genome.fa.s43.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold43
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2559314

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161979--162058	18	4.3	18	75	6	61	33	17	35	13	1.89
162011--162079	20	3.5	20	71	11	70	39	15	30	14	1.88
161993--162100	39	2.8	39	91	1	164	37	16	33	12	1.87
163802--163863	23	2.8	23	81	11	76	43	0	0	56	0.99
164383--164434	19	2.9	19	72	21	58	38	0	1	59	1.08
165190--165233	18	2.5	19	78	14	58	72	0	0	27	0.85
165194--165222	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
165193--165249	18	3.1	19	82	5	55	71	3	0	24	1.01
165298--165348	17	2.9	18	74	8	52	78	0	7	13	0.96
165306--165346	19	2.1	20	86	4	57	82	0	7	9	0.83
168645--168705	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
169569--169600	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
170320--170451	43	3.1	42	75	14	103	46	0	0	53	1.00
170547--170579	15	2.2	15	94	0	57	42	0	0	57	0.98
171265--171298	4	9.0	4	87	12	54	23	0	0	76	0.79
173912--173955	20	2.2	20	80	4	54	45	0	0	54	0.99
174140--174214	23	3.2	23	80	10	89	65	1	0	33	1.01
174131--174226	7	14.6	7	68	24	50	63	1	1	34	1.08
174140--174220	11	7.4	11	75	20	64	65	1	0	33	1.01
174850--174886	16	2.4	15	86	4	56	62	0	0	37	0.96
176262--176314	21	2.5	22	81	6	65	54	0	0	45	0.99
176657--176720	29	2.2	30	80	8	78	31	1	0	67	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176665--176707	19	2.2	20	83	4	52	37	0	0	62	0.95
177901--177949	22	2.2	22	77	0	53	36	2	0	61	1.08
177895--178020	8	15.6	8	69	17	57	40	1	0	57	1.14
178002--178059	31	1.9	32	83	13	79	27	5	1	65	1.23
178713--179059	172	2.0	171	97	0	649	38	17	12	30	1.87
181152--181182	15	2.1	15	93	0	53	48	9	0	41	1.36
181196--181253	16	3.6	16	77	13	66	55	10	0	34	1.34
181747--181794	25	1.9	25	83	8	62	31	0	2	66	1.03
181980--182106	45	2.7	45	80	14	116	44	2	3	49	1.31
182724--182756	15	2.2	15	89	10	50	18	0	0	81	0.68
182721--182758	7	5.4	7	81	12	51	26	0	0	73	0.83
183075--183101	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
183105--183153	13	3.6	13	83	5	53	77	2	4	16	1.01
183079--183153	12	5.9	12	75	17	53	74	1	4	20	1.05
184108--184161	24	2.2	24	80	9	65	29	5	5	59	1.43
184385--184433	17	2.8	18	78	9	57	61	0	2	36	1.08
184687--184778	19	5.1	19	69	18	61	50	0	1	48	1.08
184692--184755	19	3.8	17	78	15	69	48	0	1	50	1.10
184716--184751	15	2.4	15	90	0	54	47	0	0	52	1.00
188268--188314	16	2.9	15	87	9	58	36	2	2	59	1.21
188467--188519	16	3.4	16	81	5	63	39	1	5	52	1.36
188489--188521	15	2.3	14	94	5	57	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189915--189955	21	1.9	22	85	14	59	39	0	0	60	0.96
190407--190458	27	1.9	27	88	0	77	34	3	9	51	1.53
192395--192426	6	5.3	6	100	0	64	0	46	0	53	1.00
195415--195476	34	1.9	31	87	9	88	62	0	30	6	1.20
197845--197923	32	2.5	31	81	6	86	51	1	0	46	1.08
207899--207929	15	2.1	15	93	0	53	51	3	12	32	1.56
209487--209554	8	9.1	8	75	12	65	47	0	1	51	1.09
209475--209544	21	3.2	21	84	15	90	41	0	1	57	1.08
209485--209554	15	4.7	15	71	15	65	45	0	1	52	1.09
209507--209554	22	2.2	21	88	7	69	45	0	2	52	1.12
210734--210784	19	2.6	20	84	9	61	52	1	3	41	1.31
210879--210911	9	3.8	9	88	4	50	51	0	0	48	1.00
218811--218840	15	2.0	15	93	0	51	6	30	10	53	1.60
219818--219957	16	9.9	15	69	21	63	43	0	0	55	1.04
219868--219950	14	5.6	14	77	12	60	43	0	0	56	0.99
219826--219942	45	2.6	44	75	14	105	43	0	0	55	1.05
220729--220771	18	2.3	19	92	4	70	51	0	0	48	1.00
221867--221930	24	2.7	24	79	13	62	31	3	3	62	1.26
222356--222386	11	2.8	11	95	0	53	25	0	6	67	1.14
223285--223374	30	2.9	32	82	9	109	40	5	1	53	1.32
223691--223754	20	3.2	20	85	14	78	21	1	7	68	1.23
225556--225608	20	2.6	20	82	11	63	50	0	3	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225556--225605	21	2.5	20	86	3	64	54	0	4	42	1.19
225918--225954	19	1.9	19	89	10	58	67	2	0	29	1.04
225909--225951	11	3.6	11	77	17	50	62	2	0	34	1.08
227780--227821	22	1.9	22	90	9	68	59	0	2	38	1.10
228994--229051	25	2.3	25	84	3	80	41	1	0	56	1.09
229671--229712	15	2.8	15	78	7	50	73	2	14	9	1.18
229863--229930	32	2.2	32	86	2	93	39	17	2	39	1.65
230982--231020	20	2.0	20	89	0	60	46	2	0	51	1.14
231673--231728	25	2.2	24	80	20	62	55	8	0	35	1.31
233579--233636	23	2.4	25	80	16	68	41	1	8	48	1.44
233620--233686	25	2.8	25	76	13	68	46	0	1	52	1.09
233790--233834	20	2.2	20	81	11	56	48	0	0	51	1.00
233870--233943	29	2.5	28	78	10	76	40	17	6	35	1.76
234752--234785	12	2.7	13	86	9	52	73	0	0	26	0.83
235002--235044	21	2.0	21	100	0	86	37	37	4	20	1.74
252055--252095	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
252534--252585	12	3.9	12	75	22	50	57	3	1	36	1.28
252523--252585	29	2.2	29	88	5	92	55	4	3	36	1.37
252778--252818	21	1.9	22	85	14	59	63	0	0	36	0.95
258440--258472	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
258566--258617	22	2.5	21	80	17	63	46	0	3	50	1.20
258566--258620	21	2.6	21	83	13	69	45	0	3	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259458--259508	3	17.3	3	95	4	95	68	0	0	31	0.90
259955--259986	7	4.4	7	96	4	55	65	0	0	34	0.93
260019--260067	16	3.0	17	72	22	59	53	0	0	46	1.00
259954--260067	32	3.5	32	76	7	115	55	1	2	40	1.24
260012--260061	16	3.1	17	72	21	61	52	0	0	48	1.00
259952--260079	32	4.0	32	78	8	111	56	1	3	39	1.25
260089--260254	80	2.1	82	89	3	257	55	6	3	34	1.43
261925--261957	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
266771--266809	18	2.1	19	90	4	62	38	0	2	58	1.12
267202--267246	23	2.0	23	83	16	58	57	0	4	37	1.19
267874--267917	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
268847--268884	20	1.9	20	84	10	51	36	5	7	50	1.54
269043--269076	14	2.4	14	90	0	50	38	0	2	58	1.13
270767--270849	4	20.8	4	84	0	94	44	1	7	46	1.38
270767--270849	6	13.8	6	81	0	94	44	1	7	46	1.38
272145--272198	27	2.0	27	92	0	90	46	7	9	37	1.64
272560--272682	44	2.8	44	95	1	212	23	18	15	42	1.89
276915--276964	13	3.8	13	76	7	57	44	10	8	38	1.68
276915--276968	27	2.0	27	96	0	99	42	11	9	37	1.73
277684--277734	15	3.4	15	78	8	59	21	17	41	19	1.91
286670--286747	20	3.8	20	85	9	111	33	19	11	35	1.88
297437--297556	51	2.3	52	97	1	224	29	18	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297565--297589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
297629--297698	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
297654--297678	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
298696--299138	114	3.8	117	76	10	336	33	16	12	37	1.87
298696--299138	231	1.9	233	79	7	506	33	16	12	37	1.87
299999--300126	24	5.3	24	75	7	107	32	17	21	28	1.96
300016--300109	48	2.0	48	89	0	143	32	20	19	27	1.96
302694--302742	17	2.9	16	87	6	62	55	2	0	42	1.11
303639--303665	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
303904--303960	29	2.0	28	86	3	78	35	14	14	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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