genome.fa.s43.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold43
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2559314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  17  of  19  ( 2200 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988417--1988462	13	3.6	13	75	16	51	41	0	0	58	0.98
1988366--1988444	16	5.2	16	70	16	51	39	0	1	59	1.06
1988425--1988478	25	2.1	25	89	6	81	46	0	0	53	1.00
1991839--1991931	48	1.9	49	84	2	125	34	1	1	63	1.09
1991859--1991931	25	3.0	24	79	15	87	31	0	0	68	0.90
1992345--1992452	33	3.4	30	71	16	83	51	0	0	48	1.00
1993131--1993189	31	1.9	31	89	0	91	28	20	6	44	1.77
2000783--2000812	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
2001153--2001183	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2003916--2003969	28	1.9	28	85	7	74	53	0	5	40	1.24
2004075--2004112	11	3.1	12	82	17	51	57	0	0	42	0.98
2004075--2004111	14	2.9	13	84	15	51	59	0	0	40	0.97
2004877--2004925	20	2.5	20	80	6	57	28	6	2	63	1.30
2004974--2005008	17	2.1	17	88	0	52	48	14	5	31	1.67
2007192--2007243	20	2.7	19	85	8	70	59	0	5	34	1.21
2012711--2012757	20	2.4	19	82	6	67	38	0	4	57	1.18
2012778--2012834	21	2.9	20	76	23	59	45	3	0	50	1.18
2014402--2014431	15	2.0	15	93	0	51	20	3	23	53	1.60
2014595--2014637	22	2.0	22	86	9	61	37	2	0	60	1.10
2015012--2015055	20	2.2	20	88	4	63	61	6	0	31	1.22
2015032--2015106	32	2.3	33	81	2	89	56	1	0	42	1.08
2015168--2015215	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015400--2015462	21	2.8	22	81	16	67	63	0	1	34	1.04
2015412--2015460	11	4.2	12	80	17	59	65	0	0	34	0.93
2015400--2015505	42	2.5	43	80	10	105	57	0	0	40	1.11
2016357--2016427	35	2.0	35	81	10	83	53	1	0	45	1.09
2016356--2016427	19	4.2	17	77	19	69	54	1	0	44	1.08
2017191--2017222	14	2.3	15	89	10	50	0	9	12	78	0.97
2022725--2022766	21	2.0	21	85	0	57	47	2	2	47	1.28
2024990--2025039	21	2.4	21	82	0	64	48	18	14	20	1.82
2025897--2025939	21	2.0	21	95	0	77	34	4	11	48	1.60
2028195--2028239	12	3.8	13	77	19	53	48	0	0	51	1.00
2028202--2028255	23	2.4	22	84	9	74	51	0	0	48	1.00
2028202--2028254	21	2.4	20	82	17	61	50	0	0	49	1.00
2028819--2028850	6	4.9	7	85	14	50	40	0	0	59	0.97
2028819--2028858	13	3.2	13	93	6	66	42	0	0	57	0.98
2028826--2028863	13	3.4	11	89	10	51	44	0	0	55	0.99
2028968--2029216	89	2.9	89	95	3	445	30	20	17	31	1.95
2029661--2029696	14	2.6	14	83	16	56	33	0	2	63	1.08
2029891--2029930	11	3.6	11	82	0	53	47	0	2	50	1.14
2031471--2031585	40	2.9	39	82	7	144	23	9	33	33	1.87
2034018--2034075	25	2.5	22	81	15	64	53	1	0	44	1.10
2034049--2034077	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2036832--2036871	19	2.0	20	90	4	64	40	0	5	55	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036831--2036880	19	2.5	22	78	18	63	38	0	6	56	1.24
2036967--2037032	24	2.6	26	73	9	64	59	0	0	40	0.98
2038510--2038564	14	3.9	14	73	19	51	34	0	0	65	0.93
2038865--2038907	14	3.0	14	80	16	52	55	0	0	44	0.99
2039335--2039412	16	4.9	16	68	15	54	42	0	0	57	0.98
2039361--2039410	26	2.0	25	84	11	66	44	0	0	56	0.99
2039431--2039487	19	2.8	19	78	7	60	43	0	1	54	1.10
2041641--2041692	22	2.3	22	80	3	59	50	0	1	48	1.12
2045162--2045208	24	2.0	24	91	0	76	53	34	8	4	1.51
2045918--2045963	16	2.9	16	87	6	58	52	0	0	47	1.00
2048890--2048994	42	2.5	41	81	13	117	45	0	0	53	1.06
2048907--2048994	36	2.4	38	79	9	94	48	0	0	51	1.00
2049534--2049572	15	2.5	15	88	12	53	76	0	23	0	0.78
2057718--2057775	19	3.1	18	75	7	62	60	0	0	39	0.97
2059247--2059282	17	2.2	18	85	14	51	47	0	0	52	1.00
2059277--2059310	14	2.4	14	86	13	52	23	0	5	70	1.09
2060992--2061018	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2064928--2064973	23	2.0	23	100	0	92	39	17	8	34	1.80
2066933--2067006	23	3.0	24	72	11	60	52	1	1	44	1.17
2068076--2068132	26	2.1	28	81	18	68	47	1	0	50	1.11
2069883--2069922	20	2.1	19	85	4	53	42	0	0	57	0.98
2069901--2069949	16	3.1	16	74	8	55	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073285--2073732	236	1.9	237	83	3	589	43	13	4	38	1.65
2074165--2074194	6	5.2	6	92	8	53	50	0	0	50	1.00
2076171--2076197	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2082986--2083040	22	2.5	21	72	16	58	63	0	0	36	0.95
2095549--2095580	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2095783--2095808	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2095883--2096065	91	2.0	91	91	0	294	27	22	12	37	1.90
2099017--2099055	11	3.5	11	82	6	51	76	2	0	20	0.90
2099079--2099118	3	13.3	3	84	10	55	32	5	0	62	1.17
2103864--2103919	20	2.7	22	83	8	73	35	0	3	60	1.14
2103897--2103949	24	2.1	25	83	13	65	39	1	3	54	1.29
2104514--2104558	23	1.9	24	86	4	65	51	2	2	44	1.26
2105267--2105291	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2105261--2105320	18	3.3	18	73	15	54	43	0	1	55	1.10
2105255--2105303	23	2.1	23	84	0	62	48	0	2	48	1.12
2106191--2106247	21	2.8	20	81	5	69	38	0	0	61	0.96
2106222--2106269	14	3.5	13	75	8	51	37	0	0	62	0.95
2106190--2106258	21	3.3	21	73	15	63	40	0	0	59	0.97
2115505--2115537	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2120430--2120547	27	4.6	24	73	14	92	22	7	22	46	1.77
2120487--2120556	24	2.8	25	87	6	90	22	8	24	44	1.81
2123100--2123145	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125023--2125147	27	4.9	24	76	13	106	20	7	25	46	1.76
2125080--2125149	24	2.8	25	89	6	99	21	8	25	44	1.80
2132601--2132641	21	2.0	21	85	9	57	46	17	17	19	1.85
2133566--2133595	13	2.3	13	100	0	60	40	16	13	30	1.87
2137162--2137212	5	9.8	5	91	4	66	84	0	15	0	0.63
2137940--2137969	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2138921--2138962	18	2.5	17	81	11	50	69	0	0	30	0.89
2138901--2138965	17	3.8	16	76	17	60	64	0	1	33	1.03
2138921--2138982	28	2.2	28	86	11	83	62	0	0	37	0.95
2140736--2140770	17	2.1	17	88	0	52	31	22	11	34	1.90
2143565--2143619	18	3.2	17	76	19	60	21	1	1	74	1.01
2148538--2148599	18	3.5	18	72	12	56	30	0	6	62	1.20
2153179--2153236	23	2.6	22	78	7	64	55	6	1	36	1.37
2158212--2158273	16	4.3	15	73	17	51	38	0	0	61	0.96
2158875--2158900	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2160271--2160314	18	2.4	20	75	17	51	45	0	0	54	0.99
2160935--2161037	51	2.0	51	98	0	197	39	26	13	20	1.89
2161153--2161192	19	2.0	20	85	9	55	45	0	10	45	1.37
2165947--2165985	13	3.1	12	85	10	51	61	0	0	38	0.96
2166059--2166152	38	2.5	38	91	1	154	51	8	12	27	1.69
2166769--2166798	15	1.9	16	93	6	53	43	6	13	36	1.70
2167180--2167222	20	2.2	20	91	0	68	34	4	46	13	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167308--2167369	27	2.2	28	88	2	90	51	24	3	20	1.62
2169249--2169294	21	2.1	22	84	4	58	21	30	17	30	1.96
2171846--2171936	28	3.4	28	75	15	77	47	18	6	27	1.73
2172125--2172200	35	2.2	35	85	4	100	51	0	0	48	1.00
2172184--2172213	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
2173356--2173385	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2173690--2173721	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2175989--2176064	24	3.0	25	72	18	77	55	0	1	43	1.08
2175983--2176043	21	2.8	22	80	14	56	57	0	0	42	0.98
2176080--2176129	23	2.2	23	81	0	55	44	2	4	50	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19