042--278100	22	2.4	25	75	21	70	54	0	0	45	0.99
278053--278161	22	4.9	22	73	17	91	51	1	1	44	1.22
278116--278218	31	3.3	32	81	6	104	57	1	0	39	1.16
278170--278243	9	8.9	9	69	20	54	60	0	0	39	0.97
278080--278221	15	9.3	15	72	10	92	52	1	1	44	1.18
278147--278225	32	2.5	31	87	2	104	56	0	0	43	0.99
278151--278234	15	5.3	15	75	9	51	59	0	0	40	0.97
278147--278234	32	2.8	32	84	1	88	59	0	0	40	0.98
278612--278654	19	2.2	20	87	4	61	34	0	2	62	1.08
281809--281859	24	2.0	24	85	11	66	47	3	0	49	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283139--283165	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
283414--283443	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
283525--283549	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
284589--284637	25	1.9	26	83	4	64	53	0	0	46	1.00
286273--286318	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
293310--293351	11	4.0	11	81	12	52	66	0	0	33	0.92
293318--293354	16	2.3	16	85	0	56	70	0	0	29	0.88
294712--294743	14	2.4	13	94	5	55	15	12	15	56	1.68
295384--295408	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
295896--295944	3	16.7	3	83	12	66	0	36	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6