genome.fa.s426.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold426
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  634051

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215972--216047	22	3.3	22	76	18	75	77	1	21	0	0.84
215973--216051	32	2.4	34	78	16	96	78	1	20	0	0.82
215972--216037	26	2.7	24	84	13	82	77	0	22	0	0.77
215971--216037	27	2.5	26	84	13	84	76	0	23	0	0.79
216795--216907	59	1.9	59	83	3	147	36	7	6	50	1.55
217366--217421	15	3.7	15	85	4	78	85	0	14	0	0.59
217365--217421	26	2.3	24	88	11	80	84	0	15	0	0.63
217369--217421	8	6.8	8	79	12	65	84	0	15	0	0.61
217366--217412	7	6.6	7	83	11	60	85	0	14	0	0.61
218130--218210	35	2.3	35	89	0	117	28	11	19	40	1.86
220054--220147	35	2.7	35	86	0	116	30	10	18	40	1.84
220532--220579	14	3.1	14	76	21	51	43	0	0	56	0.99
220702--220788	44	2.0	42	85	10	115	45	0	0	54	1.00
221717--221776	4	16.0	4	76	10	56	78	1	20	0	0.84
221716--221773	19	3.2	19	85	4	68	79	1	18	0	0.82
221740--221785	21	2.2	20	92	3	74	80	0	19	0	0.71
222543--222607	31	2.1	32	85	2	87	33	6	4	55	1.45
222892--222932	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
227810--227870	23	2.7	21	78	14	68	57	1	1	39	1.18
228481--228582	32	3.2	31	81	2	105	46	4	1	47	1.35
230810--230842	9	3.9	9	84	15	52	0	9	0	90	0.44
230810--230840	16	1.9	16	100	0	62	0	9	0	90	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231510--231594	44	2.0	43	90	2	134	30	10	31	27	1.90
231743--231781	19	2.0	20	85	5	53	56	2	0	41	1.13
232605--232635	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
233050--233116	28	2.3	29	80	17	77	43	5	4	46	1.48
233525--233563	18	2.2	17	86	13	53	64	0	2	33	1.08
233845--233876	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
234372--234436	18	3.6	18	76	10	60	53	0	0	46	1.00
234395--234436	20	2.3	19	88	12	61	59	0	0	40	0.97
234761--234791	9	3.4	9	90	0	53	74	3	22	0	0.96
234938--235010	13	5.3	15	69	20	52	26	1	4	68	1.15
234970--235008	15	2.4	17	87	8	55	20	2	2	74	1.06
235907--235938	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
236135--236175	21	2.0	21	85	9	57	39	0	0	60	0.96
238068--238109	15	2.8	16	86	10	54	42	0	4	52	1.22
238068--238110	14	2.9	15	83	12	54	41	0	4	53	1.21
238078--238122	16	2.9	15	83	6	54	44	0	2	53	1.13
238386--238416	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
239310--239355	24	1.9	24	95	0	83	41	2	0	56	1.11
239325--239359	18	2.0	18	94	5	63	45	0	0	54	0.99
240207--240247	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
241578--241646	29	2.4	28	73	11	68	50	1	1	46	1.19
242602--242652	26	2.0	26	96	0	93	66	3	0	29	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242975--243021	19	2.4	19	83	16	60	36	6	0	57	1.24
244870--244936	33	2.0	33	82	5	82	23	19	16	40	1.91
245230--245301	24	3.0	23	77	18	67	45	1	0	52	1.09
245239--245301	24	2.6	26	78	9	71	47	1	0	50	1.10
245368--245411	23	1.9	23	86	9	63	54	0	0	45	0.99
245368--245415	14	3.3	14	80	11	51	52	0	0	47	1.00
245570--245609	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
245984--246033	13	3.8	13	78	17	50	46	0	0	54	1.00
245978--246033	14	4.0	14	75	15	53	44	0	0	55	0.99
246522--246579	11	5.1	11	76	21	57	65	0	0	34	0.93
246511--246569	12	4.7	12	76	20	50	64	0	0	35	0.94
246512--246586	14	5.4	14	72	18	59	62	0	1	36	1.04
246523--246579	12	4.8	12	72	25	50	66	0	0	33	0.92
246523--246598	28	2.8	26	84	9	91	65	1	1	31	1.09
246525--246602	14	5.8	13	74	18	61	64	1	1	33	1.10
246595--246662	30	2.2	29	78	16	75	52	4	1	41	1.30
247557--247601	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
249075--249181	34	3.1	34	81	2	135	28	4	19	46	1.70
249046--249181	68	2.1	66	82	11	167	28	3	21	46	1.68
249364--249398	13	2.6	14	86	4	54	17	2	5	74	1.14
250824--250851	13	2.2	13	100	0	56	67	0	0	32	0.91
250822--250900	35	2.2	35	82	11	88	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250843--250939	34	2.8	35	81	3	108	58	0	0	41	0.98
251030--251077	22	2.2	21	85	3	60	60	8	8	22	1.52
253877--253958	12	6.9	12	73	12	62	34	48	13	3	1.60
253913--253961	10	4.8	10	82	2	62	38	51	8	2	1.43
255737--255773	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
261072--261125	20	2.7	20	86	11	67	48	0	0	51	1.00
261136--261182	19	2.4	19	75	10	51	27	8	4	59	1.45
264858--264886	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
264908--264966	17	3.3	19	77	13	63	55	0	1	42	1.09
264924--264975	15	3.4	15	75	12	52	51	0	1	46	1.12
268029--268170	20	7.3	20	65	19	61	65	1	1	31	1.10
268029--268075	20	2.3	21	82	10	62	70	0	2	27	0.99
268138--268170	16	2.0	16	94	5	57	78	0	0	21	0.75
270937--270992	19	2.9	19	80	12	53	14	0	19	66	1.26
271694--271721	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
272375--272433	20	2.8	20	80	12	57	69	0	0	30	0.89
273463--273649	97	1.9	100	87	5	283	28	18	13	39	1.89
274397--274436	18	2.2	18	86	0	53	47	0	0	52	1.00
274369--274435	26	2.6	25	74	11	64	43	0	0	56	0.99
275262--275315	17	3.2	16	82	7	63	55	0	0	44	0.99
276142--276189	22	2.2	22	85	10	64	39	0	2	58	1.10
276175--276248	17	4.4	17	67	26	50	41	1	1	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276143--276214	8	9.0	8	75	18	53	40	0	2	56	1.13
276230--276294	26	2.7	23	73	17	62	43	4	0	52	1.22
276425--276464	17	2.4	17	86	0	53	57	0	7	35	1.27
276496--276578	37	2.3	38	77	12	93	57	1	0	40	1.06
276520--276581	15	4.1	15	79	8	72	59	0	0	40	0.97
276884--276913	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
276896--276981	45	1.9	45	84	13	115	51	0	0	48	1.00
277717--277775	31	1.9	31	83	13	77	57	0	0	42	0.98
277717--277776	28	2.1	30	81	12	72	58	0	0	41	0.98
277752--277785	13	2.8	12	82	8	50	73	0	0	26	0.83
278510--278541	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
278498--278552	19	3.1	18	77	20	62	56	0	0	43	0.99
278700--278793	26	3.4	27	81	11	95	40	1	1	57	1.13
278698--278792	9	11.1	8	71	18	59	38	1	1	58	1.12
278695--278787	34	2.7	35	80	8	109	38	1	1	59	1.12
278688--278772	16	5.1	16	72	16	57	37	1	1	60	1.12
278696--278793	29	3.7	27	81	9	96	39	1	1	58	1.12
278750--278805	21	2.7	21	86	5	78	37	0	1	60	1.07
282453--282515	32	1.9	32	84	9	83	63	0	12	23	1.29
285206--285242	18	2.0	19	89	5	58	56	5	8	29	1.51
286638--286685	24	2.0	24	87	0	69	37	2	43	16	1.60
289864--289898	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293843--293878	19	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
294568--294605	19	2.0	20	89	5	60	39	0	2	57	1.12
294847--294924	36	2.3	33	82	10	86	38	12	10	38	1.78
296222--296262	19	2.1	20	86	4	57	19	4	2	73	1.13
296914--296938	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
297196--297227	16	2.1	16	94	5	57	46	0	0	53	1.00
299361--299408	17	2.7	18	93	6	89	39	0	12	47	1.41
302058--302084	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
302786--302825	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
303088--303149	10	6.0	10	76	14	54	61	1	3	33	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6